TkA02G545000 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G545000

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 140546414-140552324 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1742 bp · TkA02G545000|TK1151|cDNA

TTTTAGAAAAGTCTTTTTCTTTTCAAATGTAAAAAGACTTATTTAGCCTCCAGCTTTACCCTTTTCACGCCATTACTCCCTACCAGCCATCGATTCCTCGATTCCTGTACGAGTCATTACTGCCCTCGATACTCCTTCACGGCTTCACCAGCCCTCGATACTCCTTCACCAGCCCTCGATGGCTGTCAAGATTGAAATCGGTGTTGCTTCCATTCGGTGTTTGCTTCCAATCAGCTTCCAATAAGCTTCCAATCGGTGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

852 bp · TkA02G545000|TK1151|CDS

ATGGCTGTTCACCCAGGGGGTGAAGGTGTAATTTGGTCATTGCCAAAGAGTTGCAGATGGTATGAATGGGAAGTGAGCAAGGAAGAAGATGAGTTGAAAGTGAGTCTAATTGAGTCAGAGAAAGTTCTTTATGAATTGGAGCATATTGGACAACAACTGGCAGTTACTTTTAACCATGATGGTTCTTTACTTGCTGCAGGTGGTGAGGATGGTAAGCTGAGGGCATTCAAGTGGCCTTCCATGGAATCACTTATTGATAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

283 aa · TkA02G545000|TK1151|PROTEIN

MAVHPGGEGVIWSLPKSCRWYEWEVSKEEDELKVSLIESEKVLYELEHIGQQLAVTFNHDGSLLAAGGEDGKLRAFKWPSMESLIDIPDAHSSVKNLDFSPDGKFLVSVGSGGPGRVWDTSSSTNKASLPKENDEVFGFCKFSHDTLNNEFLYITATRDRGGSIIKWNTTTWKRISSKIVVKDPISAFNVSDDGKFLAIGTIQGDIYILNGNMRVHTVIKKAHLGLVTALAFSQDSRGLVSASLDASARVTLIKETNNNG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G545000`
TK1151 ID	TkA02G545000
OH-1004 ID	LXL04_012694
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 73.506 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G545000

位置 Chr02:140546414-140552324 (+)

描述 Similar to STL2P: SEC12-like protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g01470`	内质网运输囊泡形成或出芽所需的。	Fission yeast and a plant have functional homologues of the Sar1 and Sec12 proteins involved in ER to Golgi traffic in budding yeast.1992 · DOI: 10.1002/j.1460-2075.1992.tb05514.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012694 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0003400 regulation of COPII vesicle coating 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006817 phosphate ion transport 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0042953 lipoprotein transport 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0048208 COPII vesicle coating 生物过程

GO:0090110 COPII-coated vesicle cargo loading 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G01470

ath:AT3G52190

hsa:10113

mmu:50907

rno:58842

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.433

排名 1 · TkA02G545000 · TK1151

细胞质0.186

排名 2 · TkA02G545000 · TK1151

细胞核0.175

排名 3 · TkA02G545000 · TK1151

高尔基体0.167

排名 4 · TkA02G545000 · TK1151

细胞膜0.119

排名 5 · TkA02G545000 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25174Beta-prop_THOC325-145 aa

PF25172Beta-prop_WDR3_2nd26-126 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st27-127 aa

PF26550Tricorn_2nd27-107 aa

PF25171Beta-prop_WDR36-Utp21_1st31-110 aa

PF25175Beta-prop_WDR532-145 aa

PF25047Beta-prop_TEP1_2nd32-73 aa

PF23393Beta-prop_WDR90_POC16_2nd33-123 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G545000	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	25	145	1.9e-19	70.5
TkA02G545000	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	26	126	6.8e-11	42.6
TkA02G545000	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	27	127	1.7e-17	64.4
TkA02G545000	`PF26550`	Tricorn_2nd	27	107	5.8e-06	26.0
TkA02G545000	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	31	110	1.3e-08	35.4
TkA02G545000	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	32	145	4.4e-19	69.6
TkA02G545000	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	32	73	0.00033	20.6
TkA02G545000	`PF23393`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	33	123	3.8e-10	40.2
TkA02G545000	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	34	109	2.7e-13	50.6
TkA02G545000	`PF23409`	Beta-prop_EML	38	141	8.7e-08	32.7
TkA02G545000	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	39	125	1.1e-19	71.6
TkA02G545000	`PF23756`	Beta-prop_HPS5	42	140	0.015	15.2
TkA02G545000	`PF21032`	PROPPIN	47	114	0.0083	16.1
TkA02G545000	`PF24805`	EIF3I	48	121	1.1e-07	32.0
TkA02G545000	`PF25391`	WD40_Gbeta	48	125	0.00056	19.7
TkA02G545000	`PF23410`	Beta-prop_VPS8	50	113	2e-09	37.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39221`	拟南芥	sp\|Q39221\|STLP2_ARATH SEC12-like protein 2	56.200%	Swiss-Prot	高置信

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