TkA02G530260 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G530260

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 136735601-136739843 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3093 bp · TkA02G530260|TK1151|cDNA

TAGAAAGTCAGTAAAAAGCCAAAAAATTATGCACAATGCTCTCCGTTTCACTCTTCCCTCTCCCCTGCCCTAAAAGTGATATTCGCTGCGAGAAGAGGCATGTTCCGTTCGTCACTTCTCTTAACATGACAAACAATCGCTAAACCCTAACCGCCTAAGGCTCCTCCCCCAAAACCCCTCTCTTTCACTGGCCTCATTAAACCCCCTTGCCGGAACACATTTCTATCATCAAGATTCAGATATGGATCCATCGCTGAACG...

CDS

下载 CDS FASTA

2619 bp · TkA02G530260|TK1151|CDS

ATGGATCCATCGCTGAACGAAGAAGCCCAATCCCCAAAAATATCAGCGAAAGCAGAAGCTTTGAAACAGTTTTCTTCTTCTGTGAAACCCCCTTCTTTCTCCTCTTCAATATCAAAACTTTCCGGGTCTTCAAGAGGCATTCCATCCAATAAAGATTTCCACTTCTACTTCAACTTCGAAGAATTCAAGACCCCAATTCAGGAAATGGCCAAACACTCCCAATCAATTCTTGAAACAATTGGGTCGTCCGCCGAGCAATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

872 aa · TkA02G530260|TK1151|PROTEIN

MDPSLNEEAQSPKISAKAEALKQFSSSVKPPSFSSSISKLSGSSRGIPSNKDFHFYFNFEEFKTPIQEMAKHSQSILETIGSSAEQLWGKKQMKFPNGDIDDDDEAYDWLVNINDELFERFDSSLDEFKKIRNKEEETGVRVKNLVDDDGFQLVQGRKKKDSLVNNGNTSNSPDSNLGNASSVKVVSRDSNAKAKVSFHIPSIRRPQDEYKILVNNANQPFEHVWLQRSEDGSKLIHPLENLSIMDFIDKTVSDEEPVKP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G530260`
TK1151 ID	TkA02G530260
OH-1004 ID	LXL04_012923
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G530260

位置 Chr02:136735601-136739843 (+)

描述 Similar to RRP6L2: Protein RRP6-like 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g35910`	通过多种沉默机制充当重要的表观遗传调节因子。	Degradation of a polyadenylated rRNA maturation by-product involves one of the three RRP6-like proteins in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1128/mcb.02064-07 Arabidopsis RRP6L1 and RRP6L2 function in FLOWERING LOCUS C silencing via regulation of antisense RNA synthesis.2014 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1004612
`At1g54440`	通过多种沉默机制起重要的表观遗传调控作用。	Degradation of a polyadenylated rRNA maturation by-product involves one of the three RRP6-like proteins in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1128/mcb.02064-07 An Rrp6-like protein positively regulates noncoding RNA levels and DNA methylation in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1016/j.molcel.2014.03.019 Arabidopsis RRP6L1 and RRP6L2 function in FLOWERING LOCUS C silencing via regulation of antisense RNA synthesis.2014 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1004612

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012923 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000184 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay 生物过程

GO:0000460 maturation of 5.8S rRNA 生物过程

GO:0000467 exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0000956 nuclear-transcribed mRNA catabolic process 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006346 DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0006401 RNA catabolic process 生物过程

GO:0032211 negative regulation of telomere maintenance via telomerase 生物过程

GO:0042274 ribosomal small subunit biogenesis 生物过程

GO:0043633 polyadenylation-dependent RNA catabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G54440

ath:AT5G35910

hsa:5394

mmu:50912

rno:313707

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.901

排名 1 · TkA02G530260 · TK1151

细胞质0.153

排名 2 · TkA02G530260 · TK1151

细胞膜0.027

排名 3 · TkA02G530260 · TK1151

内质网0.017

排名 4 · TkA02G530260 · TK1151

线粒体0.015

排名 5 · TkA02G530260 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08066PMC2NT43-130 aa

PF12923RRP7114-161 aa

PF01612DNA_pol_A_exo1269-436 aa

PF00570HRDC490-553 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G530260	`PF08066`	PMC2NT	43	130	1.6e-09	38.9
TkA02G530260	`PF12923`	RRP7	114	161	0.0016	19.2
TkA02G530260	`PF01612`	DNA_pol_A_exo1	269	436	3.4e-47	161.2
TkA02G530260	`PF00570`	HRDC	490	553	4.6e-12	46.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A9LLI7`	拟南芥	sp\|A9LLI7\|RP6L2_ARATH Protein RRP6-like 2	53.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q0WVE8`	拟南芥	sp\|Q0WVE8\|RP6L1_ARATH Protein RRP6-like 1	52.000%	Swiss-Prot	中等置信

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