TkA02G497150 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G497150

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 127275169-127275816 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

537 bp · TkA02G497150|TK1151|cDNA

CAAGGGACAACAACTTCCTTCAGTTCATCAGCATCACTCGACAACTCTCTATCTGGGGTGTACAGATCACCCCCTAGACCCTTACCTTATGATGTTGATCCTAGGTATACTCGTCTTCAAAGAGATGGACTGGTTTCCAGAAGGGAGAAAGGGTCAAGTCGTTCACAGGAAGAAGAAGGTGAGCCATTAAGAGGAAGAAGCAAATGGAATAATAACAATAGCTCCACTTGTGAAGATGGAACAACCACAAAAGGGTTACA...

CDS

下载 CDS FASTA

537 bp · TkA02G497150|TK1151|CDS

CAAGGGACAACAACTTCCTTCAGTTCATCAGCATCACTCGACAACTCTCTATCTGGGGTGTACAGATCACCCCCTAGACCCTTACCTTATGATGTTGATCCTAGGTATACTCGTCTTCAAAGAGATGGACTGGTTTCCAGAAGGGAGAAAGGGTCAAGTCGTTCACAGGAAGAAGAAGGTGAGCCATTAAGAGGAAGAAGCAAATGGAATAATAACAATAGCTCCACTTGTGAAGATGGAACAACCACAAAAGGGTTACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

178 aa · TkA02G497150|TK1151|PROTEIN

QGTTTSFSSSASLDNSLSGVYRSPPRPLPYDVDPRYTRLQRDGLVSRREKGSSRSQEEEGEPLRGRSKWNNNNSSTCEDGTTTKGLQTKSSFKVSSMRESTGFAHIFTSSEDEDVCPTCLEEYTTENPKIVTKCSHHFHLGCIYEWMERSESCPVCGKVMFFFMPFFHVNNFGCLGIL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G497150`
TK1151 ID	TkA02G497150
OH-1004 ID	LXL04_013423
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	92.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 91.011 / OH-1004 73.109 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G497150

位置 Chr02:127275169-127275816 (-)

描述 Similar to At3g02290: E3 ubiquitin-protein ligase At3g02290

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g02290`	介导 E2 依赖性蛋白质泛素化。	暂无已核实直接文献
`At4g23450`	在体外与 E2 酶 UBC8 结合时，具有 E3 泛素-蛋白连接酶活性。	The Arabidopsis C3H2C3-type RING E3 ubiquitin ligase AtAIRP1 is a positive regulator of an abscisic acid-dependent response to drought stress.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.164749
`At4g28890`	E3 泛素蛋白连接酶，能够与泛素结合酶 E2 UBC8 在体外催化多泛素化反应。	暂无已核实直接文献
`At2g20030`	推测的RING-H2指蛋白ATL12。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013423 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009561 megagametogenesis 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010498 proteasomal protein catabolic process 生物过程

GO:0010729 positive regulation of hydrogen peroxide biosynthetic process 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0051603 proteolysis involved in protein catabolic process 生物过程

GO:0051726 regulation of cell cycle 生物过程

GO:0055046 microgametogenesis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G02290

ath:AT4G00335

ath:AT4G14220

ath:AT4G23450

ath:AT5G22000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.454

排名 1 · TkA02G497150 · TK1151

细胞质0.387

排名 2 · TkA02G497150 · TK1151

细胞膜0.174

排名 3 · TkA02G497150 · TK1151

内质网0.080

排名 4 · TkA02G497150 · TK1151

高尔基体0.060

排名 5 · TkA02G497150 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00097zf-C3HC468-77 aa

PF17120zf-RING_1669-81 aa

PF08746zf-RING-like105-119 aa

PF21349RUBY_RBDX106-119 aa

PF25208DUF7838109-123 aa

PF14570zf-RING_4110-123 aa

PF29880DUF8594110-128 aa

PF18912DZR_2110-156 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G497150	`PF00097`	zf-C3HC4	68	77	7e-07	29.7
TkA02G497150	`PF17120`	zf-RING_16	69	81	1.4	9.3
TkA02G497150	`PF08746`	zf-RING-like	105	119	8.3	7.3
TkA02G497150	`PF21349`	RUBY_RBDX	106	119	0.087	13.0
TkA02G497150	`PF25208`	DUF7838	109	123	5.3	7.8
TkA02G497150	`PF14570`	zf-RING_4	110	123	0.047	14.2
TkA02G497150	`PF29880`	DUF8594	110	128	0.25	11.6
TkA02G497150	`PF18912`	DZR_2	110	156	0.69	10.5
TkA02G497150	`PF14447`	Prok-RING_4	110	124	7.8	7.2
TkA02G497150	`PF04423`	Rad50_zn_hook	111	122	0.12	13.0
TkA02G497150	`PF24460`	DUF7575	111	122	0.47	10.6
TkA02G497150	`PF17122`	zf-C3H2C3	111	119	1.1	10.1
TkA02G497150	`PF11789`	zf-Nse	112	156	0.0029	18.1
TkA02G497150	`PF12678`	zf-rbx1	113	156	2.4e-11	44.4
TkA02G497150	`PF13920`	zf-C3HC4_3	113	158	0.2	12.2
TkA02G497150	`PF21533`	EHMT1-2_CRR	113	158	0.53	11.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LE94`	拟南芥	sp\|Q8LE94\|RING3_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase At3g02290	58.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q93ZF6`	拟南芥	sp\|Q93ZF6\|AIRP1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase AIRP1	68.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q5XF85`	拟南芥	sp\|Q5XF85\|ATL42_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase ATL42	40.500%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SL78`	拟南芥	sp\|Q9SL78\|ATL12_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL12	40.500%	Swiss-Prot	低置信

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