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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G494410
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 126548051-126552991 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

4001 bp · TkA02G494410|TK1151|cDNA

GTGGAATTGCTGTGCTAGCCTGGATATAAAAATAAAGAAATAACGTGAGTGACCCGCGTTAACCCACCAAAGGTGGCTTCTCGGCACATATTGTAGAGAGAGAAAAGTTAGTTTGGAGACGTTACCGGATTCGAACTGCTTTTATTCGTCGGAATTTGGGATTTTTCTCACGTCCGGTTAGGGTTGATCTTCTTTCTTTCCTCTATTACTCGTTTATTTACTCTCGGGATTTGGAGCATCTGATTACTGCTGCTTTTTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

3324 bp · TkA02G494410|TK1151|CDS

ATGATGGTTACACCGCAGAAGAAGACATGGTCGGGTTGGCTCTCGCCCAGAGCAGAGAAAAACGGGATCGTCTTGGCCAATTCGAACTCTAATTCGAGCGCTAGGGATAAGGGTTTCGCACTTGGTGAGTCTACACCCGAGGGTTTGGTCTCAAACGTTGGGATTATGGATCAAGAAGTCGTGATTGATAAGATTTCTAGCCTCGAGAAGGAGCTCTATGAATACCAATATAACATGGGCCTTCTTCTCATTGAGAAGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1107 aa · TkA02G494410|TK1151|PROTEIN

MMVTPQKKTWSGWLSPRAEKNGIVLANSNSNSSARDKGFALGESTPEGLVSNVGIMDQEVVIDKISSLEKELYEYQYNMGLLLIEKKEWISKNEQFEQSLSETKELLQREKTAHLIAISEVEKREERLRKALGVEKQCVHELEKALREMRSEYAEIKFTADSKLEEANALATSVEGRSLEVESKLRAADAKLAEVSRKTSELQRRSLEIESKEASLMRERMSFNTERDAHERNLLHQKEDLREWERKLQEGEEKLAEVRR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G494410
TK1151 IDTkA02G494410
OH-1004 IDLXL04_013474
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)89.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 95.072
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G494410
位置Chr02:126548051-126552991 (+)
描述Similar to CRWN1: Protein CROWDED NUCLEI 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g67230 SUN 蛋白复合多变复合物的组成部分，也称为 LINC 复合物，通过为细胞骨架丝提供多功能的外核膜附着位点，将核骨架和细胞骨架连接起来（相似性推测）。
LITTLE NUCLEI genes affecting nuclear morphology in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.053231
LITTLE NUCLEI 1 and 4 regulate nuclear morphology in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1093/pcp/pct031
Arabidopsis CROWDED NUCLEI (CRWN) proteins are required for nuclear size control and heterochromatin organization.2013 · DOI: 10.1186/1471-2229-13-200
The Novel Nuclear Envelope Protein KAKU4 Modulates Nuclear Morphology in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1105/tpc.113.122168
At1g13220 SUN 蛋白复合多变复合物的组成部分，也称为 LINC 复合物，通过为细胞骨架丝提供多功能的外核膜附着位点，将核骨架和细胞骨架连接起来（相似性推测）。
LITTLE NUCLEI genes affecting nuclear morphology in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.053231
LITTLE NUCLEI 1 and 4 regulate nuclear morphology in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1093/pcp/pct031
At1g68790 SUN 蛋白复合多变复合物的组成部分，也称为 LINC 复合物，通过为细胞骨架丝提供多功能的外核膜附着位点，将核骨架和细胞骨架连接起来（相似性推测）。
LITTLE NUCLEI 1 and 4 regulate nuclear morphology in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1093/pcp/pct031

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0709900 核结构的构架成分，在控制核大小和形态方面发挥不同作用。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013474 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006997 nucleus organization 生物过程
GO:0043578 nuclear matrix organization 生物过程
GO:0097298 regulation of nucleus size 生物过程
GO:0000785 chromatin 细胞组分
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005635 nuclear envelope 细胞组分
GO:0005652 nuclear lamina 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G67230
ath:AT1G68790
dosa:Os02g0709900
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.664
排名 1 · TkA02G494410 · TK1151
细胞质0.299
排名 2 · TkA02G494410 · TK1151
细胞膜0.077
排名 3 · TkA02G494410 · TK1151
内质网0.031
排名 4 · TkA02G494410 · TK1151
溶酶体／液泡0.023
排名 5 · TkA02G494410 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27881CRWN_N57-353 aa
PF30919CRWN_second_CC66-302 aa
PF30919CRWN_second_CC193-373 aa
PF30919CRWN_second_CC316-485 aa
PF27881CRWN_N368-508 aa
PF27881CRWN_N459-564 aa
PF30919CRWN_second_CC485-731 aa
PF27881CRWN_N495-589 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G494410PF27881CRWN_N573532.3e-112375.7
TkA02G494410PF30919CRWN_second_CC663021.6e-85287.3
TkA02G494410PF30919CRWN_second_CC1933731.6e-85287.3
TkA02G494410PF30919CRWN_second_CC3164851.6e-85287.3
TkA02G494410PF27881CRWN_N3685082.3e-112375.7
TkA02G494410PF27881CRWN_N4595642.3e-112375.7
TkA02G494410PF30919CRWN_second_CC4857311.6e-85287.3
TkA02G494410PF27881CRWN_N4955892.3e-112375.7
TkA02G494410PF27881CRWN_N6017342.3e-112375.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4HRT5拟南芥sp|F4HRT5|CRWN1_ARATH Protein CROWDED NUCLEI 140.200%Swiss-Prot中等置信
Q9SAF6拟南芥sp|Q9SAF6|CRWN2_ARATH Protein CROWDED NUCLEI 250.800%Swiss-Prot中等置信
Q9CA42拟南芥sp|Q9CA42|CRWN3_ARATH Protein CROWDED NUCLEI 340.100%Swiss-Prot低置信
Q0DY81水稻sp|Q0DY81|NMCPA_ORYSJ Nuclear matrix constituent protein 1a47.100%Swiss-Prot低置信

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