TkA02G563520 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G563520

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 145554663-145557340 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1489 bp · TkA02G563520|TK1151|cDNA

AACTTTTGCTTAACGCCACGGCACCACTTCTCACGTTTCCTCCCCACCTTACATTCTCTCTCCCTCCGATTTAAACACAATAAACCCCCACACTTCACTCGCATTCTCTCTCGTCGTCGGTGGTATTTCCACATGGATTCCCACCTCACCACCACCACCACCTCCTCCGTCTTCTCCGCCGTCTCCCCCGCAGATCATACTCCGACATCCGCTTCCATCACTCACACCCTCAGTCTCATCCAAGACAACAACCATGATCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1284 bp · TkA02G563520|TK1151|CDS

AACTTTTGCTTAACGCCACGGCACCACTTCTCACGTTTCCTCCCCACCTTACATTCTCTCTCCCTCCGATTTAAACACAATAAACCCCCACACTTCACTCGCATTCTCTCTCGTCGTCGGTGGTATTTCCACATGGATTCCCACCTCACCACCACCACCACCTCCTCCGTCTTCTCCGCCGTCTCCCCCGCAGATCATACTCCGACATCCGCTTCCATCACTCACACCCTCAGTCTCATCCAAGACAACAACCATGATCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

427 aa · TkA02G563520|TK1151|PROTEIN

NFCLTPRHHFSRFLPTLHSLSLRFKHNKPPHFTRILSRRRWYFHMDSHLTTTTTSSVFSAVSPADHTPTSASITHTLSLIQDNNHDPFTKIQAAKEIRRLTKTSQRCRRQFSDAILPLVSMLQSPSVEAKAAALLALLNLAVQDETNKIAIVDSGALEPIVTFLRSQNTNLQEYATASLATLSASVAKRSTIGKSGAIPFLVKIIDNGTPQAKMDAVLALSNLSSEFDNLKTILDSDPIPNLVTILKTSKKSSKISEKTT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G563520`
TK1151 ID	TkA02G563520
OH-1004 ID	LXL04_006993
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 89.696 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G563520`
位置	Chr02:145554663-145557340 (+)
描述	Similar to PUB4: U-box domain-containing protein 4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_006993` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0034614 cellular response to reactive oxygen species 生物过程 GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程 GO:0048364 root development 生物过程 GO:0048658 anther wall tapetum development 生物过程 GO:0050777 negative regulation of immune response 生物过程 GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程 GO:0090333 regulation of stomatal closure 生物过程 GO:1904821 chloroplast disassembly 生物过程 GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G23030 ath:AT2G23140 ath:AT3G46510 ath:AT3G54790 ath:AT5G67340 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.535

排名 1 · TkA02G563520 · TK1151

细胞核0.441

排名 2 · TkA02G563520 · TK1151

细胞膜0.104

排名 3 · TkA02G563520 · TK1151

内质网0.056

排名 4 · TkA02G563520 · TK1151

质体0.047

排名 5 · TkA02G563520 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26992DUF831835-60 aa

PF11050Viral_env_E2648-124 aa

PF30700ARM_GAC_1st71-270 aa

PF24768ARM_ARMC572-269 aa

PF25598ARM_PUB89-353 aa

PF13646HEAT_290-140 aa

PF28415SIL1_FES1_HPBP1_C95-114 aa

PF20239DUF6596101-140 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G563520	`PF26992`	DUF8318	35	60	1.4	9.7
TkA02G563520	`PF11050`	Viral_env_E26	48	124	0.1	12.7
TkA02G563520	`PF30700`	ARM_GAC_1st	71	270	0.00043	18.4
TkA02G563520	`PF24768`	ARM_ARMC5	72	269	6.5e-19	69.1
TkA02G563520	`PF25598`	ARM_PUB	89	353	4e-16	60.0
TkA02G563520	`PF13646`	HEAT_2	90	140	7.6e-06	26.8
TkA02G563520	`PF28415`	SIL1_FES1_HPBP1_C	95	114	0.0046	17.2
TkA02G563520	`PF20239`	DUF6596	101	140	0.49	11.4
TkA02G563520	`PF03224`	V-ATPase_H_N	104	291	1.6e-07	31.8
TkA02G563520	`PF26992`	DUF8318	108	169	1.4	9.7
TkA02G563520	`PF13513`	HEAT_EZ	109	137	0.019	16.2
TkA02G563520	`PF00514`	Arm	114	141	8.2e-19	67.7
TkA02G563520	`PF21547`	TTI1	116	142	0.2	12.3
TkA02G563520	`PF11841`	ELMO_ARM	117	189	0.21	12.2
TkA02G563520	`PF02985`	HEAT	117	141	0.33	12.1
TkA02G563520	`PF21050`	ARMC9_ARM	118	134	0.00023	21.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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