TkA02G569400 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G569400

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 147094060-147097817 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2373 bp · TkA02G569400|TK1151|cDNA

TTTATGGTTACCTGTTCTTTCCTCCCATACCCCTCTGAAATTACCCTTTTACCCTTCACCTAGAAATATATAAACAAGGGGTTTAAGCTCCATCTCTCTCTCCTTCCATTTCTATTTCTTCTTCAATTGTTTTCTCCAAAACCACTCGGTGGTTTTTCGTGATCTAAAATTCTCCCTCCATAATTATAACATTTTGTTTTTGTGTACAATTCTCTGTTTATGATTGCACAGATTATCATACAGATTTCAAATCTCACGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1803 bp · TkA02G569400|TK1151|CDS

ATGGTGTCAAAAAAGAGACAAAATTACTGTGGATTTGATGGTTTCCATTCCCCTGTGGTACCTAAAGCTCCCAGGTCCATAAGAAGGAATCCACATAAGAAATCATCAACAGGCAATGAAATCTGCGCCTTTGAGTTACTAGCAGCTGTAGCTGGCAAATTACTACAGGAAAGTGAAGGTTCTGCATCTAGCAATAGTCCAGACCAAAAAGATCAAATCAACATCCCTAAAGACAATGTGAAACAAGAACCACTTGAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

600 aa · TkA02G569400|TK1151|PROTEIN

MVSKKRQNYCGFDGFHSPVVPKAPRSIRRNPHKKSSTGNEICAFELLAAVAGKLLQESEGSASSNSPDQKDQINIPKDNVKQEPLEEVKLKPDLDHGCCAESQFIPEIPSNNLELKLEPPLKDSMLSDNDSGLEHASIVTTQDFFTNVKLEGSDSKNIAVNTPSKSEGDFMDSNIPKIIEKESDKKSYSSVHEHEDLLHLPFYSDSVPLRRRGRNVKKIGNVRDDDENYSFSCTTKLKAFRLQSRGGYGYRRMRKMFSSK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G569400`
TK1151 ID	TkA02G569400
OH-1004 ID	LXL04_012370
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	94.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.667 / OH-1004 98.835 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G569400

位置 Chr02:147094060-147097817 (-)

描述 Similar to TRP3: Telomere repeat-binding protein 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g13820`	特异性结合植物端粒双链 DNA 序列 5'-TTTAGGG-3'。	暂无已核实直接文献
`At3g12560`	与植物端粒双链 DNA 序列特异性结合。	暂无已核实直接文献
`At1g07540`	与植物端粒双链 DNA 序列特异性结合。	暂无已核实直接文献
`At3g46590`	与植物端粒双链 DNA 序列特异性结合。	AtTBP2 and AtTRP2 in Arabidopsis encode proteins that bind plant telomeric DNA and induce DNA bending in vitro.2005 · DOI: 10.1007/s00438-004-1096-3
`At5g59430`	特异性结合植物端粒双链DNA序列5'-GGTTTAG-3'。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012370 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000723 telomere maintenance 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0032204 regulation of telomere maintenance 生物过程

GO:0000781 chromosome, telomeric region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003691 double-stranded telomeric DNA binding 分子功能

GO:0008301 DNA binding, bending 分子功能

GO:0042162 telomeric DNA binding 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G07540

ath:AT3G12560

ath:AT3G46590

ath:AT5G13820

dosa:Os02g0817800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.979

排名 1 · TkA02G569400 · TK1151

细胞质0.071

排名 2 · TkA02G569400 · TK1151

细胞膜0.022

排名 3 · TkA02G569400 · TK1151

内质网0.014

排名 4 · TkA02G569400 · TK1151

质体0.011

排名 5 · TkA02G569400 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18036Ubiquitin_4305-384 aa

PF23603Ubiquitin_TPR1310-376 aa

PF00249Myb_DNA-binding497-546 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G569400	`PF18036`	Ubiquitin_4	305	384	0.022	15.4
TkA02G569400	`PF23603`	Ubiquitin_TPR1	310	376	1.3e-35	121.6
TkA02G569400	`PF00249`	Myb_DNA-binding	497	546	8.4e-05	23.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FFY9`	拟南芥	sp\|Q9FFY9\|TRP4_ARATH Telomere repeat-binding protein 4	39.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9C7B1`	拟南芥	sp\|Q9C7B1\|TRP3_ARATH Telomere repeat-binding protein 3	38.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6R0E3`	拟南芥	sp\|Q6R0E3\|TRP5_ARATH Telomere repeat-binding protein 5	36.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SNB9`	拟南芥	sp\|Q9SNB9\|TRP2_ARATH Telomere repeat-binding protein 2	35.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8L7L8`	拟南芥	sp\|Q8L7L8\|TRP1_ARATH Telomere repeat-binding protein 1	42.000%	Swiss-Prot	中等置信

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