TkA02G544490 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G544490

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 140408315-140410414 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1284 bp · TkA02G544490|TK1151|cDNA

TTCTAATCCATACAACAATTTCATTAAAAAAATACTTGCCCACTTTTAGTCGTTGGGAGCCTTTTGTATTCTTCATTTCGTTGGTCAAATTAAGACTTCCATCGCCTCCGTTGGCTACTTGTTCTTCTCCTGCATCTCAGTTTTCCATTTTTCAACAATTACAATTTGATCTTTATCATCATAAGCTGATTAGAGAGAGACAGAAAACCTTGAGACACTATGATGTGCTTTCAGTCATCTTACTGCGGAGACAAGGATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1065 bp · TkA02G544490|TK1151|CDS

ATGATGTGCTTTCAGTCATCTTACTGCGGAGACAAGGATGAAGTACCAGAAACTCCAACAAATCTAAGTACAATTCAGTCTCTCGGTTCTGGATCTACAGATCGTACGGCGTCTGGTTCAGAGTCAAATTCCCAAACTGCCTTCGAACCAAAATCCAAATTCAGAAAGATGAGGTATCCTAGTTTCTCAAAACGATCAAGTATCCTCAGAGAGTTCAAATTTTCCGAGCTCAAATCCGCCACAAAAAACTTCAGCATTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

354 aa · TkA02G544490|TK1151|PROTEIN

MMCFQSSYCGDKDEVPETPTNLSTIQSLGSGSTDRTASGSESNSQTAFEPKSKFRKMRYPSFSKRSSILREFKFSELKSATKNFSIASKLGEGGFGSVYTGTIKNPKDPSKDINVAVKQLGKRGFQGHKEWVTEVNVLGIVQHPNLVKLVGYCAEDHEKGIQRLLVYEYMPNRCVEYHLSPRSGTVLSWSTRLNIAQDTARGLAYLHEGMDFQIIFRDFKSSNILLDDKWNAKLSDFGMARLGPKEGYSHVTTAVVGTMG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G544490`
TK1151 ID	TkA02G544490
OH-1004 ID	LXL04_012701
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	84.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G544490

位置 Chr02:140408315-140410414 (-)

描述 Similar to PCRK1: Serine/threonine-protein kinase PCRK1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g09830`	参与早期免疫反应的激活。	The receptor-like cytoplasmic kinase PCRK1 contributes to pattern-triggered immunity against Pseudomonas syringae in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.1111/nph.13345 Functional characterization of PCRK1, a putative protein kinase with a role in immunity.2015 · DOI: 10.1080/15592324.2015.1063759
`At5g03320`	与 PCRK1 在对细菌病原体的基础抗性及植物免疫调控中功能冗余。	暂无已核实直接文献
`At5g47070`	可能参与植物防御信号传导。	暂无已核实直接文献
`At1g69790`	可能参与植物防御信号传导。	暂无已核实直接文献
`At4g17660`	可能参与植物防御信号传导。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012701 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002221 pattern recognition receptor signaling pathway 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0010073 meristem maintenance 生物过程

GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程

GO:0010088 phloem development 生物过程

GO:0010492 maintenance of shoot apical meristem identity 生物过程

GO:0031663 lipopolysaccharide-mediated signaling pathway 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0080142 regulation of salicylic acid biosynthetic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G01300

ath:AT3G09830

ath:AT3G28690

ath:AT5G03320

ath:AT5G15080

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.657

排名 1 · TkA02G544490 · TK1151

细胞质0.224

排名 2 · TkA02G544490 · TK1151

细胞核0.210

排名 3 · TkA02G544490 · TK1151

内质网0.051

排名 4 · TkA02G544490 · TK1151

高尔基体0.030

排名 5 · TkA02G544490 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069Pkinase85-270 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr86-271 aa

PF01636APH144-173 aa

PF01636APH202-244 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr275-297 aa

PF00069Pkinase277-297 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G544490	`PF00069`	Pkinase	85	270	2.1e-33	116.6
TkA02G544490	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	86	271	3.4e-34	119.0
TkA02G544490	`PF01636`	APH	144	173	0.023	15.2
TkA02G544490	`PF01636`	APH	202	244	0.023	15.2
TkA02G544490	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	275	297	3.4e-34	119.0
TkA02G544490	`PF00069`	Pkinase	277	297	2.1e-33	116.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SF86`	拟南芥	sp\|Q9SF86\|PCRK1_ARATH Serine/threonine-protein kinase PCRK1	50.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LZF8`	拟南芥	sp\|Q9LZF8\|PCRK2_ARATH Serine/threonine-protein kinase PCRK2	48.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LTC0`	拟南芥	sp\|Q9LTC0\|PBL19_ARATH Probable serine/threonine-protein kinase PBL19	55.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q5XF79`	拟南芥	sp\|Q5XF79\|PBL18_ARATH Probable serine/threonine-protein kinase PBL18	54.500%	Swiss-Prot	中等置信
`F4JPX3`	拟南芥	sp\|F4JPX3\|PBL20_ARATH Probable serine/threonine-protein kinase PBL20	55.300%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情