TkA02G523100 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G523100

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 134883091-134887590 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2398 bp · TkA02G523100|TK1151|cDNA

GAAAGTTTTAGGCACATCATATTTATCCAAAGACAAAATGACCAAATACTCGTTGCTTTCATGCTTTGTGCGAAATGATTATTGAAGTCTCATCCATTTCTTTCTAAATCACACTAACGCGCTTATAGACACGCGTTGGTGCGGCGCGTATGACATTCGCCGTCGTCCAACGACCATGCCAGGCTCAGCGTCGACGACTCACCGTCCTGAGGGTTTAATTGATCGGCTTCGCTCCGCCGCTGCAGACGGCGGAGAAGCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1959 bp · TkA02G523100|TK1151|CDS

ATGCCAGGCTCAGCGTCGACGACTCACCGTCCTGAGGGTTTAATTGATCGGCTTCGCTCCGCCGCTGCAGACGGCGGAGAAGCCAAATTTAAGGTCCTCAGGGAACTCAAGAACCAGATAATTGGCAATCGCACGAAGAAGCTGTCGTACATCAAGCTAGGCGCCGTCCCTTCCGTCGTATCGATTCTCTCATCCGCTTCCTCTTCAGTCGATTGCCTCCTCATCCAGTGTGCCGCAACCATAGGCAGTTTTGCGTGCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

652 aa · TkA02G523100|TK1151|PROTEIN

MPGSASTTHRPEGLIDRLRSAAADGGEAKFKVLRELKNQIIGNRTKKLSYIKLGAVPSVVSILSSASSSVDCLLIQCAATIGSFACGVDAGVKAVLDAGAFPHLINLLSHSNEKVVDAGARALKMIYQSPSAPKYDFTQPKNIEFLTSLLDKTNENVTGLGATIITHSCQTPTEQTLLSNAGVLKKLIHLLHATSPQRDASLESFATIIKQNPHVITNHVGPQNGSTFRTLLDLTKDRYPRTRLLACVCLTLIKNATSSA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G523100`
TK1151 ID	TkA02G523100
OH-1004 ID	LXL04_013013
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G523100`
位置	Chr02:134883091-134887590 (-)
描述	Similar to ARMC8: Armadillo repeat-containing protein 8
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_013013` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0000151 ubiquitin ligase complex 细胞组分 GO:0005576 extracellular region 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0034657 GID complex 细胞组分 GO:1904724 tertiary granule lumen 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	bta:539591 dre:571528 hsa:25852 mmu:74125 pon:100173472 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.602

排名 1 · TkA02G523100 · TK1151

细胞核0.394

排名 2 · TkA02G523100 · TK1151

细胞膜0.059

排名 3 · TkA02G523100 · TK1151

线粒体0.057

排名 4 · TkA02G523100 · TK1151

内质网0.046

排名 5 · TkA02G523100 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25598ARM_PUB38-70 aa

PF11698V-ATPase_H_C47-123 aa

PF00514Arm51-70 aa

PF28415SIL1_FES1_HPBP1_C51-116 aa

PF24768ARM_ARMC552-198 aa

PF13513HEAT_EZ77-123 aa

PF00514Arm92-116 aa

PF25598ARM_PUB92-324 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G523100	`PF25598`	ARM_PUB	38	70	4.8e-14	53.2
TkA02G523100	`PF11698`	V-ATPase_H_C	47	123	7e-07	30.1
TkA02G523100	`PF00514`	Arm	51	70	7.9e-23	80.4
TkA02G523100	`PF28415`	SIL1_FES1_HPBP1_C	51	116	0.0037	17.4
TkA02G523100	`PF24768`	ARM_ARMC5	52	198	2.4e-08	34.4
TkA02G523100	`PF13513`	HEAT_EZ	77	123	7.5e-08	33.4
TkA02G523100	`PF00514`	Arm	92	116	7.9e-23	80.4
TkA02G523100	`PF25598`	ARM_PUB	92	324	4.8e-14	53.2
TkA02G523100	`PF12717`	Cnd1	95	155	0.00015	22.5
TkA02G523100	`PF13646`	HEAT_2	97	156	1.1e-12	48.8
TkA02G523100	`PF02985`	HEAT	101	128	1e-16	60.1
TkA02G523100	`PF20168`	PDS5	103	220	0.011	14.3
TkA02G523100	`PF21547`	TTI1	104	129	0.082	13.5
TkA02G523100	`PF11698`	V-ATPase_H_C	143	209	7e-07	30.1
TkA02G523100	`PF28415`	SIL1_FES1_HPBP1_C	143	213	0.0037	17.4
TkA02G523100	`PF00514`	Arm	179	196	7.9e-23	80.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情