TkA02G474840 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G474840

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 121209400-121210539 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1140 bp · TkA02G474840|TK1151|cDNA

ATGACCATTTCCAAAGCCAAATCGAAACTCAAAACGGAACACGATACCGACAAAGCTCTAAACATTTACTCAACCGTCAAAGCCAATTACTCCGCATCGTCACCCGGATCCGCTAATCATGCTCAGCAGATCACAGTCCGCCGCCTTGCAAAATCTCATCGTTTTTCTGATATAGAAGCCCTCCTCGAGTCTCACAAAAGCGATCCTCGAATCACCGATGAGCACTTTTTATCTTCTCTCATTAAATCATACGGTATCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1140 bp · TkA02G474840|TK1151|CDS

ATGACCATTTCCAAAGCCAAATCGAAACTCAAAACGGAACACGATACCGACAAAGCTCTAAACATTTACTCAACCGTCAAAGCCAATTACTCCGCATCGTCACCCGGATCCGCTAATCATGCTCAGCAGATCACAGTCCGCCGCCTTGCAAAATCTCATCGTTTTTCTGATATAGAAGCCCTCCTCGAGTCTCACAAAAGCGATCCTCGAATCACCGATGAGCACTTTTTATCTTCTCTCATTAAATCATACGGTATCGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

379 aa · TkA02G474840|TK1151|PROTEIN

MTISKAKSKLKTEHDTDKALNIYSTVKANYSASSPGSANHAQQITVRRLAKSHRFSDIEALLESHKSDPRITDEHFLSSLIKSYGIAGMFEQALNTYNQMETLKTPRSALSFNALLTACLKSKNYDRAPQLFDEMPAKYRFRPDEYSYGMLVKSFCDAGKPELAIDKLKEMDKKGMPISGITYTSIIHSLYKKGNPTEAEKIWDEMVNRGCLIDVAANNVRLMNAVDGDPENIKSMIEEMSNAALKPDTISYNYLMTCYC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G474840`
TK1151 ID	TkA02G474840
OH-1004 ID	LXL04_013731
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.098 / OH-1004 89.538 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G474840

位置 Chr02:121209400-121210539 (-)

描述 Similar to At4g36680: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g36680, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g36680`	小核糖体亚基蛋白mL103（rPPR7）。	暂无已核实直接文献
`At2g18520`	含有五三基重复的蛋白 At2g18520，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At3g13160`	小核糖体亚基蛋白 mS79 (rPPR3b)。	暂无已核实直接文献
`At5g25630`	含五重复肽的蛋白 At5g25630。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013731 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005840 ribosome 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分

GO:0000166 nucleotide binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G55890

ath:AT1G61870

ath:AT2G18520

ath:AT3G13160

ath:AT4G36680

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.879

排名 1 · TkA02G474840 · TK1151

质体0.064

排名 2 · TkA02G474840 · TK1151

细胞核0.052

排名 3 · TkA02G474840 · TK1151

细胞质0.039

排名 4 · TkA02G474840 · TK1151

细胞膜0.013

排名 5 · TkA02G474840 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17177PPR_long13-32 aa

PF14559TPR_1913-26 aa

PF28771RMD9_mid13-37 aa

PF13424TPR_1214-31 aa

PF13174TPR_615-32 aa

PF23231HAT_Syf1_CNRKL1_C15-56 aa

PF25569TPR_ZFYVE2645-74 aa

PF29070MSC6_N50-165 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G474840	`PF17177`	PPR_long	13	32	2.3e-14	54.0
TkA02G474840	`PF14559`	TPR_19	13	26	0.00026	22.0
TkA02G474840	`PF28771`	RMD9_mid	13	37	0.034	14.6
TkA02G474840	`PF13424`	TPR_12	14	31	0.018	15.9
TkA02G474840	`PF13174`	TPR_6	15	32	0.00063	20.9
TkA02G474840	`PF23231`	HAT_Syf1_CNRKL1_C	15	56	0.056	12.9
TkA02G474840	`PF25569`	TPR_ZFYVE26	45	74	0.085	13.8
TkA02G474840	`PF29070`	MSC6_N	50	165	3.9e-17	63.1
TkA02G474840	`PF24760`	TPR_IF140_C	51	101	6.6e-06	27.2
TkA02G474840	`PF12921`	ATP13	65	100	0.00012	22.7
TkA02G474840	`PF05843`	Suf	66	134	0.0005	19.5
TkA02G474840	`PF03704`	BTAD	72	101	0.043	14.9
TkA02G474840	`PF23276`	TPR_24	73	135	2.7e-17	63.6
TkA02G474840	`PF01535`	PPR	78	101	3.5e-38	127.9
TkA02G474840	`PF12854`	PPR_1	78	101	1.6e-35	121.2
TkA02G474840	`PF13041`	PPR_2	79	101	2.5e-42	143.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M065`	拟南芥	sp\|Q9M065\|PP352_ARATH Small ribosomal subunit protein mL103 (rPPR7)	58.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZU67`	拟南芥	sp\|Q9ZU67\|PP162_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g18520, mitochondrial	56.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LK57`	拟南芥	sp\|Q9LK57\|PP226_ARATH Small ribosomal subunit protein mS79 (rPPR3b)	39.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q8GZ63`	拟南芥	sp\|Q8GZ63\|PP397_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g25630	23.100%	Swiss-Prot	低置信

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