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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G550460
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 142024052-142029887 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3886 bp · TkA02G550460|TK1151|cDNA

TGGTTCGCATAGTTATTTAATTGCACCTAGAATGCTGTTATGCATTTTGAATTCTTTGATACGTCATAGCTTCTGAACTTGTAGAGGGGGAACATGGGAGAAGGTGAGGTATGTGTGGCTGTGCTGACCAATGTTGGGGAAATGAACAAGAGCCATGTGCTAAAACACCTCCCACAGATGGTTTAAATATTATTAAACCAGAACCTTCAGTTGAGCAGGTTATTAAAGAATGTTCAGATGGGTTGGATCTAGATGCTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

3486 bp · TkA02G550460|TK1151|CDS

ATGTGTGGCTGTGCTGACCAATGTTGGGGAAATGAACAAGAGCCATGTGCTAAAACACCTCCCACAGATGGTTTAAATATTATTAAACCAGAACCTTCAGTTGAGCAGGTTATTAAAGAATGTTCAGATGGGTTGGATCTAGATGCTTCTGGTGAGGAGCTTGTCCAAGAATGTCTGAAGGTGACAGAACAACAGATATGTGAAAGTAAGCAAGCAAAAGAGAGTTTAAATTATAATGGTGTAAATCCTTCTGTCGAGCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1161 aa · TkA02G550460|TK1151|PROTEIN

MCGCADQCWGNEQEPCAKTPPTDGLNIIKPEPSVEQVIKECSDGLDLDASGEELVQECLKVTEQQICESKQAKESLNYNGVNPSVEQPVTEGLDNMELDPCGEKHSLEVSNDMEIEHIVEQPVKECLNEMVPEPIVEQPVKECLNEMVPEPIVEQPVKECLNEMVPEPIVEQPVKECLNEMVPEPIVEQPVKECLNEMVQESIVEQPVKECLIEVVLERIVEQPVMECLNNMKPEPNIEQPIKECMNEMELEPIAEQPVK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G550460
TK1151 IDTkA02G550460
OH-1004 IDLXL04_012605
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)94.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.053 / OH-1004 94.316
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G550460
位置Chr02:142024052-142029887 (-)
描述Similar to IDM1: Increased DNA methylation 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012605 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程
GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0007051 spindle organization 生物过程
GO:0007098 centrosome cycle 生物过程
GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程
GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程
GO:0015671 oxygen transport 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G14980
hsa:1107
hsa:1108
mmu:107932
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.773
排名 1 · TkA02G550460 · TK1151
细胞质0.212
排名 2 · TkA02G550460 · TK1151
细胞膜0.074
排名 3 · TkA02G550460 · TK1151
内质网0.034
排名 4 · TkA02G550460 · TK1151
高尔基体0.023
排名 5 · TkA02G550460 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23011PHD-1st_NSD52-70 aa
PF03962Mnd1117-137 aa
PF03962Mnd1135-154 aa
PF03962Mnd1151-171 aa
PF03962Mnd1168-188 aa
PF03962Mnd1185-206 aa
PF03962Mnd1199-222 aa
PF00583Acetyltransf_1549-568 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G550460PF23011PHD-1st_NSD52701.5e-0525.7
TkA02G550460PF03962Mnd11171370.01116.7
TkA02G550460PF03962Mnd11351540.01116.7
TkA02G550460PF03962Mnd11511710.01116.7
TkA02G550460PF03962Mnd11681880.01116.7
TkA02G550460PF03962Mnd11852060.01116.7
TkA02G550460PF03962Mnd11992220.01116.7
TkA02G550460PF00583Acetyltransf_15495680.009516.9
TkA02G550460PF16135TDBD5506041.4e-2589.7
TkA02G550460PF28084HVO_A05567537701.89.3
TkA02G550460PF10080FtrD-like7577820.009716.7
TkA02G550460PF16135TDBD7598041.4e-2589.7
TkA02G550460PF00628PHD7597701.5e-0732.0
TkA02G550460PF18439zf_UBZ7627805.27.5
TkA02G550460PF13831PHD_27637708.1e-0522.7
TkA02G550460PF14446Prok-RING_17637700.3211.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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