TkA02G471170 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G471170

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 120216158-120218321 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1391 bp · TkA02G471170|TK1151|cDNA

GGCATAAACCGGGACCCTAATACATCATGGACCTATATGTAAATTCGAACACCGGGATTGAATCCCAATACCTTGCCTAATTTCACCATTTTCCGTTTGAAGTTTCAGAGTTTCAGACGCAAGCGCAAAGACAGAGACAGGGAGGAAGAAGATGGCAGTGTTTCGATCGAATCATCGTTACAAATTAGCAGTGTTGATTTCTGGAATTATGATGTCGTTGTTGTTGTTGATCAACGCATCGAAGAAAGTCGGAGCTTCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

411 bp · TkA02G471170|TK1151|CDS

ATGGCAGTGTTTCGATCGAATCATCGTTACAAATTAGCAGTGTTGATTTCTGGAATTATGATGTCGTTGTTGTTGTTGATCAACGCATCGAAGAAAGTCGGAGCTTCGAAGTCTACGTCGGCTTTTGTTCAGACCGTCGTCTACTCCAACAAGATCGCCATTTTCTCCAAATCATATTGCCCGTATTGTAAGCGTGCCAAACGCATCTTCGATGAACTACAAGAAAAACCTTACGTTGTGGAGCTTGATCATCGAGACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

136 aa · TkA02G471170|TK1151|PROTEIN

MAVFRSNHRYKLAVLISGIMMSLLLLINASKKVGASKSTSAFVQTVVYSNKIAIFSKSYCPYCKRAKRIFDELQEKPYVVELDHRDDGSQIQDVLLDLVGRRTVPQVFVNGKHIGGADDLDAAVRNGVLRDLLDSK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G471170`
TK1151 ID	TkA02G471170
OH-1004 ID	LXL04_013798
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 55.147 / OH-1004 43.103 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G471170

位置 Chr02:120216158-120218321 (+)

描述 Similar to GRXC3: Glutaredoxin-C3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g77370`	在 NADPH 和谷胱甘肽还原酶存在的情况下具有谷胱甘肽二硫化物氧化还原酶活性。	暂无已核实直接文献
`At5g20500`	在 NADPH 和谷胱甘肽还原酶存在的情况下具有谷胱甘肽二硫化物氧化还原酶活性。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0646400`	可能仅还原 GSH-硫醇二硫键，但不还原蛋白二硫键。	暂无已核实直接文献
`Os06g0659500`	在 NADPH 和谷胱甘肽还原酶存在的情况下具有谷胱甘肽二硫化物氧化还原酶活性。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013798 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0034599 cellular response to oxidative stress 生物过程

GO:0000137 Golgi cis cisterna 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0099503 secretory vesicle 细胞组分

GO:0015038 glutathione disulfide oxidoreductase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G77370

ath:AT5G20500

dosa:Os02g0646400

dosa:Os06g0659500

rcu:8289824

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.337

排名 1 · TkA02G471170 · TK1151

高尔基体0.216

排名 2 · TkA02G471170 · TK1151

内质网0.172

排名 3 · TkA02G471170 · TK1151

细胞质0.120

排名 4 · TkA02G471170 · TK1151

细胞外0.101

排名 5 · TkA02G471170 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14595Thioredoxin_928-110 aa

PF13062DUF392430-49 aa

PF06110TXD17-like_Trx34-77 aa

PF13462Thioredoxin_450-76 aa

PF13192Thioredoxin_351-113 aa

PF05768Glrx-like51-111 aa

PF13098Thioredoxin_251-76 aa

PF00462Glutaredoxin52-114 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G471170	`PF14595`	Thioredoxin_9	28	110	0.051	14.2
TkA02G471170	`PF13062`	DUF3924	30	49	0.086	13.5
TkA02G471170	`PF06110`	TXD17-like_Trx	34	77	0.23	11.9
TkA02G471170	`PF13462`	Thioredoxin_4	50	76	0.13	13.1
TkA02G471170	`PF13192`	Thioredoxin_3	51	113	0.00056	20.6
TkA02G471170	`PF05768`	Glrx-like	51	111	0.0021	19.0
TkA02G471170	`PF13098`	Thioredoxin_2	51	76	0.023	15.7
TkA02G471170	`PF00462`	Glutaredoxin	52	114	2.4e-19	70.0
TkA02G471170	`PF01323`	DSBA	52	84	0.00016	22.3
TkA02G471170	`PF13417`	GST_N_3	57	118	0.0094	17.0
TkA02G471170	`PF13409`	GST_N_2	59	117	0.013	16.9
TkA02G471170	`PF21467`	BetaGal_gal-bd	89	115	0.05	14.5
TkA02G471170	`PF29221`	Tudor_FlgD_C	99	112	0.087	13.5
TkA02G471170	`PF13462`	Thioredoxin_4	101	121	0.13	13.1
TkA02G471170	`PF01323`	DSBA	104	122	0.00016	22.3
TkA02G471170	`PF13062`	DUF3924	106	112	0.086	13.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FVX1`	拟南芥	sp\|Q9FVX1\|GRXC3_ARATH Glutaredoxin-C3	66.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q8LFQ6`	拟南芥	sp\|Q8LFQ6\|GRXC4_ARATH Glutaredoxin-C4	59.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q6H628`	水稻	sp\|Q6H628\|GRXS6_ORYSJ Monothiol glutaredoxin-S6	62.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q0DAE4`	水稻	sp\|Q0DAE4\|GRXC8_ORYSJ Glutaredoxin-C8	61.200%	Swiss-Prot	高置信

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