TkA02G483420 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G483420

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 123371288-123373980 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1450 bp · TkA02G483420|TK1151|cDNA

ATTACTTTATAATCTTAGGGCAAAAGTGAAGAAGCAACTAACTCGATGGACTAACAATGAAATTACAAGTTTGTAGACTCGGTGCTTACAGGAAAAGGCGGGTGAACGGCATTATATAGGGCAAAATTCGGCTAAATTCGTTACTACTTTCTGTAATCGATTGACACTTGTTCTAGGGTTTGAATCAGTGTTATTAAACGGATGCTGCGACGCTATCTCTGATTTCCCTTGAACGTACCGTTTCTGCCTTAAACGTCGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

861 bp · TkA02G483420|TK1151|CDS

ATGGGCGTACCTAAACAGAAGTGGACATCAGAAGAGGAAGCTGCACTTAAAGCTGGAATAGCCAAGTATGGACCAGGTAGATGGAGCACAATTCTCAAAGACTCAGAGTTTGCTTCTGTCTTGCATATGCGTTCCAATGTGGATCTTAAGGATAAATGGAGAAACATAAACTTCATGGGCAGTGGATATGGATCCCGTCAAAGATCTAGACCTCCAAAATCTCAACCAGTTCATAAACCTGAAAGCATATCAACTTCTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

286 aa · TkA02G483420|TK1151|PROTEIN

MGVPKQKWTSEEEAALKAGIAKYGPGRWSTILKDSEFASVLHMRSNVDLKDKWRNINFMGSGYGSRQRSRPPKSQPVHKPESISTSSKEEHNALISIPDPLPILALPVQIDDSKKPMPIQRLDSIILESIINLKESCGSSRAAIAEYIEKKQSTPPIFERLLKEELKALIDCGKLIKVKHRYRMATSCVKKRSSPSILEAKKEVVSGNNRKIITKAEIDAELEKMKKMTPQQAAEAAVKAVAEAEAAILEAERAEREAEL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G483420`
TK1151 ID	TkA02G483420
OH-1004 ID	LXL04_002396
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	40.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 66.084 / OH-1004 42.572 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G483420

位置 Chr02:123371288-123373980 (+)

描述 Similar to At1g17520: Telomere repeat-binding factor 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g49950`	优先结合双链端粒重复序列。	Single-Myb-histone proteins from Arabidopsis thaliana: a quantitative study of telomere-binding specificity and kinetics.2009 · DOI: 10.1042/bj20082195

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002396 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006334 nucleosome assembly 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000781 chromosome, telomeric region 细胞组分

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0000786 nucleosome 细胞组分

GO:0000791 euchromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0032991 protein-containing complex 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003691 double-stranded telomeric DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17520

ath:AT1G49950

ath:AT1G72740

zma:542123

zma:542125

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.872

排名 1 · TkA02G483420 · TK1151

细胞质0.167

排名 2 · TkA02G483420 · TK1151

细胞膜0.033

排名 3 · TkA02G483420 · TK1151

内质网0.023

排名 4 · TkA02G483420 · TK1151

质体0.022

排名 5 · TkA02G483420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00249Myb_DNA-binding5-55 aa

PF23588HTH_CHD1_Hrp37-37 aa

PF13921Myb_DNA-bind_68-56 aa

PF08074CHDCT28-40 aa

PF00249Myb_DNA-binding87-95 aa

PF00538Linker_histone123-179 aa

PF13921Myb_DNA-bind_6130-153 aa

PF28722WHD_Sfc3_5th145-191 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G483420	`PF00249`	Myb_DNA-binding	5	55	3.6e-09	37.3
TkA02G483420	`PF23588`	HTH_CHD1_Hrp3	7	37	0.00023	21.8
TkA02G483420	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	8	56	4.8e-06	27.4
TkA02G483420	`PF08074`	CHDCT2	8	40	0.24	12.2
TkA02G483420	`PF00249`	Myb_DNA-binding	87	95	3.6e-09	37.3
TkA02G483420	`PF00538`	Linker_histone	123	179	4.7e-10	40.3
TkA02G483420	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	130	153	4.8e-06	27.4
TkA02G483420	`PF28722`	WHD_Sfc3_5th	145	191	0.093	13.7
TkA02G483420	`PF00538`	Linker_histone	208	229	4.7e-10	40.3
TkA02G483420	`PF28722`	WHD_Sfc3_5th	208	229	0.093	13.7
TkA02G483420	`PF14362`	DUF4407	215	279	1.2	9.0
TkA02G483420	`PF08074`	CHDCT2	231	253	0.24	12.2
TkA02G483420	`PF14346`	DUF4398	231	281	0.57	11.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VWK4`	拟南芥	sp\|Q8VWK4\|TRB1_ARATH Telomere repeat-binding factor 1	41.800%	Swiss-Prot	中等置信

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