TkA02G558420 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G558420

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 144281349-144283729 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1792 bp · TkA02G558420|TK1151|cDNA

TCAATTACCCACAATTTATATATATGGCTAATCTCAACCATAATTTCTCATCAAGAACAAAGGAGAATGGAATCATTGAACGTTAAAGAAGACATAAATAACAATGTGTCTACGAAACACACTAGACGAGGAGGATGGACTACCACGCCCTTCATCTTCGGAAGTATTTTTGGTCTAACATTAGCTTCAGGAGGGTGGCTTGGAAACCTAGTTGTGTATCTTATCACTAAATACAATGTTAAGAACATTGATGCCACTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1632 bp · TkA02G558420|TK1151|CDS

ATGGAATCATTGAACGTTAAAGAAGACATAAATAACAATGTGTCTACGAAACACACTAGACGAGGAGGATGGACTACCACGCCCTTCATCTTCGGAAGTATTTTTGGTCTAACATTAGCTTCAGGAGGGTGGCTTGGAAACCTAGTTGTGTATCTTATCACTAAATACAATGTTAAGAACATTGATGCCACTCAAATCAACAATGTTGTCCTTGGCTGCTATAGCGTCTTTCCGATCGCCGGAGCAATCATCGCCGACTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

543 aa · TkA02G558420|TK1151|PROTEIN

MESLNVKEDINNNVSTKHTRRGGWTTTPFIFGSIFGLTLASGGWLGNLVVYLITKYNVKNIDATQINNVVLGCYSVFPIAGAIIADSFFGTFPVSAFFSGVSLLGITLMTLTSSLNSLRPPPCTNICESPSNLQYGFLYAVFGLAVLGIGGTRFTIATLGADQFENPNDTRIYFNWYFCFFYTAVTISFTAIFFIQDNISWTLGFGISVASNTIGFILLLSGYNFYRHIKPNGSPFASIARVLVAAVRKRKLSSRNHDYN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G558420`
TK1151 ID	TkA02G558420
OH-1004 ID	LXL04_032535
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	48.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.212 / OH-1004 95.660 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G558420

位置 Chr02:144281349-144283729 (+)

描述 Similar to NPF2.7: Protein NRT1/ PTR FAMILY 2.7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g45650`	转运蛋白参与被动硝酸盐流出。	Nitrate efflux at the root plasma membrane: identification of an Arabidopsis excretion transporter.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.048173
`At3g45660`	转运蛋白参与被动硝酸盐流出。	暂无已核实直接文献
`At3g45680`	转运蛋白参与被动硝酸盐流出。	暂无已核实直接文献
`At3g45720`	转运蛋白参与被动硝酸盐流出。	暂无已核实直接文献
`At3g45710`	转运蛋白参与被动硝酸盐流出。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032535 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006821 chloride transport 生物过程

GO:0006857 oligopeptide transport 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0010447 response to acidic pH 生物过程

GO:0015706 nitrate transmembrane transport 生物过程

GO:0042128 nitrate assimilation 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0071472 cellular response to salt stress 生物过程

GO:1902075 cellular response to salt 生物过程

GO:1902476 chloride transmembrane transport 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G45650

ath:AT3G45660

ath:AT3G45680

ath:AT3G45700

ath:AT3G45710

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.775

排名 1 · TkA02G558420 · TK1151

内质网0.087

排名 2 · TkA02G558420 · TK1151

溶酶体／液泡0.070

排名 3 · TkA02G558420 · TK1151

细胞质0.061

排名 4 · TkA02G558420 · TK1151

高尔基体0.025

排名 5 · TkA02G558420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28574Transporter_N29-39 aa

PF00854PTR297-493 aa

PF28574Transporter_N148-160 aa

PF28574Transporter_N208-231 aa

PF28574Transporter_N471-481 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G558420	`PF28574`	Transporter_N	29	39	0.32	11.6
TkA02G558420	`PF00854`	PTR2	97	493	1.1e-55	189.9
TkA02G558420	`PF28574`	Transporter_N	148	160	0.32	11.6
TkA02G558420	`PF28574`	Transporter_N	208	231	0.32	11.6
TkA02G558420	`PF28574`	Transporter_N	471	481	0.32	11.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M1E2`	拟南芥	sp\|Q9M1E2\|PTR37_ARATH Protein NRT1/ PTR FAMILY 2.7	46.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9M1E1`	拟南芥	sp\|Q9M1E1\|PTR38_ARATH Protein NRT1/ PTR FAMILY 2.6	46.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9M175`	拟南芥	sp\|Q9M175\|PTR39_ARATH Protein NRT1/ PTR FAMILY 2.3	44.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9M171`	拟南芥	sp\|Q9M171\|PTR43_ARATH Protein NRT1/ PTR FAMILY 2.1	43.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9M172`	拟南芥	sp\|Q9M172\|PTR42_ARATH Protein NRT1/ PTR FAMILY 2.5	42.900%	Swiss-Prot	中等置信

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