TkA02G507470 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G507470

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 130217190-130219731 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1386 bp · TkA02G507470|TK1151|cDNA

TTTTGACTTGTCTTGCGAAACAAACCTCGGACTCGGGGAAAGGCCATCAGCGGAGTGCGTTGTACGACAGGTATGGATCCTTCGTCGTCGGCGGCGACGGCGGCGGAGTGGAAGCCAACAACAAGCCAGGAAGATCAATGGGCACTTGAGCGTCATGTTTTTCATATCTACCAACTCTTCTGTAATATTCCACCCAAATCACAAGCAGTTATGTTAGAGCTTCAAAGGGAAAATCACATCGAGTACCTCATGAAAGGTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1191 bp · TkA02G507470|TK1151|CDS

ATGGATCCTTCGTCGTCGGCGGCGACGGCGGCGGAGTGGAAGCCAACAACAAGCCAGGAAGATCAATGGGCACTTGAGCGTCATGTTTTTCATATCTACCAACTCTTCTGTAATATTCCACCCAAATCACAAGCAGTTATGTTAGAGCTTCAAAGGGAAAATCACATCGAGTACCTCATGAAAGGTCTTCGGCATCTCGGTCCTTCGTTTTCCGTCTTAGATGCCAATCGGCCATGGATTTGCTATTGGATCCTACATTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

396 aa · TkA02G507470|TK1151|PROTEIN

MDPSSSAATAAEWKPTTSQEDQWALERHVFHIYQLFCNIPPKSQAVMLELQRENHIEYLMKGLRHLGPSFSVLDANRPWICYWILHSLAILGESVDEDLENNAIDFISRCQDQHGGYGGGPGQMPHLATTYAAVNSLITLGGHKSLSSINRSKIYSFLQRMKHTSGGFSMHDGGEVDVRACYTAISVASALSILDKELIQGVGDYISSCQTYEGGIGGEPGSEAHGGYTFCGLATMILINEVNRLDLASLTDWLVFRQGV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G507470`
TK1151 ID	TkA02G507470
OH-1004 ID	LXL04_017178
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	60.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 70.202 / OH-1004 40.443 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G507470

位置 Chr02:130217190-130219731 (+)

描述 Similar to EBP2: Probable rRNA-processing protein EBP2 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g40280`	将法尼基从法尼基二磷酸转移至多种蛋白质C端倒数第4位的半胱氨酸；这些蛋白的C端具有Cys-脂肪族氨基酸-脂肪族氨基酸-X（CaaX）序列。	The CaaX specificities of Arabidopsis protein prenyltransferases explain era1 and ggb phenotypes.2010 · DOI: 10.1186/1471-2229-10-118 ASG2 is a farnesylated DWD protein that acts as ABA negative regulator in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1111/pce.12605

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017178 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009934 regulation of meristem structural organization 生物过程

GO:0018342 protein prenylation 生物过程

GO:0018343 protein farnesylation 生物过程

GO:0042273 ribosomal large subunit biogenesis 生物过程

GO:0047484 regulation of response to osmotic stress 生物过程

GO:0160062 cutin-based cuticle development 生物过程

GO:1901000 regulation of response to salt stress 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G22660

ath:AT5G40280

spo:2542121

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.646

排名 1 · TkA02G507470 · TK1151

细胞核0.361

排名 2 · TkA02G507470 · TK1151

线粒体0.112

排名 3 · TkA02G507470 · TK1151

过氧化物酶体0.096

排名 4 · TkA02G507470 · TK1151

内质网0.051

排名 5 · TkA02G507470 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00432Prenyltrans50-377 aa

PF13243SQHop_cyclase_C74-169 aa

PF13249SQHop_cyclase_N82-145 aa

PF13249SQHop_cyclase_N150-181 aa

PF13249SQHop_cyclase_N185-215 aa

PF13243SQHop_cyclase_C203-264 aa

PF13249SQHop_cyclase_N240-266 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G507470	`PF00432`	Prenyltrans	50	377	1.1e-110	370.5
TkA02G507470	`PF13243`	SQHop_cyclase_C	74	169	0.0031	17.3
TkA02G507470	`PF13249`	SQHop_cyclase_N	82	145	0.0021	18.0
TkA02G507470	`PF13249`	SQHop_cyclase_N	150	181	0.0021	18.0
TkA02G507470	`PF13249`	SQHop_cyclase_N	185	215	0.0021	18.0
TkA02G507470	`PF13243`	SQHop_cyclase_C	203	264	0.0031	17.3
TkA02G507470	`PF13249`	SQHop_cyclase_N	240	266	0.0021	18.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q38920`	拟南芥	sp\|Q38920\|FNTB_ARATH Protein farnesyltransferase subunit beta	59.300%	Swiss-Prot	高置信

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