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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G552670
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 142618952-142623351 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3844 bp · TkA02G552670|TK1151|cDNA

CGGGACGAGCACACGCACTCACGCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGTTGGGGCTTTCGGGGGTCAAAGACTTCGCATCCCATTGAAGTTAACAGGTTCTACTGCTCATAACTGTATTCAATTCGGTCTTATACTTGTTTGAACAGCGTCAATTTTGCCCCAAATTCTACTTCCAATCATGACATGTCCAAACCAATTCTAGGGTTCTAATCGATTATAACAACAAATCACTTGCGCCCCTTTACAATACG...

CDS

下载 CDS FASTA

3354 bp · TkA02G552670|TK1151|CDS

ATGAGGGACGTAGAAATCCCCAATTGGCTCGATAAATTGCCATTGGCACCGGTATTTTACCCAACCGAGACAGAATTTGCAGACCCAATTGCATACATCTCCAAGATTGAGAAAGAAGCCGGTGCATTTGGTATATGTAAAGTAATCCCACCCTTGCCAAAACCTTCCAAAAAGTACGTAGTAGGTAACCTAAATAAGTCCCTCCTGAAGTCTCCAGAATTGGGGAACGATGTAAAATTGAATAACATAGAAACAGTCAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1117 aa · TkA02G552670|TK1151|PROTEIN

MRDVEIPNWLDKLPLAPVFYPTETEFADPIAYISKIEKEAGAFGICKVIPPLPKPSKKYVVGNLNKSLLKSPELGNDVKLNNIETVNDGEIRAVFTTRHQELGQSSGKRTKEVGIGTSHPIPLNRQVWQSGEIYTLEQFESKSKNFARSQLSSIKEVSSLAIESLFWKAACEKPIYIEYANDVPGSGFGEPVGPSRLVHRHTRRRRTFDRNNKEDKSNDNENQKGESIRCSGSPSSSSSSSKVDMLKKDTNSNTNSSSML...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G552670
TK1151 IDTkA02G552670
OH-1004 IDLXL04_012568
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G552670
位置Chr02:142618952-142623351 (-)
描述Similar to ELF6: Probable lysine-specific demethylase ELF6
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g04240 组蛋白去甲基酶，使组蛋白 H3 的“Lys-27” 去甲基化，从而充当基因表达的正调节因子。
Divergent roles of a pair of homologous jumonji/zinc-finger-class transcription factor proteins in the regulation of Arabidopsis flowering time.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.025353
Modulation of brassinosteroid-regulated gene expression by Jumonji domain-containing proteins ELF6 and REF6 in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0802254105
Repression of FLOWERING LOCUS T chromatin by functionally redundant histone H3 lysine 4 demethylases in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1371/journal.pone.0008033
Epigenetic reprogramming that prevents transgenerational inheritance of the vernalized state.2014 · DOI: 10.1038/nature13722
A new role for histone demethylases in the maintenance of plant genome integrity.2020 · DOI: 10.7554/elife.58533
At3g48430 组蛋白去甲基化酶，去甲基化组蛋白 H3 的“赖氨酸-27”（H3K27me），从而作为基因表达的正调控因子。
Divergent roles of a pair of homologous jumonji/zinc-finger-class transcription factor proteins in the regulation of Arabidopsis flowering time.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.025353
Modulation of brassinosteroid-regulated gene expression by Jumonji domain-containing proteins ELF6 and REF6 in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0802254105
Arabidopsis REF6 is a histone H3 lysine 27 demethylase.2011 · DOI: 10.1038/ng.854
Nuclear factor Y-mediated H3K27me3 demethylation of the SOC1 locus orchestrates flowering responses of Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1038/ncomms5601
Concerted genomic targeting of H3K27 demethylase REF6 and chromatin-remodeling ATPase BRM in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1038/ng.3555
REF6 recognizes a specific DNA sequence to demethylate H3K27me3 and regulate organ boundary formation in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1038/ng.3556
An H3K27me3 demethylase-HSFA2 regulatory loop orchestrates transgenerational thermomemory in Arabidopsis.2019 · DOI: 10.1038/s41422-019-0145-8
DNA methylation repels targeting of Arabidopsis REF6.2019 · DOI: 10.1038/s41467-019-10026-1
Epigenetic silencing of a multifunctional plant stress regulator.2019 · DOI: 10.7554/elife.47835
Crystal structures of REF6 and its complex with DNA reveal diverse recognition mechanisms.2020 · DOI: 10.1038/s41421-020-0150-6
Dehydroabietinal promotes flowering time and plant defense in Arabidopsis via the autonomous pathway genes FLOWERING LOCUS D, FVE, and RELATIVE OF EARLY FLOWERING 6.2020 · DOI: 10.1093/jxb/eraa232
The H3K27me3 Demethylase RELATIVE OF EARLY FLOWERING6 Suppresses Seed Dormancy by Inducing Abscisic Acid Catabolism.2020 · DOI: 10.1104/pp.20.01255
A new role for histone demethylases in the maintenance of plant genome integrity.2020 · DOI: 10.7554/elife.58533
At5g46910 组蛋白去甲基化酶，可将组蛋白 H3 的“Lys-27” 去甲基化，对 H3K27me3 具有特定活性，并参与基因表达的调节。
The Arabidopsis H3K27me3 demethylase JUMONJI 13 is a temperature and photoperiod dependent flowering repressor.2019 · DOI: 10.1038/s41467-019-09310-x

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0151300 组蛋白去甲基化酶，可使组蛋白 H3 的“Lys-4” 去甲基化。
Se14, encoding a JmjC domain-containing protein, plays key roles in long-day suppression of rice flowering through the demethylation of H3K4me3 of RFT1.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0096064
Os01g0907400 组蛋白去甲基化酶，去甲基化组蛋白H3的'Lys-27'（H3K27me），对H3K27me3和H3K27me2具有特异性活性。
Jumonji C domain protein JMJ705-mediated removal of histone H3 lysine 27 trimethylation is involved in defense-related gene activation in rice.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.118802
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012568 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程
GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0010219 regulation of vernalization response 生物过程
GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程
GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程
GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程
GO:0045814 negative regulation of gene expression, epigenetic 生物过程
GO:0048577 negative regulation of short-day photoperiodism, flowering 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G04240
dosa:Os03g0151300
osa:9268736
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.946
排名 1 · TkA02G552670 · TK1151
细胞质0.108
排名 2 · TkA02G552670 · TK1151
细胞膜0.027
排名 3 · TkA02G552670 · TK1151
线粒体0.016
排名 4 · TkA02G552670 · TK1151
内质网0.012
排名 5 · TkA02G552670 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02375JmjN17-50 aa
PF27832Htd294-159 aa
PF02373JmjC310-428 aa
PF17017zf-C2H2_aberr500-515 aa
PF27832Htd2743-844 aa
PF26218zf_C2H2_ZNF292996-1019 aa
PF13465zf-H2C2_2999-1013 aa
PF26177zf_C2H2_17_1st1000-1015 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G552670PF02375JmjN17502.7e-1659.8
TkA02G552670PF27832Htd2941590.3111.9
TkA02G552670PF02373JmjC3104281.2e-35123.1
TkA02G552670PF17017zf-C2H2_aberr5005154.28.2
TkA02G552670PF27832Htd27438440.3111.9
TkA02G552670PF26218zf_C2H2_ZNF29299610190.07113.4
TkA02G552670PF13465zf-H2C2_299910130.001819.2
TkA02G552670PF26177zf_C2H2_17_1st100010152.29.2
TkA02G552670PF17017zf-C2H2_aberr100110154.28.2
TkA02G552670PF30355zf_C2H2-Disco100210255.6e-0627.0
TkA02G552670PF00096zf-C2H2100210240.000321.8
TkA02G552670PF24446DUF7565100210420.3811.9
TkA02G552670PF22110TFIIIA_zf-C2H2100310110.05214.3
TkA02G552670PF15909zf-C2H2_8100410290.1613.1
TkA02G552670PF30355zf_C2H2-Disco102610405.6e-0627.0
TkA02G552670PF00096zf-C2H2102610490.000321.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q6BDA0拟南芥sp|Q6BDA0|ELF6_ARATH Lysine-specific demethylase ELF655.500%Swiss-Prot高置信
Q9STM3拟南芥sp|Q9STM3|REF6_ARATH Lysine-specific demethylase REF639.400%Swiss-Prot中等置信
F4KIX0拟南芥sp|F4KIX0|JMJ13_ARATH Lysine-specific demethylase JMJ1347.300%Swiss-Prot低置信
Q10RP4水稻sp|Q10RP4|SE14_ORYSJ Probable lysine-specific demethylase SE1443.200%Swiss-Prot中等置信
Q5N712水稻sp|Q5N712|JM705_ORYSJ Lysine-specific demethylase JMJ70545.200%Swiss-Prot低置信

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