RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G549100
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 141712343-141714552 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2088 bp · TkA02G549100|TK1151|cDNA

CTCTCTCCCATCTTTCCGGCTATCTCTCTCTTCAAATTCTACTTTTCTCTCTCAAACACCAACCACACATTCCAGTTTCCATCTCACACGCGTTCCTCATAATCAAATCAATTCCACTTCCAAATCCAAAATCCAAAAGCAAAAGTCATCGTGAGCATGAAGAAATTTGCTGGTTTTTCTCCTAGACGATCTTCATCTTCTTTCATAGCTCATTATCCTTCTCCTTCACGTTTCGCCTTACCAGCTCCCAGTAGAAGTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1587 bp · TkA02G549100|TK1151|CDS

ATGCCAAGGGCTCAGCATCTTATGCAGATTGCTATGAAACGGTTGGAGAAGGAGTTTTATCAGATTTTGTCCTTGAATCGAGCGCAGTTGGATCCAGAATCGGTTTCAACTCGATCATCTCGAACATCGACCAGATCAAGTTTATCGGATTTTGCTGAAGAATCAGATGATGAGATACGAGTTGCAGGAGAATTGATCACTGAAGTCGAAGATACTGCGGAAGGAGTCATGGCGGATCTCAAATTGATAGCGGAGTGCAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

528 aa · TkA02G549100|TK1151|PROTEIN

MPRAQHLMQIAMKRLEKEFYQILSLNRAQLDPESVSTRSSRTSTRSSLSDFAEESDDEIRVAGELITEVEDTAEGVMADLKLIAECMISSGYGKECVKIYKIIRKSIVDEGIYKLGVEKLKSAHVHKMDWEVLDLKIKNWLAAVKIAVRTLFHGERILCDHVFASSDSIREACYTEITKEGASILFGFPENVAKNSKKSPERIFRTLDMYTAIASQWPEIVSLFSFSSTSFVVNQALNSLIKLSESVRLDLTEFETLLNK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G549100
TK1151 IDTkA02G549100
OH-1004 IDLXL04_012624
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.621 / OH-1004 83.625
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G549100
位置Chr02:141712343-141714552 (+)
描述Similar to EXO70H1: Exocyst complex component EXO70H1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g55150 胞吐复合体（exocyst）亚复合物的组分，特异性参与自噬相关且不依赖高尔基体的向液泡膜运输。
The role for the exocyst complex subunits Exo70B2 and Exo70H1 in the plant-pathogen interaction.2011 · DOI: 10.1093/jxb/erq402
At5g03540 胞吐复合体（exocyst）的组分，参与调控性或极性分泌过程中，胞吐囊泡与质膜融合位点的对接。
AtEXO70A1, a member of a family of putative exocyst subunits specifically expanded in land plants, is important for polar growth and plant development.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02854.x
Arabidopsis exocyst subunits SEC8 and EXO70A1 and exocyst interactor ROH1 are involved in the localized deposition of seed coat pectin.2010 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2010.03372.x
The Arabidopsis exocyst complex is involved in cytokinesis and cell plate maturation.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.074351
The exocyst complex contributes to PIN auxin efflux carrier recycling and polar auxin transport in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12074
EXO70A1-mediated vesicle trafficking is critical for tracheary element development in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.112144
Microtubule-dependent targeting of the exocyst complex is necessary for xylem development in Arabidopsis.2017 · DOI: 10.1111/nph.14267
At5g58430 胞吐复合体（exocyst）亚复合物的组分，特异性参与自噬相关且不依赖高尔基体的向液泡膜运输。
Arabidopsis exocyst subcomplex containing subunit EXO70B1 is involved in autophagy-related transport to the vacuole.2013 · DOI: 10.1111/tra.12101
The N-Terminal UND Motif of the Arabidopsis U-Box E3 Ligase PUB18 Is Critical for the Negative Regulation of ABA-Mediated Stomatal Movement and Determines Its Ubiquitination Specificity for Exocyst Subunit Exo70B1.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00347
At5g52350 胞吐复合体（exocyst）的组分，参与调控性或极性分泌过程中，胞吐囊泡与质膜融合位点的对接。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012624 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000919 cell plate assembly 生物过程
GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程
GO:0002238 response to molecule of fungal origin 生物过程
GO:0006887 exocytosis 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0006955 immune response 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009617 response to bacterium 生物过程
GO:0009620 response to fungus 生物过程
GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009832 plant-type cell wall biogenesis 生物过程
GO:0010089 xylem development 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G07000
ath:AT3G55150
ath:AT5G03540
ath:AT5G13990
ath:AT5G58430
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.560
排名 1 · TkA02G549100 · TK1151
细胞膜0.382
排名 2 · TkA02G549100 · TK1151
细胞核0.249
排名 3 · TkA02G549100 · TK1151
高尔基体0.043
排名 4 · TkA02G549100 · TK1151
溶酶体／液泡0.036
排名 5 · TkA02G549100 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20669Exo70_N3-24 aa
PF03081Exo70_C39-55 aa
PF03081Exo70_C138-499 aa
PF20669Exo70_N249-257 aa
PF20669Exo70_N355-374 aa
PF11599AviRa368-446 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G549100PF20669Exo70_N3241.6e-0525.8
TkA02G549100PF03081Exo70_C39552.5e-98330.3
TkA02G549100PF03081Exo70_C1384992.5e-98330.3
TkA02G549100PF20669Exo70_N2492571.6e-0525.8
TkA02G549100PF20669Exo70_N3553741.6e-0525.8
TkA02G549100PF11599AviRa3684460.1312.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8VY27拟南芥sp|Q8VY27|E70H1_ARATH Exocyst complex component EXO70H150.800%Swiss-Prot高置信
Q9LZD3拟南芥sp|Q9LZD3|E70A1_ARATH Exocyst complex component EXO70A131.700%Swiss-Prot中等置信
Q9FGH9拟南芥sp|Q9FGH9|E70B1_ARATH Exocyst complex component EXO70B130.500%Swiss-Prot中等置信
F4KG58拟南芥sp|F4KG58|E70A3_ARATH Exocyst complex component EXO70A327.800%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看