TkA02G535660 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G535660

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 138138071-138140760 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2036 bp · TkA02G535660|TK1151|cDNA

GTGTCGAAAGTGTCAAATACTAAACTAGTCAGCACCTGTCAAAAAGGGTCCATGTCTATGGATTATTTCAACAAACCCACACTCCTCTTGCTGCTCATCAACTCCAGTCAACAATGGGGGGTTCCATCCAAACCTCCATATAAATAAGCTCGACATCCACTGCATAGCCACCTGTGAAGCGCCATATTCATTCGCCAATCCTCTATCCCCTCCCAATTGCTCTATTCCTCGGATCTTTGATCATAATTTGATATTGAATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1266 bp · TkA02G535660|TK1151|CDS

ATGGGAGGTGAAGCGGAGAAATGGGTGTTGATGGTGACAGCGAGAACGCCGACGAACATAGCCGTGATCAAGTACTGGGGGAAGAGAGACGAAACCTTGATATTGCCGATCAACGATAGCATCAGTGTTACTCTCGATCCAAATCACTTGTGTACCACCACCACCGTCTCCGTCAGCCCTAGCTTCGATCAAGATCGCATGTGGCTTAACGGCAAGGAAATATCTCTTCAAGGAGGCAGATTCCAGAGCTGTTTGAGAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

421 aa · TkA02G535660|TK1151|PROTEIN

MGGEAEKWVLMVTARTPTNIAVIKYWGKRDETLILPINDSISVTLDPNHLCTTTTVSVSPSFDQDRMWLNGKEISLQGGRFQSCLREIRARAQDVEDKKKGIKINKEDWQKLNLHIASYNNFPTAAGLASSAAGLACLVFSLAKLMNLKEDNSQLSAIARQGSGSACRSLYGGFVKWCMGKEENGSDSLAVQLADEKHWDDLVIIIAVVSARQKETSSTSGMRDTVVTSALIDHRAKEVVPKRIVEMEDAIQKKDFPSFA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G535660`
TK1151 ID	TkA02G535660
OH-1004 ID	LXL04_012842
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.762 / OH-1004 99.526 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G535660

位置 Chr02:138138071-138140760 (-)

描述 Similar to MVD2: Diphosphomevalonate decarboxylase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g54250`	执行含异戊二烯化合物（如甾醇和萜类化合物）生物合成的第一个限定步骤。	暂无已核实直接文献
`At2g38700`	执行含异戊二烯化合物生物合成的第一个关键步骤。	Heterologous expression in Saccharomyces cerevisiae of an Arabidopsis thaliana cDNA encoding mevalonate diphosphate decarboxylase.1999 · DOI: 10.1023/a:1006181720100

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012842 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006695 cholesterol biosynthetic process 生物过程

GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0008299 isoprenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0009410 response to xenobiotic stimulus 生物过程

GO:0010142 farnesyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway 生物过程

GO:0016104 triterpenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0016126 sterol biosynthetic process 生物过程

GO:0016135 saponin biosynthetic process 生物过程

GO:0019287 isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway 生物过程

GO:0033386 geranylgeranyl diphosphate biosynthetic process 生物过程

GO:0033489 cholesterol biosynthetic process via desmosterol 生物过程

GO:0033490 cholesterol biosynthetic process via lathosterol 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G38700

ath:AT3G54250

rno:81726

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.569

排名 1 · TkA02G535660 · TK1151

过氧化物酶体0.199

排名 2 · TkA02G535660 · TK1151

细胞核0.186

排名 3 · TkA02G535660 · TK1151

线粒体0.180

排名 4 · TkA02G535660 · TK1151

内质网0.076

排名 5 · TkA02G535660 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22700MVD-like_N17-190 aa

PF22574SPMIP839-127 aa

PF20019VMAP-M2090-168 aa

PF00288GHMP_kinases_N107-166 aa

PF18376MDD_C204-404 aa

PF22574SPMIP8243-267 aa

PF27101Rv3753c320-365 aa

PF27101Rv3753c391-409 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G535660	`PF22700`	MVD-like_N	17	190	5.3e-65	218.6
TkA02G535660	`PF22574`	SPMIP8	39	127	0.18	12.5
TkA02G535660	`PF20019`	VMAP-M20	90	168	0.045	14.6
TkA02G535660	`PF00288`	GHMP_kinases_N	107	166	2.2e-06	28.5
TkA02G535660	`PF18376`	MDD_C	204	404	1e-65	221.8
TkA02G535660	`PF22574`	SPMIP8	243	267	0.18	12.5
TkA02G535660	`PF27101`	Rv3753c	320	365	0.04	14.4
TkA02G535660	`PF27101`	Rv3753c	391	409	0.04	14.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JCU3`	拟南芥	sp\|F4JCU3\|MVD2_ARATH Diphosphomevalonate decarboxylase MVD2, peroxisomal	77.600%	Swiss-Prot	高置信
`O23722`	拟南芥	sp\|O23722\|MVD1_ARATH Diphosphomevalonate decarboxylase MVD1, peroxisomal	75.100%	Swiss-Prot	高置信

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