LXL04_012580 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012580

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 15110382-15112773 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1881 bp · LXL04_012580|LXL04_012580|OH1004|cDNA

ATGGCCGATCAAGAAGGGGGAGATTTTGTGAGTCAACTGGTTGACTTGGTCAAGGATATTTCAGGGTTACCGGAGTGCAGAAACGCTCTAAGAAAGATGTATGGGAATCTGATGAGGAGAGTGAAGCTTTTGAGCCCTTTGTTTGAGGAACTCAAAGACAATGAACAAAAGCTCGATGATGGTGATCTTCAGGGATTAAAGACTTTGAGAATcgctttgaatttggcttttCAACTCCTCAAATCAGTCAATGATGGCAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1881 bp · LXL04_012580|LXL04_012580|OH1004|CDS

ATGGCCGATCAAGAAGGGGGAGATTTTGTGAGTCAACTGGTTGACTTGGTCAAGGATATTTCAGGGTTACCGGAGTGCAGAAACGCTCTAAGAAAGATGTATGGGAATCTGATGAGGAGAGTGAAGCTTTTGAGCCCTTTGTTTGAGGAACTCAAAGACAATGAACAAAAGCTCGATGATGGTGATCTTCAGGGATTAAAGACTTTGAGAATCGCTTTGAATTTGGCTTTTCAACTCCTCAAATCAGTCAATGATGGCAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

626 aa · LXL04_012580|LXL04_012580|OH1004|PROTEIN

MADQEGGDFVSQLVDLVKDISGLPECRNALRKMYGNLMRRVKLLSPLFEELKDNEQKLDDGDLQGLKTLRIALNLAFQLLKSVNDGSKIFQALQMDKTASKFHVVTTQIEEALNQINYNELNLSEEVHEQIELVHVQFKRAKERMDSPDLHLQRDLNLTLASMGNEPDLETLKRLSENLHLTTINNLKRESIAIHDMVISTGGYPEDSFEMMSFLLRKIKDYVMLKNPEADNSEGEKSIIRHRSPVIPDDFRCPISLELM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012580`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012580

位置 Chr03:15110382-15112773 (+)

描述 Similar to PUB14: U-box domain-containing protein 14

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g54850`	与特定的 E2 泛素结合酶一起发挥 E3 泛素连接酶的作用。	Structure and biochemical function of a prototypical Arabidopsis U-box domain.2004 · DOI: 10.1074/jbc.m405057200
`At3g46510`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0102700`	在体外具有 E3 泛素蛋白连接酶。	暂无已核实直接文献
`Os12g0570000`	E3 泛素蛋白连接酶，负向调节程序性细胞死亡和抗病性。	Spotted leaf11, a negative regulator of plant cell death and defense, encodes a U-box/armadillo repeat protein endowed with E3 ubiquitin ligase activity.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.025171 SPIN1, a K homology domain protein negatively regulated and ubiquitinated by the E3 ubiquitin ligase SPL11, is involved in flowering time control in rice.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.058610
`UniProt: A2ZLU6`	与防御相关的蛋白，可负向调控程序性细胞死亡。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012580 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031348 negative regulation of defense response 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0043069 negative regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0048586 regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0050777 negative regulation of immune response 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G46510

ath:AT3G54850

dosa:Os06g0102700

dosa:Os12g0570000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.561

排名 1 · LXL04_012580 · OH-1004

细胞核0.327

排名 2 · LXL04_012580 · OH-1004

细胞膜0.235

排名 3 · LXL04_012580 · OH-1004

高尔基体0.061

排名 4 · LXL04_012580 · OH-1004

内质网0.058

排名 5 · LXL04_012580 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25368.2PUB10_N31-142 aa

PF04564.22U-box247-317 aa

PF25598.2ARM_PUB343-615 aa

PF24768.2ARM_ARMC5352-514 aa

PF00514.30Arm369-408 aa

PF00514.30Arm410-449 aa

PF00514.30Arm452-490 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012580	`PF25368.2`	PUB10_N	31	142	2.3e-32	112.9
LXL04_012580	`PF04564.22`	U-box	247	317	6.4e-22	78.2
LXL04_012580	`PF25598.2`	ARM_PUB	343	615	7.3e-23	82.2
LXL04_012580	`PF24768.2`	ARM_ARMC5	352	514	3.6e-12	47.0
LXL04_012580	`PF00514.30`	Arm	369	408	4.4e-31	106.6
LXL04_012580	`PF00514.30`	Arm	410	449	4.4e-31	106.6
LXL04_012580	`PF00514.30`	Arm	452	490	4.4e-31	106.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VZ40`	拟南芥	U-box domain-containing protein 14	63.799%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SNC6`	拟南芥	U-box domain-containing protein 13	52.441%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5VRH9`	水稻	U-box domain-containing protein 12	58.609%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0IMG9`	水稻	E3 ubiquitin-protein ligase SPL11	54.395%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2ZLU6`	水稻	Protein spotted leaf 11	54.395%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情