RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G557770
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 144076714-144078774 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1869 bp · TkA02G557770|TK1151|cDNA

ATGAACAACGACAACGAGCCTCAGTCGTTGCCGTTTGTTTTGGCGTTCAGTAATCTAACGTATAGCGTGAAGGTACGGGGCAAGTTTGGGCTTCCGGCTGTGTTCGGAAGTCGGAATAGGCCTGCCGGAGTTCCGGCGATTGCAGGGGAGCCAGTTGGGGGAGAGAAGCTGGTTTCCGGGAGGAAGGTTTTGTTGAATGATATTTCCGGTCAAGCGAGGGATGGTGAGATACTGGCGGTTCTTGGTGCTAGTGGATCCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1869 bp · TkA02G557770|TK1151|CDS

ATGAACAACGACAACGAGCCTCAGTCGTTGCCGTTTGTTTTGGCGTTCAGTAATCTAACGTATAGCGTGAAGGTACGGGGCAAGTTTGGGCTTCCGGCTGTGTTCGGAAGTCGGAATAGGCCTGCCGGAGTTCCGGCGATTGCAGGGGAGCCAGTTGGGGGAGAGAAGCTGGTTTCCGGGAGGAAGGTTTTGTTGAATGATATTTCCGGTCAAGCGAGGGATGGTGAGATACTGGCGGTTCTTGGTGCTAGTGGATCCGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

622 aa · TkA02G557770|TK1151|PROTEIN

MNNDNEPQSLPFVLAFSNLTYSVKVRGKFGLPAVFGSRNRPAGVPAIAGEPVGGEKLVSGRKVLLNDISGQARDGEILAVLGASGSGKSTLIDALANRIAKGSLKGHITLNGDQLESKLLKKKQRVQALIDQLGLRNAANTVIGDEGHRGVSGGERRRVSIGTDIIHDPILLFLDEPTSGLDSTSAYMVVKVLQRIAKSGSITVYSGSPANLLSFFADFGHPIPEKENRTEFALDLIRELEGSPGGTRSLVEFNKSWQLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G557770
TK1151 IDTkA02G557770
OH-1004 IDLXL04_012498
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)89.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 93.588
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G557770
位置Chr02:144076714-144078774 (+)
描述Similar to ABCG6: ABC transporter G family member 6
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g13580 ABC 转运蛋白 G 家族成员 6。 暂无已核实直接文献
At3g53510 ABC 转运蛋白 G 家族成员 20。 暂无已核实直接文献
At3g55090 ABC转运蛋白G家族成员16。 暂无已核实直接文献
At2g39350 ABC 转运蛋白 G 家族成员 1。 暂无已核实直接文献
At2g37360 ABC转运蛋白G家族成员2。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012498 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009624 response to nematode 生物过程
GO:0010208 pollen wall assembly 生物过程
GO:0010345 suberin biosynthetic process 生物过程
GO:0055085 transmembrane transport 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0005524 ATP binding 分子功能
GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能
GO:0042626 ATPase-coupled transmembrane transporter activity 分子功能
GO:0140359 ABC-type transporter activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G37360
ath:AT2G39350
ath:AT3G53510
ath:AT3G55090
ath:AT5G13580
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.587
排名 1 · TkA02G557770 · TK1151
溶酶体／液泡0.184
排名 2 · TkA02G557770 · TK1151
内质网0.104
排名 3 · TkA02G557770 · TK1151
细胞质0.081
排名 4 · TkA02G557770 · TK1151
高尔基体0.061
排名 5 · TkA02G557770 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20703nSTAND159-94 aa
PF25201nSTAND660-103 aa
PF03308MeaB62-101 aa
PF00005ABC_tran65-117 aa
PF13191AAA_1667-132 aa
PF25199nSTAND_NTPase572-103 aa
PF01580FtsK_SpoIIIE72-95 aa
PF13481AAA_2573-103 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G557770PF20703nSTAND159940.0002921.3
TkA02G557770PF25201nSTAND6601030.0006120.6
TkA02G557770PF03308MeaB621010.06313.0
TkA02G557770PF00005ABC_tran651171.9e-1971.4
TkA02G557770PF13191AAA_16671322.3e-0525.7
TkA02G557770PF25199nSTAND_NTPase5721030.06313.8
TkA02G557770PF01580FtsK_SpoIIIE72950.112.8
TkA02G557770PF13481AAA_25731030.1312.6
TkA02G557770PF13555AAA_2974961.4e-0525.5
TkA02G557770PF13401AAA_22741140.009417.0
TkA02G557770PF03193RsgA_GTPase75980.01216.2
TkA02G557770PF20720nSTAND3761370.01116.2
TkA02G557770PF13173AAA_14761460.07313.8
TkA02G557770PF02463SMC_N76960.09312.9
TkA02G557770PF01583APS_kinase771210.1113.2
TkA02G557770PF00485PRK771050.3511.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FNB5拟南芥sp|Q9FNB5|AB6G_ARATH ABC transporter G family member 666.500%Swiss-Prot高置信
Q9LFG8拟南芥sp|Q9LFG8|AB20G_ARATH ABC transporter G family member 2063.200%Swiss-Prot高置信
Q9M2V7拟南芥sp|Q9M2V7|AB16G_ARATH ABC transporter G family member 1662.700%Swiss-Prot高置信
O80946拟南芥sp|O80946|AB1G_ARATH ABC transporter G family member 162.500%Swiss-Prot高置信
Q9ZUT0拟南芥sp|Q9ZUT0|AB2G_ARATH ABC transporter G family member 261.800%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看