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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G498470
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 127709602-127711404 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1611 bp · TkA02G498470|TK1151|cDNA

ATGCAAGTCCCCGCCCCGGTTCGAGCGCCGGCGTGGGTGTCCACGCGCCGTCTTCTCGAACAGAAACTATCAGACCTCCATAAATGCAACGATCTAAGACACCTGAAGCAAATTCATGCACTCATTTACAAATCGAACCTTCAGCAGGACCCATTCGTCATCCCTAAACTCGTCACAGCCTTCTCCCTCTGCCGCCAAATCCCCTCCGCCGTCAAAGCCTTTAACCAAGTCCAGGAACCCAACGTCCATTTATACAATAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1611 bp · TkA02G498470|TK1151|CDS

ATGCAAGTCCCCGCCCCGGTTCGAGCGCCGGCGTGGGTGTCCACGCGCCGTCTTCTCGAACAGAAACTATCAGACCTCCATAAATGCAACGATCTAAGACACCTGAAGCAAATTCATGCACTCATTTACAAATCGAACCTTCAGCAGGACCCATTCGTCATCCCTAAACTCGTCACAGCCTTCTCCCTCTGCCGCCAAATCCCCTCCGCCGTCAAAGCCTTTAACCAAGTCCAGGAACCCAACGTCCATTTATACAATAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

536 aa · TkA02G498470|TK1151|PROTEIN

MQVPAPVRAPAWVSTRRLLEQKLSDLHKCNDLRHLKQIHALIYKSNLQQDPFVIPKLVTAFSLCRQIPSAVKAFNQVQEPNVHLYNTMIRAYVHNSQPAQAFAIFFFMQNSGVFPDNFTYPFLLKACAGHNDFHLVKMIHTQIQKFGFCSDIYVPNALIDSYSRCGQLNDAFELFEKMPERNVVSWSTMLTGYSKAGDMDMTRMLFDKMPVKNMVSWTIIISGYAQKGLAKQAADLYTQMEQAGYIPDDGAIISILAACA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G498470
TK1151 IDTkA02G498470
OH-1004 IDLXL04_013391
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.440 / OH-1004 97.619
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G498470
位置Chr02:127709602-127711404 (-)
描述Similar to PCMP-E27: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g29230
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g29230 含五聚肽重复的蛋白 At3g29230。 暂无已核实直接文献
At3g49142 推定含五重复肽的蛋白质 At3g49142。 暂无已核实直接文献
At5g06540 含五肽重复序列的蛋白 At5g06540。 暂无已核实直接文献
At2g20540 含五螺旋肽重复的蛋白 At2g20540。 暂无已核实直接文献
At5g66520 含五肽重复序列的蛋白 At5g66520。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013391 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G29230
ath:AT3G49142
ath:AT4G37380
ath:AT5G06540
ath:AT5G66520
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.664
排名 1 · TkA02G498470 · TK1151
质体0.217
排名 2 · TkA02G498470 · TK1151
细胞核0.042
排名 3 · TkA02G498470 · TK1151
细胞质0.035
排名 4 · TkA02G498470 · TK1151
细胞膜0.006
排名 5 · TkA02G498470 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070MSC6_N23-139 aa
PF12921ATP1344-79 aa
PF22707S1CSD-TOTE-250-63 aa
PF00637Clathrin51-102 aa
PF01535PPR57-78 aa
PF22330Rib_mS39_PPR69-93 aa
PF14559TPR_1970-101 aa
PF17177PPR_long72-134 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G498470PF29070MSC6_N231394.6e-1453.0
TkA02G498470PF12921ATP1344790.1213.0
TkA02G498470PF22707S1CSD-TOTE-250630.02415.4
TkA02G498470PF00637Clathrin511020.00218.6
TkA02G498470PF01535PPR57783.4e-55181.2
TkA02G498470PF22330Rib_mS39_PPR69930.0009319.7
TkA02G498470PF14559TPR_19701010.0002522.0
TkA02G498470PF17177PPR_long721342.1e-0834.5
TkA02G498470PF12854PPR_179928.4e-36122.1
TkA02G498470PF13812PPR_3791291.3e-2383.5
TkA02G498470PF12921ATP13791100.1213.0
TkA02G498470PF13041PPR_2801281.6e-58195.3
TkA02G498470PF23276TPR_24821774.9e-2279.0
TkA02G498470PF13428TPR_14841043.4e-0627.9
TkA02G498470PF01535PPR851133.4e-55181.2
TkA02G498470PF10037MRP-S27871240.05613.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LS72拟南芥sp|Q9LS72|PP261_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2923054.000%Swiss-Prot高置信
P0C899拟南芥sp|P0C899|PP271_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g4914233.900%Swiss-Prot中等置信
Q9FG16拟南芥sp|Q9FG16|PP367_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g0654039.900%Swiss-Prot中等置信
Q9SIL5拟南芥sp|Q9SIL5|PP165_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g2054044.200%Swiss-Prot中等置信
Q9FJY7拟南芥sp|Q9FJY7|PP449_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g6652041.400%Swiss-Prot中等置信

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