TkA02G468790 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G468790

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 119552564-119558317 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4767 bp · TkA02G468790|TK1151|cDNA

AAACTACTAATCCTTTTTTTTATTCGTGTGCAAACGACTATAAAAAGGATTTTAGAATATCTAATCTATCAGAATATTAGATATGTACAAAATCAGTCTTATATATTTGTTTTCTTGCGACAAAGACTAACGAAACGAAGGCGGTGCTTTGGAATTACGTTGTTTCTCATTCTTTTTTTTGGATCTCTTCTAGGAAAACCAAGTTTTCTGTTAACTGATTTCTAATTTGTAACTTTCTAGCTTCTGCTGGTTTTCTTTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2547 bp · TkA02G468790|TK1151|CDS

ATGGCGGTTAATTCTTCAGCGAAAGTTGTGCTCTTACATGGTGACTTATATCTCCAAGTTATCGAAGCTCAAAACTTACCGAATATGGATGTAATCACCGGCCACATCCTCCGTTGCGTGTCCTTTGATTCTTGCCCGGAAGACACCACCCCCGCCGGGTCCGAGGACTTGAAACTGCGCTCCAGCGGGCGGAAGATCATTGCTAGTGATCCTTACGTGAAAGTATCCGTGCCTCAAGCAGCCGTCGCACGTACACGCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

848 aa · TkA02G468790|TK1151|PROTEIN

MAVNSSAKVVLLHGDLYLQVIEAQNLPNMDVITGHILRCVSFDSCPEDTTPAGSEDLKLRSSGRKIIASDPYVKVSVPQAAVARTRVLKNSKNPRWNERFDIPLAHELVYLEFEVKDDDIFGADLLGIVHISAEEIATGKVISGWFPLKNCRKEALLRLEMKFVPCESNPLYLHGIAGDPELKGVRNTYFPVRKGSQVTLYQDAHIMPKSMMPKIELDGGKVYEHNSCWEDICHAISSAHHMIYIVGWSIFHKIKLIREP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G468790`
TK1151 ID	TkA02G468790
OH-1004 ID	LXL04_013842
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G468790

位置 Chr02:119552564-119558317 (-)

描述 Similar to PLDDELTA: Phospholipase D delta

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g35790`	在末端磷酸二酯键处水解甘油磷脂，生成磷脂酸。	Involvement of a novel Arabidopsis phospholipase D, AtPLDdelta, in dehydration-inducible accumulation of phosphatidic acid in stress signalling.2001 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2001.01060.x Kinetic analysis of Arabidopsis phospholipase Ddelta. Substrate preference and mechanism of activation by Ca2+ and phosphatidylinositol 4,5-biphosphate.2002 · DOI: 10.1074/jbc.m209598200
`At2g42010`	在末端磷酸二酯键处水解甘油磷脂，生成磷脂酸 (PA)。	暂无已核实直接文献
`At4g11840`	在末端磷酸二酯键处水解甘油磷脂，生成磷脂酸 (PA)。	暂无已核实直接文献
`At4g11850`	在末端磷酸二酯键处水解甘油磷脂，生成磷脂酸。	Expression and characterization of Arabidopsis phospholipase Dgamma2.2006 · DOI: 10.1016/j.bbalip.2006.09.017
`At4g11830`	在末端磷酸二酯键处水解甘油磷脂，生成磷脂酸。	Expression and characterization of Arabidopsis phospholipase Dgamma2.2006 · DOI: 10.1016/j.bbalip.2006.09.017

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013842 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006643 membrane lipid metabolic process 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009395 phospholipid catabolic process 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010044 response to aluminum ion 生物过程

GO:0012501 programmed cell death 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0046470 phosphatidylcholine metabolic process 生物过程

GO:0046473 phosphatidic acid metabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G42010

ath:AT4G11830

ath:AT4G11840

ath:AT4G11850

ath:AT4G35790

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.496

排名 1 · TkA02G468790 · TK1151

细胞膜0.254

排名 2 · TkA02G468790 · TK1151

细胞核0.211

排名 3 · TkA02G468790 · TK1151

高尔基体0.143

排名 4 · TkA02G468790 · TK1151

溶酶体／液泡0.137

排名 5 · TkA02G468790 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00168C215-148 aa

PF13091PLDc_2233-374 aa

PF00614PLDc235-836 aa

PF00168C2282-310 aa

PF00168C2527-539 aa

PF13091PLDc_2552-571 aa

PF00168C2686-721 aa

PF13091PLDc_2693-731 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G468790	`PF00168`	C2	15	148	2e-20	73.7
TkA02G468790	`PF13091`	PLDc_2	233	374	1.5e-09	38.4
TkA02G468790	`PF00614`	PLDc	235	836	2.6e-211	703.5
TkA02G468790	`PF00168`	C2	282	310	2e-20	73.7
TkA02G468790	`PF00168`	C2	527	539	2e-20	73.7
TkA02G468790	`PF13091`	PLDc_2	552	571	1.5e-09	38.4
TkA02G468790	`PF00168`	C2	686	721	2e-20	73.7
TkA02G468790	`PF13091`	PLDc_2	693	731	1.5e-09	38.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C5Y0`	拟南芥	sp\|Q9C5Y0\|PLDD1_ARATH Phospholipase D delta	66.700%	Swiss-Prot	高置信
`P93733`	拟南芥	sp\|P93733\|PLDB1_ARATH Phospholipase D beta 1	51.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9T052`	拟南芥	sp\|Q9T052\|PLDG3_ARATH Phospholipase D gamma 3	50.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9T053`	拟南芥	sp\|Q9T053\|PLDG1_ARATH Phospholipase D gamma 1	50.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9T051`	拟南芥	sp\|Q9T051\|PLDG2_ARATH Phospholipase D gamma 2	49.700%	Swiss-Prot	中等置信

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