TkA02G546200 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G546200

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 140890053-140892061 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1822 bp · TkA02G546200|TK1151|cDNA

TGACTAAATGTGTATATAGTATTTTATTGATAAATGACTAAATGTGTATATAGTATTTTATTGAGAAAACTGGATAGATACAGTGAAAGACATGGTAATGAGAATAATGGTATAGTTCTTGTTCCGTTTCAGAGTGGAGCTTCTTTACGTGACCACCCCCACCCACCTCTCGCCCCCCTTATCCCTCACACATTCACCACCTATGATTTCTTCAACAAAAGGTACCACTTTCCATGATTTATATCCCCAATTCCTCTTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1125 bp · TkA02G546200|TK1151|CDS

ATGGGTAATGTTGGAAGTAACAGCTCCAACGGCCGGCGGAGACACGGAGGTGGAGGGAGCAGGCGGGGAAACAATCAAAATCACCCTACACCGCCACCGCCTCAACAGCCACAACCGGAGATCAACGCTAACAGATACGTATTCGCCGCGGCCACACCGTACCCTGCACCATACCCTAACCCTAACCCTAATACTCCTCAACCTCATCCGCCATACTACCAATACCCATCTGGACCATACTACCCACCACCACCGCCTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

374 aa · TkA02G546200|TK1151|PROTEIN

MGNVGSNSSNGRRRHGGGGSRRGNNQNHPTPPPPQQPQPEINANRYVFAAATPYPAPYPNPNPNTPQPHPPYYQYPSGPYYPPPPPPAAPLPAQYDHHHRVPMDPAAQAWVGGRYPCGPVMNPPTPYVDHQKAVTIRNDVNLKKETLKIEPDQENPGKFLVVFTYDATVAGSITLYFFAKEGEDCNMSPTKEHLPPITVAFQQGLGQKFRQEPGTGIDLSSFEEAELLKLSETGVYPLAIKAEATPSVSEDGTTNPGTTN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G546200`
TK1151 ID	TkA02G546200
OH-1004 ID	LXL04_012673
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 89.037 / OH-1004 35.127 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G546200

位置 Chr02:140890053-140892061 (+)

描述 Similar to LOG2: Probable E3 ubiquitin-protein ligase LOG2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g09770`	在体外作为E3泛素蛋白连接酶，或作为E3复合物的组分，从特定E2泛素结合酶接受泛素，并将其转移至底物。	暂无已核实直接文献
`At3g53410`	在体外作为E3泛素蛋白连接酶，或作为E3复合物的组分，从特定E2泛素结合酶接受泛素，并将其转移至底物。	暂无已核实直接文献
`At5g03200`	在体外作为E3泛素蛋白连接酶，或作为E3复合物的组分，从特定E2泛素结合酶接受泛素，并将其转移至底物。	暂无已核实直接文献
`At3g06140`	在体外作为E3泛素蛋白连接酶，或作为E3复合物的组分，从特定E2泛素结合酶接受泛素，并将其转移至底物。	暂无已核实直接文献
`At5g19080`	在体外作为E3泛素蛋白连接酶，或作为E3复合物的组分，从特定E2泛素结合酶接受泛素，并将其转移至底物。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012673 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0080144 intracellular amino acid homeostasis 生物过程

GO:0090333 regulation of stomatal closure 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G06140

ath:AT3G09770

ath:AT3G53410

ath:AT5G03200

ath:AT5G19080

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.469

排名 1 · TkA02G546200 · TK1151

细胞核0.387

排名 2 · TkA02G546200 · TK1151

细胞膜0.188

排名 3 · TkA02G546200 · TK1151

内质网0.128

排名 4 · TkA02G546200 · TK1151

溶酶体／液泡0.108

排名 5 · TkA02G546200 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26192RNF157-like_N140-293 aa

PF19744DUF6232277-297 aa

PF13920zf-C3HC4_3315-361 aa

PF13639zf-RING_2316-356 aa

PF14634zf-RING_5316-357 aa

PF13923zf-C3HC4_2316-355 aa

PF17123zf-RING_11316-335 aa

PF14447Prok-RING_4317-360 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G546200	`PF26192`	RNF157-like_N	140	293	5.2e-67	225.8
TkA02G546200	`PF19744`	DUF6232	277	297	0.26	12.5
TkA02G546200	`PF13920`	zf-C3HC4_3	315	361	1.2e-16	60.9
TkA02G546200	`PF13639`	zf-RING_2	316	356	6.6e-07	30.2
TkA02G546200	`PF14634`	zf-RING_5	316	357	0.032	14.9
TkA02G546200	`PF13923`	zf-C3HC4_2	316	355	0.44	11.1
TkA02G546200	`PF17123`	zf-RING_11	316	335	0.87	10.1
TkA02G546200	`PF14447`	Prok-RING_4	317	360	3.8e-05	24.2
TkA02G546200	`PF00097`	zf-C3HC4	317	355	0.0024	18.4
TkA02G546200	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	317	360	0.93	10.3
TkA02G546200	`PF14570`	zf-RING_4	319	358	2.2	8.9
TkA02G546200	`PF03854`	zf-P11	326	359	0.052	13.9
TkA02G546200	`PF17123`	zf-RING_11	352	360	0.87	10.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9S752`	拟南芥	sp\|Q9S752\|LOFG2_ARATH Probable E3 ubiquitin-protein ligase LOG2	66.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LFH6`	拟南芥	sp\|Q9LFH6\|LUL2_ARATH Probable E3 ubiquitin-protein ligase LUL2	63.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LYW5`	拟南芥	sp\|Q9LYW5\|LUL1_ARATH Probable E3 ubiquitin-protein ligase LUL1	62.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q8LA32`	拟南芥	sp\|Q8LA32\|LUL4_ARATH Probable E3 ubiquitin-protein ligase LUL4	48.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q84ME1`	拟南芥	sp\|Q84ME1\|LUL3_ARATH Probable E3 ubiquitin-protein ligase LUL3	48.800%	Swiss-Prot	中等置信

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