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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G551540
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 142320539-142323381 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2315 bp · TkA02G551540|TK1151|cDNA

GTTATCCCTAAATGAACTCTCTCCCACACACATTTTGACCAACCCACCTCAAATCACCCGTTAATTATTGTTCGGCGACACGCTTTTAGGGATTTCAACCAGAAATAGTATCGACTATAACAACTCTATTCGAGTATTCACTAAAACCCCTATTGGAATTCAAACCTAGTTCGTGTTCTTCTGTTCTTTGAGCTTATCTTTTTGTGGTTTTGGTGGCCCAATAATGGCCGATCAAGAAGGGGGAGATTTCGTGAGTCAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1881 bp · TkA02G551540|TK1151|CDS

ATGGCCGATCAAGAAGGGGGAGATTTCGTGAGTCAACTGGTTGACTTGGTCAAGGATATTTCAGGGTTACCGGAGTGCAGAAACGCTCTAAGAAAGATGTATGGGAATCTGATGAGGAGAGTGAAGCTTTTGAGCCCTTTGTTTGAGGAACTCAAAGACAATGAACAAAAGCTCGATGATGGTGATCTTCAGGGATTAAAGACTTTGAGAATCGCCTTGAATTTGGCTTTTCAACTCCTCAAATCAGTCAATGATGGCAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

626 aa · TkA02G551540|TK1151|PROTEIN

MADQEGGDFVSQLVDLVKDISGLPECRNALRKMYGNLMRRVKLLSPLFEELKDNEQKLDDGDLQGLKTLRIALNLAFQLLKSVNDGSKIFQALQMDKTASKFHVVTTQIEEALNQINYNELNLSEEVHEQIELVHVQFKRAKERMDSPDLHLQRDLNLTLASMGNEPDLETLKRLSENLHLTTINDLKRESIAIHDMVISTGGYPEDSFEMMSFLLRKIKDYVMLKNPEADNSEGEKSIIRHRSPVIPDDFRCPISLELM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G551540
TK1151 IDTkA02G551540
OH-1004 IDLXL04_012580
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G551540
位置Chr02:142320539-142323381 (-)
描述Similar to PUB14: U-box domain-containing protein 14
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g54850 与特定的 E2 泛素结合酶一起发挥 E3 泛素连接酶的作用。
Structure and biochemical function of a prototypical Arabidopsis U-box domain.2004 · DOI: 10.1074/jbc.m405057200
At3g46510 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At2g28830 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os06g0102700 在体外具有 E3 泛素蛋白连接酶。 暂无已核实直接文献
UniProt: A2ZLU6 与防御相关的蛋白，可负向调控程序性细胞死亡。 暂无已核实直接文献
Os12g0570000 E3 泛素蛋白连接酶，负向调节程序性细胞死亡和抗病性。
Spotted leaf11, a negative regulator of plant cell death and defense, encodes a U-box/armadillo repeat protein endowed with E3 ubiquitin ligase activity.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.025171
SPIN1, a K homology domain protein negatively regulated and ubiquitinated by the E3 ubiquitin ligase SPL11, is involved in flowering time control in rice.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.058610
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012580 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0031348 negative regulation of defense response 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0043069 negative regulation of programmed cell death 生物过程
GO:0048586 regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0050777 negative regulation of immune response 生物过程
GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G46510
ath:AT3G54850
dosa:Os06g0102700
dosa:Os12g0570000
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.560
排名 1 · TkA02G551540 · TK1151
细胞核0.327
排名 2 · TkA02G551540 · TK1151
细胞膜0.233
排名 3 · TkA02G551540 · TK1151
高尔基体0.061
排名 4 · TkA02G551540 · TK1151
内质网0.059
排名 5 · TkA02G551540 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22215MLKL_N15-150 aa
PF25240PUB2_N29-118 aa
PF25368PUB10_N31-142 aa
PF19584MCAfunc36-134 aa
PF13646HEAT_2145-175 aa
PF04564U-box247-317 aa
PF11789zf-Nse250-290 aa
PF13445zf-RING_UBOX253-289 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G551540PF22215MLKL_N151500.002418.1
TkA02G551540PF25240PUB2_N291180.02815.1
TkA02G551540PF25368PUB10_N311422.3e-32112.9
TkA02G551540PF19584MCAfunc361340.09113.2
TkA02G551540PF13646HEAT_21451751e-0526.5
TkA02G551540PF04564U-box2473176.4e-2278.2
TkA02G551540PF11789zf-Nse2502900.0001422.3
TkA02G551540PF13445zf-RING_UBOX2532890.001419.3
TkA02G551540PF15227zf-C3HC4_42532890.1113.3
TkA02G551540PF25598ARM_PUB3436151.2e-2281.4
TkA02G551540PF24768ARM_ARMC53525143.1e-1247.2
TkA02G551540PF00514Arm3694084.1e-31106.7
TkA02G551540PF04826Arm_23724140.0116.1
TkA02G551540PF13513HEAT_EZ3744040.0001323.1
TkA02G551540PF13646HEAT_23774061e-0526.5
TkA02G551540PF30196WRM1_C3814350.112.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8VZ40拟南芥sp|Q8VZ40|PUB14_ARATH U-box domain-containing protein 1461.000%Swiss-Prot高置信
Q9SNC6拟南芥sp|Q9SNC6|PUB13_ARATH U-box domain-containing protein 1347.900%Swiss-Prot中等置信
Q9ZV31拟南芥sp|Q9ZV31|PUB12_ARATH U-box domain-containing protein 1289.700%Swiss-Prot低置信
Q5VRH9水稻sp|Q5VRH9|PUB12_ORYSJ U-box domain-containing protein 1257.000%Swiss-Prot高置信
A2ZLU6水稻sp|A2ZLU6|SL11_ORYSI Protein spotted leaf 1153.500%Swiss-Prot中等置信
Q0IMG9水稻sp|Q0IMG9|SL11_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase SPL1153.500%Swiss-Prot中等置信

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