TkA02G539170 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G539170

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 139056759-139058127 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

908 bp · TkA02G539170|TK1151|cDNA

GGGCTTCAAATTCTAAATAAGCCGATAAAGGTTTTGGGCTTCAAATCCGAACTGCACTCTTCGAGACTTCAGTATTCTGACTATACTGTTTGTTGAGTTCGACTTCGGTTCAGTACTCTACCACGCCATCTTCATCGAAAATCGACGCCGTTCACATCGGAAATTGATCGGAAATCACCTGCAACTTCAGGTGCTTTCCCACGGCCTCTTCATCGCTGCTGCACAAACCATTTGGGCTTTAAAGCTCAAATCGGCAATTT...

CDS

下载 CDS FASTA

396 bp · TkA02G539170|TK1151|CDS

ATGAGGAAAACTAGTTTGATACAGTTTGCGAGACAATTAATCACATCTTCATCTTCGCACTGCCGCTCCTTCTCTTCTCCTCCTTCCAACAATAAACTATTTGTCGCAGGGTTGTCGTGGTCGGTAGATGAAAAGTCATTGAAAGAAGCTTTCTCTTCATTTGGCGAGGTATCCGAAGTAAGGATCATGTACGATAAAGACAGTGGTAGGTCAAGAGGTTTCGGATTTGTAAACTTCTCAAAAGAAGTTGAAGCCAGTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

131 aa · TkA02G539170|TK1151|PROTEIN

MRKTSLIQFARQLITSSSSHCRSFSSPPSNNKLFVAGLSWSVDEKSLKEAFSSFGEVSEVRIMYDKDSGRSRGFGFVNFSKEVEASSAKDAMDGKAFLGRPLSVNFAMDKVHKEPVTTSRINRATTFSRTR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G539170`
TK1151 ID	TkA02G539170
OH-1004 ID	LXL04_014533
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	53.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 61.832 / OH-1004 55.479 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G539170

位置 Chr02:139056759-139058127 (+)

描述 Similar to RBG2: Glycine-rich RNA-binding protein 2, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g23830`	可能在应激期间的 RNA 转录或加工中发挥作用。	Characterization of transgenic Arabidopsis plants overexpressing GR-RBP4 under high salinity, dehydration, or cold stress.2005 · DOI: 10.1093/jxb/eri298
`At5g61030`	可能在应激期间的RNA转录或加工中具有作用（通过相似性）。	Two RNA recognition motif-containing proteins are plant mitochondrial editing factors.2015 · DOI: 10.1093/nar/gkv245
`At4g13850`	促进若干线粒体 RNA（包括 NAD5 转录本）的顺式剪接和编辑。	暂无已核实直接文献
`At5g47320`	在RPS19中发现的RNA结合结构域可能功能上替代缺失的线粒体RPS13。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014533 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0006858 extracellular transport 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009631 cold acclimation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程

GO:0050658 RNA transport 生物过程

GO:0050688 regulation of defense response to virus 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G74230

ath:AT3G23830

ath:AT4G13850

ath:AT5G47320

ath:AT5G61030

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.810

排名 1 · TkA02G539170 · TK1151

质体0.112

排名 2 · TkA02G539170 · TK1151

细胞核0.061

排名 3 · TkA02G539170 · TK1151

细胞质0.053

排名 4 · TkA02G539170 · TK1151

细胞外0.012

排名 5 · TkA02G539170 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26250RRM_RdRP1_25-20 aa

PF13893RRM_528-109 aa

PF16367RRM_731-58 aa

PF00076RRM_133-102 aa

PF25015RBD_AKAP-17A42-70 aa

PF26250RRM_RdRP1_255-98 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G539170	`PF26250`	RRM_RdRP1_2	5	20	0.11	13.7
TkA02G539170	`PF13893`	RRM_5	28	109	0.062	13.7
TkA02G539170	`PF16367`	RRM_7	31	58	0.0006	20.5
TkA02G539170	`PF00076`	RRM_1	33	102	1.6e-21	76.7
TkA02G539170	`PF25015`	RBD_AKAP-17A	42	70	0.07	13.3
TkA02G539170	`PF26250`	RRM_RdRP1_2	55	98	0.11	13.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LIS2`	拟南芥	sp\|Q9LIS2\|RBG4_ARATH Glycine-rich RNA-binding protein 4, mitochondrial	54.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FNR1`	拟南芥	sp\|Q9FNR1\|RBG3_ARATH Glycine-rich RNA-binding protein 3, mitochondrial	50.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SVM8`	拟南芥	sp\|Q9SVM8\|RBG2_ARATH Glycine-rich RNA-binding protein 2, mitochondrial	49.400%	Swiss-Prot	中等置信
`P39697`	拟南芥	sp\|P39697\|RT19_ARATH Small ribosomal subunit protein uS19m	53.800%	Swiss-Prot	中等置信

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