TkA02G557930 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G557930

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 144123825-144126232 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1443 bp · TkA02G557930|TK1151|cDNA

CGATTTTACATCGCTAACCTTTGCCCTCCCCAGACACGGACGCCTTTCCTGCTAACCTAAGCCACGGGGCGCATATAATCCCTTCACCCGCACCCCACGCCGACCACCATGCCCCTAAACCTTCTCAAACTCACCTCTTCTATTTCCGTCCACCACCACCACCACCAACGCCACCGCCATAAATGGCTACGCCGGGCAATTACCACCGGGAATTCTAGAACACTGCCTGCGATGTGCTCGGGCTGGTGGAAGATAACACA...

CDS

下载 CDS FASTA

1014 bp · TkA02G557930|TK1151|CDS

ATGCCCCTAAACCTTCTCAAACTCACCTCTTCTATTTCCGTCCACCACCACCACCACCAACGCCACCGCCATAAATGGCTACGCCGGGCAATTACCACCGGGAATTCTAGAACACTGCCTGCGATGTGCTCGGGCTGGTGGAAGATAACACAATTTGCACCTCAAGCTTACGTTATCAATAACAACGAAAATAACAGACTAGGGTTTCGTAGTCCGAAAAATTTCAGATATTGTTCCGGGAATAAAGGAGAAAAAGTTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

337 aa · TkA02G557930|TK1151|PROTEIN

MPLNLLKLTSSISVHHHHHQRHRHKWLRRAITTGNSRTLPAMCSGWWKITQFAPQAYVINNNENNRLGFRSPKNFRYCSGNKGEKVFVGGKVSMESVSSNNRDDKRTAESDRGSSAMPALPSDDRRHLKPPPSQQNPSAKLLTLPTILTIARVVAVPLLISTFHMNSRLGTTATTGIFIAAAITDWLDGYLARRMNLGTAFGAFLDPVADKLMVAATLVLLCTRPPDAAIFGQLPWLLTIPSIAIIGREITMSAVREWAA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G557930`
TK1151 ID	TkA02G557930
OH-1004 ID	LXL04_012494
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	95.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 93.472 / OH-1004 91.520 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G557930

位置 Chr02:144123825-144126232 (-)

描述 Similar to PGPS2: CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g39290`	催化合成酸性磷脂（包括磷脂基甘油 (PG)）的关键步骤。	暂无已核实直接文献
`At3g55030`	催化合成酸性磷脂的关键步骤。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0283600`	通过将磷脂酰基从CDP-二酰甘油特异性转移至磷脂酰甘油（PG），催化心磷脂（CL，二磷脂酰甘油）的合成。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012494 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006655 phosphatidylglycerol biosynthetic process 生物过程

GO:0006661 phosphatidylinositol biosynthetic process 生物过程

GO:0008654 phospholipid biosynthetic process 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0009772 photosynthetic electron transport in photosystem II 生物过程

GO:0010027 thylakoid membrane organization 生物过程

GO:0045995 regulation of embryonic development 生物过程

GO:0046474 glycerophospholipid biosynthetic process 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G39290

ath:AT3G55030

dosa:Os03g0283600

sec:SCH_1948

sgl:SG1172

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.761

排名 1 · TkA02G557930 · TK1151

质体0.141

排名 2 · TkA02G557930 · TK1151

细胞核0.040

排名 3 · TkA02G557930 · TK1151

细胞质0.036

排名 4 · TkA02G557930 · TK1151

内质网0.026

排名 5 · TkA02G557930 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25637DUF7942140-195 aa

PF01066CDP-OH_P_transf143-307 aa

PF03176MMPL156-183 aa

PF25637DUF7942213-271 aa

PF23359Lsr2_DNA-bd254-267 aa

PF03176MMPL274-337 aa

PF25637DUF7942308-325 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G557930	`PF25637`	DUF7942	140	195	1.6	9.4
TkA02G557930	`PF01066`	CDP-OH_P_transf	143	307	1.1e-29	104.6
TkA02G557930	`PF03176`	MMPL	156	183	1.1	8.8
TkA02G557930	`PF25637`	DUF7942	213	271	1.6	9.4
TkA02G557930	`PF23359`	Lsr2_DNA-bd	254	267	0.089	12.8
TkA02G557930	`PF03176`	MMPL	274	337	1.1	8.8
TkA02G557930	`PF25637`	DUF7942	308	325	1.6	9.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80952`	拟南芥	sp\|O80952\|PGPS1_ARATH CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase 1, chloroplastic/mitochondrial	76.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9M2W3`	拟南芥	sp\|Q9M2W3\|PGPS2_ARATH CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase 2	69.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8H8U0`	水稻	sp\|Q8H8U0\|CRLS1_ORYSJ Cardiolipin synthase (CMP-forming)	72.100%	Swiss-Prot	中等置信

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