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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G550450
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 142022419-142022796 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

378 bp · TkA02G550450|TK1151|cDNA

ATGGCGACAATCAGTTTGAGAAAGGGGAACACAAGGCTTCCACCGGAGGTTAACAGGGTCCTCTACGTACGCAACTTGCCGTTCAACATCACTTCAGAAGAGATGTACGATATATTCGGAAAATACGGTGCAATTCGTCAGATACGTATCGGAACGAACAAGGATACGCGAGGCACTGCCTTCGTAGTCTACGAAGATATCTACGATGCGAAGACAGCAGTCGATCATCTTTCCGGTTTTAACGTTGCCAATCGGTACCT...

CDS

下载 CDS FASTA

378 bp · TkA02G550450|TK1151|CDS

ATGGCGACAATCAGTTTGAGAAAGGGGAACACAAGGCTTCCACCGGAGGTTAACAGGGTCCTCTACGTACGCAACTTGCCGTTCAACATCACTTCAGAAGAGATGTACGATATATTCGGAAAATACGGTGCAATTCGTCAGATACGTATCGGAACGAACAAGGATACGCGAGGCACTGCCTTCGTAGTCTACGAAGATATCTACGATGCGAAGACAGCAGTCGATCATCTTTCCGGTTTTAACGTTGCCAATCGGTACCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

125 aa · TkA02G550450|TK1151|PROTEIN

MATISLRKGNTRLPPEVNRVLYVRNLPFNITSEEMYDIFGKYGAIRQIRIGTNKDTRGTAFVVYEDIYDAKTAVDHLSGFNVANRYLIVLYYQQAKMSKKFDQKKKEEELTKLQEKYGVTAKDLQ

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G550450
TK1151 IDTkA02G550450
OH-1004 IDLXL04_012606
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G550450
位置Chr02:142022419-142022796 (-)
描述Similar to At5g12190: Splicing factor 3B subunit 6-like protein
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g12190 可能对 pre-mRNA 的剪接是必要的。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012606 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000387 spliceosomal snRNP assembly 生物过程
GO:0000388 spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) 生物过程
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:1903241 U2-type prespliceosome assembly 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分
GO:0005684 U2-type spliceosomal complex 细胞组分
GO:0005689 U12-type spliceosomal complex 细胞组分
GO:0034693 U11/U12 snRNP 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G12190
cel:CELE_C50D2.5
dme:Dmel_CG13298
hsa:51639
mmu:66055
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.894
排名 1 · TkA02G550450 · TK1151
细胞质0.226
排名 2 · TkA02G550450 · TK1151
线粒体0.021
排名 3 · TkA02G550450 · TK1151
细胞膜0.018
排名 4 · TkA02G550450 · TK1151
内质网0.009
排名 5 · TkA02G550450 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13893RRM_517-108 aa
PF22976RRM_1018-78 aa
PF28976RRM_ACIN119-80 aa
PF28442DUF840020-47 aa
PF00076RRM_121-87 aa
PF16367RRM_721-75 aa
PF25015RBD_AKAP-17A35-52 aa
PF29326RRM_MUD2_C55-94 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G550450PF13893RRM_5171083.5e-0833.9
TkA02G550450PF22976RRM_1018780.02115.7
TkA02G550450PF28976RRM_ACIN119800.2312.3
TkA02G550450PF28442DUF840020470.08813.7
TkA02G550450PF00076RRM_121871.6e-1867.1
TkA02G550450PF16367RRM_721750.02415.3
TkA02G550450PF25015RBD_AKAP-17A35520.6910.0
TkA02G550450PF29326RRM_MUD2_C55940.0315.1
TkA02G550450PF06675DUF1177581200.1212.0
TkA02G550450PF25015RBD_AKAP-17A601050.6910.0
TkA02G550450PF28442DUF8400961140.08813.7
TkA02G550450PF00076RRM_11041191.6e-1867.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FMP4拟南芥sp|Q9FMP4|SF3B6_ARATH Splicing factor 3B subunit 6-like protein89.400%Swiss-Prot高置信

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