TkA02G503420 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G503420

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 129091848-129095720 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3721 bp · TkA02G503420|TK1151|cDNA

CTTTTTACTCTCGTCCGTGATCAGAAATCCGTTTGGATGAAGATAGAGACTTCCCGCGTCTCCGTTGACTTGAATGCTGGAAAAAATTCGATTATCATTCGGATCATGTATGATGTATCGTCTCCGGTTAGTTATTTGTCCCTATAATCTAGCGGTATTGTATTTGGTATATATTTTGGATTTTAGTTTCCAGATTTTCGCTCATCGTATCTACTAGAAAGTAGAAACCCCAATATAATGCAGTAAAGCAGCTCCATGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2481 bp · TkA02G503420|TK1151|CDS

ATGGCTAGTGTTCTTGCAACTCTGTGGAAGGACTTTGTGGACTGTAATGATAGATCGAAAGATGGTTCTCTAAGTACCGAGGAAAGATTAAGTTCGAAGACAAAGATCCGTGGATACTTAAATCGTCTCATCAATCACCTCAGAAAAGTGATGCTAGGGTACGAAAATGAGCAAGTACACGGCTTACTTAAAGTAATGGAAGTGATGGCTCGAGAAATTGCTTGTGATCAATTCAGAGAAGAAATGATGGATAAGATGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

826 aa · TkA02G503420|TK1151|PROTEIN

MASVLATLWKDFVDCNDRSKDGSLSTEERLSSKTKIRGYLNRLINHLRKVMLGYENEQVHGLLKVMEVMAREIACDQFREEMMDKMLAIIEELCNIRYQSSVEEEEEVIVGFDDDVETLLDQLTQTSVKQFQVISIAGMAGLGKTTLARKLYKDPLIEYYFDIRAWTCVSQIYSKRELLLGILSSFIFDLKEEMYKMSGEQLGEKLYRLLKGRRYLVVFDDIWDCKAWNDLQIYFPDDKVGSRVLFTSRDMDVSLHVRAA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G503420`
TK1151 ID	TkA02G503420
OH-1004 ID	LXL04_013353
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G503420`
位置	Chr02:129091848-129095720 (+)
描述	Similar to R1B-16: Putative late blight resistance protein homolog R1B-16
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_013353` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程 GO:0051607 defense response to virus 生物过程 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 GO:0005524 ATP binding 分子功能 GO:0043531 ADP binding 分子功能 GO:0046872 metal ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.384

排名 1 · TkA02G503420 · TK1151

细胞质0.333

排名 2 · TkA02G503420 · TK1151

细胞核0.240

排名 3 · TkA02G503420 · TK1151

内质网0.081

排名 4 · TkA02G503420 · TK1151

质体0.057

排名 5 · TkA02G503420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06745ATPase29-50 aa

PF13238AAA_1833-110 aa

PF30838UBR4_TPR37-166 aa

PF23598LRR_1447-108 aa

PF00931NB-ARC113-285 aa

PF13191AAA_16113-180 aa

PF25201nSTAND6119-158 aa

PF06745ATPase120-150 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G503420	`PF06745`	ATPase	29	50	0.059	13.4
TkA02G503420	`PF13238`	AAA_18	33	110	0.004	18.4
TkA02G503420	`PF30838`	UBR4_TPR	37	166	0.0024	17.8
TkA02G503420	`PF23598`	LRR_14	47	108	2.7e-12	46.8
TkA02G503420	`PF00931`	NB-ARC	113	285	1.6e-42	145.7
TkA02G503420	`PF13191`	AAA_16	113	180	0.0023	19.2
TkA02G503420	`PF25201`	nSTAND6	119	158	0.13	13.0
TkA02G503420	`PF06745`	ATPase	120	150	0.059	13.4
TkA02G503420	`PF00005`	ABC_tran	126	153	0.25	12.7
TkA02G503420	`PF20720`	nSTAND3	127	157	0.0097	16.3
TkA02G503420	`PF13173`	AAA_14	131	247	0.0018	19.0
TkA02G503420	`PF13401`	AAA_22	132	221	0.051	14.6
TkA02G503420	`PF05729`	NACHT	133	237	0.012	16.1
TkA02G503420	`PF13238`	AAA_18	134	183	0.004	18.4
TkA02G503420	`PF20720`	nSTAND3	215	242	0.0097	16.3
TkA02G503420	`PF12799`	LRR_4	347	355	0.0017	19.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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