TkA02G488500 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G488500

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 124920872-124923608 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1898 bp · TkA02G488500|TK1151|cDNA

TGTTGGTTCTCGGCCGGAGATGGACGTAATCCCTAAGAAATTCAAGTGTCAATCGGGTTTTGGGCAACGGATATTTGGCGGGATCTGCAGCTCCAATATCTAGAACCTTTGAAACCTTAAGTTCAATGGACTGTTTCCCTTGCTTATCTGCGGGAGGCATCTGAAGCACACCTTCCACGTGCAGGCACGTACCAGTGGGGGTGAACTGACCTAGCGGCGCTACATCCGAGTATATTATAAGCTGGAGGTTCGCCGGACAA...

CDS

下载 CDS FASTA

990 bp · TkA02G488500|TK1151|CDS

ATGGCGACTAACATCGGAATGATGGATGCAGCTTACTTTGTCGGCCGTTCAGAAATTTTAGCCTGGATTAACTCGACTCTCAAACTCAGTCTCTCCAAAGTTGAAGAGGCATGCTCCGGAGCAGTTCAGTGTCAGCTTATGGATGCAGCACATCCTGGAATGGTACCGATGCACAAGGTCAATTTTGACGCCAAGACAGAGTACGATATGATTCAGAACTATAAAGTTCTTCAAGATGTTTTCAACAAATTGAAAATTAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

329 aa · TkA02G488500|TK1151|PROTEIN

MATNIGMMDAAYFVGRSEILAWINSTLKLSLSKVEEACSGAVQCQLMDAAHPGMVPMHKVNFDAKTEYDMIQNYKVLQDVFNKLKITKHIEVSKLVKGRPLDNLEFMQWMKRYCDSVSGGGQHSYNPAERRESCKGGRDASRKSAATQSTRASTAAPKPHSSRRADRDPPSAHSTAPPPVKTAKPSSTPNVSVYDQQITELKLTMDSLEKERDFYFAKLRDIEILCQSPNISNLPIIDAIQRILYAAEEDASIVEEAQAM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G488500`
TK1151 ID	TkA02G488500
OH-1004 ID	LXL04_013570
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G488500

位置 Chr02:124920872-124923608 (+)

描述 Similar to EB1C: Microtubule-associated protein RP/EB family member 1C

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g67270`	植物特异性 EB1 亚型，通过调节纺锤体定位和染色体分离，在植物有丝分裂的早期阶段优先发挥作用。	Nuclear-localized subtype of end-binding 1 protein regulates spindle organization in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1242/jcs.062703
`At3g47690`	与微管的正端结合并调节微管细胞骨架的动力学。	EB1 reveals mobile microtubule nucleation sites in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1038/ncb1057 Nuclear-localized subtype of end-binding 1 protein regulates spindle organization in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1242/jcs.062703
`At5g62500`	与微管的正端结合并调节微管细胞骨架的动力学。	Nuclear-localized subtype of end-binding 1 protein regulates spindle organization in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1242/jcs.062703

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013570 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001578 microtubule bundle formation 生物过程

GO:0008104 intracellular protein localization 生物过程

GO:0009652 thigmotropism 生物过程

GO:0009958 positive gravitropism 生物过程

GO:0030865 cortical cytoskeleton organization 生物过程

GO:0031110 regulation of microtubule polymerization or depolymerization 生物过程

GO:0031113 regulation of microtubule polymerization 生物过程

GO:0035372 protein localization to microtubule 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0051225 spindle assembly 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0000922 spindle pole 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G47690

ath:AT5G62500

ath:AT5G67270

hsa:22924

rno:298848

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.745

排名 1 · TkA02G488500 · TK1151

细胞核0.186

排名 2 · TkA02G488500 · TK1151

细胞膜0.160

排名 3 · TkA02G488500 · TK1151

高尔基体0.095

排名 4 · TkA02G488500 · TK1151

溶酶体／液泡0.047

排名 5 · TkA02G488500 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00307CH16-107 aa

PF06294CH_220-88 aa

PF11971CAMSAP_CH36-83 aa

PF03271EB1208-246 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G488500	`PF00307`	CH	16	107	2e-10	41.6
TkA02G488500	`PF06294`	CH_2	20	88	2.3e-05	25.1
TkA02G488500	`PF11971`	CAMSAP_CH	36	83	0.085	13.5
TkA02G488500	`PF03271`	EB1	208	246	9.9e-18	64.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FGQ6`	拟南芥	sp\|Q9FGQ6\|EB1C_ARATH Microtubule-associated protein RP/EB family member 1C	58.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q7XJ60`	拟南芥	sp\|Q7XJ60\|EB1A_ARATH Microtubule-associated protein RP/EB family member 1A	55.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FJJ5`	拟南芥	sp\|Q9FJJ5\|EB1B_ARATH Microtubule-associated protein RP/EB family member 1B	55.400%	Swiss-Prot	高置信

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