TkA02G525530 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G525530

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 135543355-135545495 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1439 bp · TkA02G525530|TK1151|cDNA

CTGACGCCACACGTCATCGCACGTATTACATTGGCTGCGCCGAGCTTCTTCCGAAAGCTTCACTTTTGAATTATTTCGTCTCTTTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTGTCTCCATCGTTGGGTTTTTCGACTTCCTGTAGTAGAAGCAAATCCGCATCAATGTCGGTAAACGATGATCGGAAGAAGCGGCCAAAAAGGGAGTATCCAGATTTTAATGATATCCATCCAGATCAGCCCAACGATCAAAGCTTTAAGCAGCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1056 bp · TkA02G525530|TK1151|CDS

ATGTCGGTAAACGATGATCGGAAGAAGCGGCCAAAAAGGGAGTATCCAGATTTTAATGATATCCATCCAGATCAGCCCAACGATCAAAGCTTTAAGCAGCGCAGAGTTCTTCGTTCCGGATACCTTTCAATCCAAAGTTACATTCGCGATAGAACAGATGCTATAGCCGCCACTGATTCGAAAAAGTTCATCTCCATTATCGACGAAGTCGATGAAATGCATCATCGAGTCACTAAACCAAGAGAGCAAGTATCAGACGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

351 aa · TkA02G525530|TK1151|PROTEIN

MSVNDDRKKRPKREYPDFNDIHPDQPNDQSFKQRRVLRSGYLSIQSYIRDRTDAIAATDSKKFISIIDEVDEMHHRVTKPREQVSDAEALRELANSLVTSIKVHSAGSVTPSLFVSCLITEFGGKEGTGLNDSTQIRWKDIGLHVSPLFMTFQGSCTMLGHMKQDKKPSNTLATRKRPRSSVKEEKVKPEEIEETTSKENKDTERIIATMFDILKTKKKVSLENIILNRISFAQTVENLFALSFLVKDGRVVITVDDKGY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G525530`
TK1151 ID	TkA02G525530
OH-1004 ID	LXL04_000413
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	45.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 82.906 / OH-1004 77.184 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G525530

位置 Chr02:135543355-135545495 (+)

描述 Similar to NSE4A: Non-structural maintenance of chromosomes element 4 homolog A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g51130`	SMC5-SMC6 复合物的组分，该复合物在 DNA 损伤后促进姐妹染色单体对齐，并通过姐妹染色单体之间的同源重组促进双链 DNA 断裂 (DSBs) 修复。	暂无已核实直接文献
`At3g20760`	SMC5-SMC6 复合物的组分，该复合物在 DNA 损伤后促进姐妹染色单体对齐，并通过姐妹染色单体之间的同源重组促进双链 DNA 断裂 (DSBs) 修复。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000413 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0016925 protein sumoylation 生物过程

GO:0032204 regulation of telomere maintenance 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0140588 chromatin looping 生物过程

GO:0000781 chromosome, telomeric region 细胞组分

GO:0000791 euchromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G51130

ath:AT3G20760

bta:527312

hsa:54780

spo:3361330

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.884

排名 1 · TkA02G525530 · TK1151

细胞质0.187

排名 2 · TkA02G525530 · TK1151

细胞膜0.020

排名 3 · TkA02G525530 · TK1151

线粒体0.012

排名 4 · TkA02G525530 · TK1151

内质网0.011

排名 5 · TkA02G525530 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29556DUF85628-118 aa

PF14397ATPgrasp_ST183-263 aa

PF08743Nse4_C185-205 aa

PF08743Nse4_C220-301 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G525530	`PF29556`	DUF8562	8	118	0.27	10.3
TkA02G525530	`PF14397`	ATPgrasp_ST	183	263	0.18	11.6
TkA02G525530	`PF08743`	Nse4_C	185	205	1.3e-21	77.3
TkA02G525530	`PF08743`	Nse4_C	220	301	1.3e-21	77.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C689`	拟南芥	sp\|Q9C689\|NSE4A_ARATH Non-structural maintenance of chromosomes element 4 homolog A	46.100%	Swiss-Prot	中等置信
`F4JET1`	拟南芥	sp\|F4JET1\|NSE4B_ARATH Non-structural maintenance of chromosomes element 4 homolog B	45.000%	Swiss-Prot	中等置信

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