RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G571110
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 147456994-147461256 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2641 bp · TkA02G571110|TK1151|cDNA

CTAACGAAGAAATATCTCCGTATATCTGAATTAAATACAGAACGGACTGAAAGAGGGTAAAACTTAACCTAAACCTGCAACAATTCAGGCTTCAGCGCCGCTCTTCCTTTCTTCCTCTAGTATCTCTTCTCCGATCGGCAGATATTTTTCTCTCGTCGTCATTTGAGATCAGTCATCTACACCCGGATACAGGAAAAGATTACGCAACAGGAAATTATAATCCCATCTTGATAAGTTTTTGGCCATAGTTTATAACCCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1539 bp · TkA02G571110|TK1151|CDS

ATGCCAAGAACCCGGGCAAGGGCAGGGGCAGGGGCAGCTTCCAAGACCGAACCTCAAGATGCTGCAAAGATAGAAAAAGAAGCCGCATCCGAAACTGAAGAGCAGGTTGACTTTGAAGAAGAGGAGCCTGTTGAAGAGGAAGTTGTTGAATATGAAGAAGTAGAAGAAGAAGTCGAGGAAGAAGAAGAAGAGGTTGAAGAAGATGAAGAAGAAGAAGAAGTTGAAGAAGATGAAGAAGAAGAAGAAGAAGTTGAAGAGGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

512 aa · TkA02G571110|TK1151|PROTEIN

MPRTRARAGAGAASKTEPQDAAKIEKEAASETEEQVDFEEEEPVEEEVVEYEEVEEEVEEEEEEVEEDEEEEEVEEDEEEEEEVEEEVEEEDNDDIKKGQDEEMENADEEEEDTKKIYDQLLSLPPYGSEVYLGGIPLNVSEDDIKTFCESIGEVTEVRIMRGKDASENKGYAFVTFRTKELASTAIKDLHTKELKGKRVRCSTSQAKHKLFIGNVPKNWTLEDMDKVVRKVGPGINSVELLKDPQNSRRNRGFAFIEYY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G571110
TK1151 IDTkA02G571110
OH-1004 IDLXL04_012351
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)97.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G571110
位置Chr02:147456994-147461256 (+)
描述Similar to LIF2: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g00830 转录激活因子，在靶基因启动子上的GAGA样基序和5'-(C/G)ACGTG(G/T)C(A/G)-3'共识基序上结合DNA。
Control of flowering and cell fate by LIF2, an RNA binding partner of the polycomb complex component LHP1.2011 · DOI: 10.1371/journal.pone.0016592
The hnRNP-Q protein LIF2 participates in the plant immune response.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0099343
The Arabidopsis hnRNP-Q Protein LIF2 and the PRC1 Subunit LHP1 Function in Concert to Regulate the Transcription of Stress-Responsive Genes.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00244
At1g71770 结合 mRNA 的聚 尾。
Differential organ-specific expression of three poly(A)-binding-protein genes from Arabidopsis thaliana.1993 · DOI: 10.1073/pnas.90.14.6686
A pollen-, ovule-, and early embryo-specific poly(A) binding protein from Arabidopsis complements essential functions in yeast.1996 · DOI: 10.1105/tpc.8.8.1261

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012351 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006396 RNA processing 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0007623 circadian rhythm 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:0009617 response to bacterium 生物过程
GO:0009909 regulation of flower development 生物过程
GO:0010439 regulation of glucosinolate biosynthetic process 生物过程
GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G00830
hsa:10492
hsa:29974
mmu:56403
rno:363113
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.878
排名 1 · TkA02G571110 · TK1151
细胞质0.212
排名 2 · TkA02G571110 · TK1151
细胞膜0.044
排名 3 · TkA02G571110 · TK1151
内质网0.026
排名 4 · TkA02G571110 · TK1151
线粒体0.015
排名 5 · TkA02G571110 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02724CDC4541-112 aa
PF14703PHM7_cyt50-68 aa
PF14703PHM7_cyt103-199 aa
PF16367RRM_7130-190 aa
PF28978RRM_SRRT130-180 aa
PF24825SNU71_RBD130-164 aa
PF00076RRM_1131-201 aa
PF23085RRM_PARP14_3131-192 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G571110PF02724CDC45411121.08.3
TkA02G571110PF14703PHM7_cyt50680.01616.1
TkA02G571110PF14703PHM7_cyt1031990.01616.1
TkA02G571110PF16367RRM_71301902.8e-0937.5
TkA02G571110PF28978RRM_SRRT1301801.1e-0629.5
TkA02G571110PF24825SNU71_RBD1301640.002119.2
TkA02G571110PF00076RRM_11312012e-46156.4
TkA02G571110PF23085RRM_PARP14_31311924.5e-0833.8
TkA02G571110PF15407Spo7_2_N1311530.09813.0
TkA02G571110PF07576BRAP21331901.4e-0525.9
TkA02G571110PF28441RRM_111332070.00219.1
TkA02G571110PF26250RRM_RdRP1_21341880.005217.9
TkA02G571110PF16842RRM_occluded1352051.2e-1041.8
TkA02G571110PF22976RRM_101361872e-0834.9
TkA02G571110PF29326RRM_MUD2_C1432030.01715.9
TkA02G571110PF13893RRM_51522070.0005120.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9ASP6拟南芥sp|Q9ASP6|HNRPQ_ARATH Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q51.600%Swiss-Prot高置信
Q05196拟南芥sp|Q05196|PABP5_ARATH Polyadenylate-binding protein 526.500%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看