TkA02G526600 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G526600

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 135823578-135824126 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

549 bp · TkA02G526600|TK1151|cDNA

ATGAACAACACGACACCACCGGATCTTAACTCCGGTGGGTTTCTCGGGTCACAAAACATCAGTGGCTTCGGATACGGGATTGGAATCTCAGTCGGGATGCTCTTACTTATAACCACAATCACACTAGCTTCTTACTTTTGTAATCGAACCACACAAACCTCACCTTCACCATCACTAGCTCATATTCGGGCCCAAAGAAACAGTTTGGGTGCAGCCTTGGGTCAACCTCATGACTCGACCCATTGTGTGGTTGATGTAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

549 bp · TkA02G526600|TK1151|CDS

ATGAACAACACGACACCACCGGATCTTAACTCCGGTGGGTTTCTCGGGTCACAAAACATCAGTGGCTTCGGATACGGGATTGGAATCTCAGTCGGGATGCTCTTACTTATAACCACAATCACACTAGCTTCTTACTTTTGTAATCGAACCACACAAACCTCACCTTCACCATCACTAGCTCATATTCGGGCCCAAAGAAACAGTTTGGGTGCAGCCTTGGGTCAACCTCATGACTCGACCCATTGTGTGGTTGATGTAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

182 aa · TkA02G526600|TK1151|PROTEIN

MNNTTPPDLNSGGFLGSQNISGFGYGIGISVGMLLLITTITLASYFCNRTTQTSPSPSLAHIRAQRNSLGAALGQPHDSTHCVVDVGIDDQTILSYPTMLYKDAKINKRDSGFSTCCSICLGDYKGSDVLRQLPDCGHLFHVKCVDPWLRLNPTCPNCRTSPLPTPLSTPLAEVVPLARRRD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G526600`
TK1151 ID	TkA02G526600
OH-1004 ID	LXL04_012954
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G526600

位置 Chr02:135823578-135824126 (+)

描述 Similar to ATL70: RING-H2 finger protein ATL70

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g35910`	RING-H2 锌指蛋白 ATL70。	暂无已核实直接文献
`At5g06490`	推测的RING-H2指蛋白 ATL71。	暂无已核实直接文献
`At5g58580`	RING-H2指蛋白 ATL63。	暂无已核实直接文献
`At5g66070`	可能参与植物防御信号通路的早期阶段。	暂无已核实直接文献
`At1g20823`	可能参与植物防御信号通路的早期阶段。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012954 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G35910

ath:AT2G46160

ath:AT3G61550

ath:AT5G06490

ath:AT5G07040

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.329

排名 1 · TkA02G526600 · TK1151

溶酶体／液泡0.313

排名 2 · TkA02G526600 · TK1151

内质网0.211

排名 3 · TkA02G526600 · TK1151

细胞质0.178

排名 4 · TkA02G526600 · TK1151

高尔基体0.115

排名 5 · TkA02G526600 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28574Transporter_N23-40 aa

PF17122zf-C3H2C392-120 aa

PF14570zf-RING_4104-116 aa

PF12678zf-rbx1113-159 aa

PF12861zf-ANAPC11113-160 aa

PF13920zf-C3HC4_3115-160 aa

PF13639zf-RING_2116-159 aa

PF17123zf-RING_11117-145 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G526600	`PF28574`	Transporter_N	23	40	0.7	10.6
TkA02G526600	`PF17122`	zf-C3H2C3	92	120	1.6	9.6
TkA02G526600	`PF14570`	zf-RING_4	104	116	0.8	10.3
TkA02G526600	`PF12678`	zf-rbx1	113	159	5.8e-08	33.6
TkA02G526600	`PF12861`	zf-ANAPC11	113	160	0.058	14.2
TkA02G526600	`PF13920`	zf-C3HC4_3	115	160	0.23	12.0
TkA02G526600	`PF13639`	zf-RING_2	116	159	1.7e-13	51.3
TkA02G526600	`PF17123`	zf-RING_11	117	145	2.9e-10	40.4
TkA02G526600	`PF00097`	zf-C3HC4	117	158	1.7e-07	31.7
TkA02G526600	`PF13923`	zf-C3HC4_2	117	158	6.1e-07	29.9
TkA02G526600	`PF13445`	zf-RING_UBOX	117	156	1.9e-05	25.3
TkA02G526600	`PF14634`	zf-RING_5	117	160	0.0021	18.7
TkA02G526600	`PF23412`	zf_RING_Vps8	117	145	0.022	15.3
TkA02G526600	`PF00628`	PHD	117	158	0.29	11.9
TkA02G526600	`PF17120`	zf-RING_16	117	156	0.4	11.1
TkA02G526600	`PF14570`	zf-RING_4	117	160	0.8	10.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RX29`	拟南芥	sp\|Q8RX29\|ATL70_ARATH RING-H2 finger protein ATL70	52.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FG21`	拟南芥	sp\|Q9FG21\|ATL71_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL71	42.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LUZ9`	拟南芥	sp\|Q9LUZ9\|ATL63_ARATH RING-H2 finger protein ATL63	40.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FKX5`	拟南芥	sp\|Q9FKX5\|NIPL1_ARATH NEP1-interacting protein-like 1	31.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LM69`	拟南芥	sp\|Q9LM69\|ATL80_ARATH RING-H2 finger protein ATL80	29.700%	Swiss-Prot	低置信

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