TkA02G487160 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G487160

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 124624955-124628005 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1475 bp · TkA02G487160|TK1151|cDNA

CGTGCTCCACTTCGGTATTTTTGGGATGCAGCACCACGTGGCATAGGGAATGAAACCAAATACAAACACACCAGTCACCACCTCCTGAAACCCCGAAACCAAAAAGAGGCGGGTTTATCCCGAACAACTGCGCTAATGGGGAGTTCCAAGGAGGATTCGGCCACCGGTGCCGACAATTCCGCCGGCAGTCGCCGTCGCGTTGATTCTAATTCGAAGCTCTTCTCCGATGGCGAGAAAGTCCTCGCTTACCATGGCCCTCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1029 bp · TkA02G487160|TK1151|CDS

CGTGCTCCACTTCGGTATTTTTGGGATGCAGCACCACGTGGCATAGGGAATGAAACCAAATACAAACACACCAGTCACCACCTCCTGAAACCCCGAAACCAAAAAGAGGCGGGTTTATCCCGAACAACTGCGCTAATGGGGAGTTCCAAGGAGGATTCGGCCACCGGTGCCGACAATTCCGCCGGCAGTCGCCGTCGCGTTGATTCTAATTCGAAGCTCTTCTCCGATGGCGAGAAAGTCCTCGCTTACCATGGCCCTCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

342 aa · TkA02G487160|TK1151|PROTEIN

RAPLRYFWDAAPRGIGNETKYKHTSHHLLKPRNQKEAGLSRTTALMGSSKEDSATGADNSAGSRRRVDSNSKLFSDGEKVLAYHGPRIYEAKVQKSEIRKNEWKYFVHYLGWSKTWDEWVGVDRLMKNSEENILKQQALDKKQGVERNPKSGGRSNQTKPKISSGTKGKKRKNDSSTEKEIASVDKLINIEIPSALKQQLVDDWEFVNEQDKLVELPRSPNIDDIFEKYLEYKSKKMTDSVGEIVKGLRCYFDRALPVIL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G487160`
TK1151 ID	TkA02G487160
OH-1004 ID	LXL04_013574
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 91.813 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G487160

位置 Chr02:124624955-124628005 (+)

描述 Similar to MRG1: Protein MRG1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g37280`	染色质重塑因子。	Arabidopsis MRG domain proteins bridge two histone modifications to elevate expression of flowering genes.2014 · DOI: 10.1093/nar/gku781 Regulation of arabidopsis flowering by the histone mark readers MRG1/2 via interaction with CONSTANS to modulate FT expression.2014 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1004617
`At1g02740`	染色质重塑因子。	Arabidopsis MRG domain proteins bridge two histone modifications to elevate expression of flowering genes.2014 · DOI: 10.1093/nar/gku781 Regulation of arabidopsis flowering by the histone mark readers MRG1/2 via interaction with CONSTANS to modulate FT expression.2014 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1004617

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013574 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0008283 cell population proliferation 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0048510 regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase 生物过程

GO:0048586 regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0051726 regulation of cell cycle 生物过程

GO:1905168 positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02740

ath:AT4G37280

pon:100174761

rno:300891

uma:UMAG_10504

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.940

排名 1 · TkA02G487160 · TK1151

细胞质0.152

排名 2 · TkA02G487160 · TK1151

细胞膜0.021

排名 3 · TkA02G487160 · TK1151

线粒体0.017

排名 4 · TkA02G487160 · TK1151

内质网0.010

排名 5 · TkA02G487160 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18826bVLRF149-108 aa

PF22732MSL3_chromo-like74-140 aa

PF11717Tudor-knot75-125 aa

PF05712MRG169-335 aa

PF30424DicA_C218-236 aa

PF21028DUF1285_C272-316 aa

PF30424DicA_C287-297 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G487160	`PF18826`	bVLRF1	49	108	0.19	12.4
TkA02G487160	`PF22732`	MSL3_chromo-like	74	140	1.2e-15	57.9
TkA02G487160	`PF11717`	Tudor-knot	75	125	1.8e-11	44.4
TkA02G487160	`PF05712`	MRG	169	335	1.7e-48	165.3
TkA02G487160	`PF30424`	DicA_C	218	236	0.33	12.0
TkA02G487160	`PF21028`	DUF1285_C	272	316	0.16	13.0
TkA02G487160	`PF30424`	DicA_C	287	297	0.33	12.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94C32`	拟南芥	sp\|Q94C32\|MRG1_ARATH Protein MRG1	59.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q4V3E2`	拟南芥	sp\|Q4V3E2\|MRG2_ARATH Protein MRG2	54.300%	Swiss-Prot	高置信

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