TkA02G527090 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G527090

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 135927007-135927947 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

856 bp · TkA02G527090|TK1151|cDNA

GTTGAGAATTTATAAAGAAATGAAGGGAACAGGTTGCAGTCCTAATGGTAGTACATACAAATCGTTGATCGTTTCCCTTTGTGGGAAAAAGGGTAGAAAGGTAAATGAAGCCATCGAGGTGTTCATGGAGATGAGTGAAGCTGGATTCGTACCCGATAAAGAATTACTCGAAATCTACCTCGGGTGTTTATGTGAATCTGGGCGCTTTGTCGAGCGGGAAAATTGGAAGAAGGTCTGACAATGGCGGATGAGATCGACGA...

CDS

下载 CDS FASTA

579 bp · TkA02G527090|TK1151|CDS

ATGGCGGATGAGATCGACGAAAATGACAAAATTACCCTCGACGGTTACATATACGGAAGCGTAATTCACGGGCTATTAAGAAAAAACCGATTACAGGAAGCATTGGAGAAGATCGAATCGATGAAACAGGTGAACATATTTCCGACAGTTCATGTTTACACATCGCTAATCGTGTACTTCTTTAGAGAAAAACAGATTTCTAAAGCGTTAGAGGTTTTCGAGAAGATGAAACGAGAGGGGTGTGAGCCTACGATCGTTAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

192 aa · TkA02G527090|TK1151|PROTEIN

MADEIDENDKITLDGYIYGSVIHGLLRKNRLQEALEKIESMKQVNIFPTVHVYTSLIVYFFREKQISKALEVFEKMKREGCEPTIVTYSSLIRGYVGNGKMADAWSVFEKMKNEGPLPDFRTYSMFICCLCKEGKSGEGMRLLDDMLDVGIAPSTVNFRDVFYGLNREGKQSLAQSVVRRKWDLVSRRKSLS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G527090`
TK1151 ID	TkA02G527090
OH-1004 ID	LXL04_012951
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 19.124 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G527090`
位置	Chr02:135927007-135927947 (-)
描述	Similar to At5g06400: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g06400, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_012951` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000965 mitochondrial RNA 3'-end processing 生物过程 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0009507 chloroplast 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT4G19440 ath:AT5G06400 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.860

排名 1 · TkA02G527090 · TK1151

细胞核0.068

排名 2 · TkA02G527090 · TK1151

质体0.051

排名 3 · TkA02G527090 · TK1151

细胞质0.041

排名 4 · TkA02G527090 · TK1151

细胞膜0.013

排名 5 · TkA02G527090 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13812PPR_37-57 aa

PF23276TPR_2410-49 aa

PF24760TPR_IF140_C12-42 aa

PF12854PPR_113-42 aa

PF13041PPR_217-57 aa

PF01535PPR17-44 aa

PF17177PPR_long18-93 aa

PF28737VPS18_solenoid_2nd18-47 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G527090	`PF13812`	PPR_3	7	57	3.4e-26	91.8
TkA02G527090	`PF23276`	TPR_24	10	49	7.6e-12	46.0
TkA02G527090	`PF24760`	TPR_IF140_C	12	42	5e-05	24.4
TkA02G527090	`PF12854`	PPR_1	13	42	5.1e-31	106.8
TkA02G527090	`PF13041`	PPR_2	17	57	5.8e-45	151.9
TkA02G527090	`PF01535`	PPR	17	44	1e-28	98.2
TkA02G527090	`PF17177`	PPR_long	18	93	2.8e-16	60.3
TkA02G527090	`PF28737`	VPS18_solenoid_2nd	18	47	0.068	13.7
TkA02G527090	`PF10037`	MRP-S27	20	91	0.0014	18.4
TkA02G527090	`PF25062`	ARM_TT21_N	24	43	5.1e-05	23.8
TkA02G527090	`PF17177`	PPR_long	28	154	2.8e-16	60.3
TkA02G527090	`PF29070`	MSC6_N	28	134	0.00042	20.2
TkA02G527090	`PF12921`	ATP13	30	76	0.00036	21.1
TkA02G527090	`PF04733`	Coatomer_E	39	132	0.03	14.5
TkA02G527090	`PF12854`	PPR_1	45	77	5.1e-31	106.8
TkA02G527090	`PF13041`	PPR_2	48	95	5.8e-45	151.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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