TkA02G502280 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G502280

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 128744739-128746796 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

621 bp · TkA02G502280|TK1151|cDNA

ATGACAGTATCAATAACAGGAGCTACTGGTTTTATAGGGAGTAAATTGGTGCAAAGGCTCTATGAAGATAATCATAGTATCTGTGTCCTGACTCGGTCTAGATCTAAAGCTCAGTCCATTTTTCCGGTGAAGGATTTCCCAGGCATTGTGATTGCAGAGGAGGCCCAATGGAAAGAGTGCATTGAAGGGTCAACTGGAGTTGTGAACTTGGCTGGGTTGCCCATTAGTACAAGATGGTCTCCTGAGGTGAAGAAAGAGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

621 bp · TkA02G502280|TK1151|CDS

ATGACAGTATCAATAACAGGAGCTACTGGTTTTATAGGGAGTAAATTGGTGCAAAGGCTCTATGAAGATAATCATAGTATCTGTGTCCTGACTCGGTCTAGATCTAAAGCTCAGTCCATTTTTCCGGTGAAGGATTTCCCAGGCATTGTGATTGCAGAGGAGGCCCAATGGAAAGAGTGCATTGAAGGGTCAACTGGAGTTGTGAACTTGGCTGGGTTGCCCATTAGTACAAGATGGTCTCCTGAGGTGAAGAAAGAGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

206 aa · TkA02G502280|TK1151|PROTEIN

MTVSITGATGFIGSKLVQRLYEDNHSICVLTRSRSKAQSIFPVKDFPGIVIAEEAQWKECIEGSTGVVNLAGLPISTRWSPEVKKEIKESRVRVTSKSAIIFVVASSTNKEDTKFKRFWIQSNPRKCSSGEDVQVVENGDVEMSKFKDGNHMFYYGSVTTEFATESLLRILQRKDSYGFYNGSVPTDFATEYIGYGIKSVAALQRK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G502280`
TK1151 ID	TkA02G502280
OH-1004 ID	LXL04_036339
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.602 / OH-1004 8.600 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G502280

位置 Chr02:128744739-128746796 (+)

描述 Similar to Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g21280`	推定的 NADP 依赖性氧化还原酶，作为叶绿体分裂的正调节剂。	GIANT CHLOROPLAST 1 is essential for correct plastid division in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1016/j.cub.2004.04.031

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036339 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0015074 DNA integration 生物过程

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能

GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能

GO:0004519 endonuclease activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.611

排名 1 · TkA02G502280 · TK1151

细胞核0.266

排名 2 · TkA02G502280 · TK1151

过氧化物酶体0.096

排名 3 · TkA02G502280 · TK1151

线粒体0.085

排名 4 · TkA02G502280 · TK1151

细胞外0.078

排名 5 · TkA02G502280 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04321RmlD_sub_bind1-35 aa

PF05368NmrA2-37 aa

PF00106adh_short2-39 aa

PF01118Semialdhyde_dh3-40 aa

PF02719Polysacc_synt_23-39 aa

PF01370Epimerase4-95 aa

PF07993NAD_binding_45-38 aa

PF16363GDP_Man_Dehyd5-37 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G502280	`PF04321`	RmlD_sub_bind	1	35	0.12	12.1
TkA02G502280	`PF05368`	NmrA	2	37	0.0005	20.5
TkA02G502280	`PF00106`	adh_short	2	39	0.031	14.5
TkA02G502280	`PF01118`	Semialdhyde_dh	3	40	0.0047	18.0
TkA02G502280	`PF02719`	Polysacc_synt_2	3	39	0.066	13.1
TkA02G502280	`PF01370`	Epimerase	4	95	1.7e-09	38.2
TkA02G502280	`PF07993`	NAD_binding_4	5	38	9.9e-05	22.3
TkA02G502280	`PF16363`	GDP_Man_Dehyd	5	37	0.00065	20.0
TkA02G502280	`PF01073`	3Beta_HSD	5	73	0.018	14.8
TkA02G502280	`PF13460`	NAD_binding_10	7	69	0.00042	20.9
TkA02G502280	`PF03807`	F420_oxidored	8	43	0.18	13.2
TkA02G502280	`PF03446`	NAD_binding_2	9	44	0.29	11.9
TkA02G502280	`PF00106`	adh_short	84	94	0.031	14.5
TkA02G502280	`PF03807`	F420_oxidored	93	103	0.18	13.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SJU9`	拟南芥	sp\|Q9SJU9\|GC1_ARATH Epimerase family protein SDR39U1 homolog, chloroplastic	79.400%	Swiss-Prot	低置信

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