TkA02G531280 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G531280

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 136973286-136977631 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA 无可用 cDNA 序列

cDNA

该参考版本没有可用的cDNA序列。

CDS

下载 CDS FASTA

366 bp · TkA02G531280|TK1151|CDS

ATGGGTATCGTTTTCTCGAGTGTGTGTCTGTATTTGCATATACGATCGAAAGATAAGGCCCAATTGCGTTTTCATTTTTGTAAAGCGTCGACGATAAATTATCAGACTGTACCAGTTAATCCCAAACCTTTCTTGAACAACTTGACTGGAAAGCCTGTGTTTGTGAAACTCAAGTGGGGAATGGAGTACAAAGGTTATCTTGTCTCTGTCGATTCATACATGAACTTGCAGTTGGCCAACTCTGAAGAATACATTGATGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

121 aa · TkA02G531280|TK1151|PROTEIN

MGIVFSSVCLYLHIRSKDKAQLRFHFCKASTINYQTVPVNPKPFLNNLTGKPVFVKLKWGMEYKGYLVSVDSYMNLQLANSEEYIDGQFTGNLGEILIRCNNVLYLRGVPEDEEIEEADRD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G531280`
TK1151 ID	TkA02G531280
OH-1004 ID	LXL04_012902
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.174 / OH-1004 50.633 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G531280

位置 Chr02:136973286-136977631 (-)

描述 Similar to At4g30220: Probable small nuclear ribonucleoprotein F

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g30220`	可能的常见Sm蛋白，存在于U1和U2 snRNPs中，可能是剪接体的一部分。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012902 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000387 spliceosomal snRNP assembly 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分

GO:0005683 U7 snRNP 细胞组分

GO:0005684 U2-type spliceosomal complex 细胞组分

GO:0005685 U1 snRNP 细胞组分

GO:0005687 U4 snRNP 细胞组分

GO:0005689 U12-type spliceosomal complex 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G30220

mmu:69878

xla:108711072

xla:380595

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.509

排名 1 · TkA02G531280 · TK1151

细胞核0.418

排名 2 · TkA02G531280 · TK1151

线粒体0.087

排名 3 · TkA02G531280 · TK1151

内质网0.086

排名 4 · TkA02G531280 · TK1151

细胞膜0.060

排名 5 · TkA02G531280 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01423LSM43-106 aa

PF14438SM-ATX45-72 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G531280	`PF01423`	LSM	43	106	1.2e-22	80.1
TkA02G531280	`PF14438`	SM-ATX	45	72	0.023	15.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SUM2`	拟南芥	sp\|Q9SUM2\|RUXF_ARATH Probable small nuclear ribonucleoprotein F	86.000%	Swiss-Prot	高置信

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