RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G466650
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 119009027-119012471 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2156 bp · TkA02G466650|TK1151|cDNA

TCAACCGGTCTACGTTTGGGAAATTACTTCGCACAGACAGAAAGAGTTCCTCCTTCCCCAAGTTTCCAAAGCATTTCGGTTCTTCAGTATTCAGACCCCGAATTAGTGGTGGATAGGATGGGCGGCGGAAGCGGTGAGGGTGCTGTGACGGAAGGTAGTGAATCGAACAAGGATGAAGGTGTTGAGGCCGTTACTGTTAACGTACGGTGTTCGAACGGCACGAAGTTCTCCGTTCAGGTAGCCCTTGAGTCGTCTGTGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1785 bp · TkA02G466650|TK1151|CDS

TCAACCGGTCTACGTTTGGGAAATTACTTCGCACAGACAGAAAGAGTTCCTCCTTCCCCAAGTTTCCAAAGCATTTCGGTTCTTCAGTATTCAGACCCCGAATTAGTGGTGGATAGGATGGGCGGCGGAAGCGGTGAGGGTGCTGTGACGGAAGGTAGTGAATCGAACAAGGATGAAGGTGTTGAGGCCGTTACTGTTAACGTACGGTGTTCGAACGGCACGAAGTTCTCCGTTCAGGTAGCCCTTGAGTCGTCTGTGGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

594 aa · TkA02G466650|TK1151|PROTEIN

STGLRLGNYFAQTERVPPSPSFQSISVLQYSDPELVVDRMGGGSGEGAVTEGSESNKDEGVEAVTVNVRCSNGTKFSVQVALESSVESFKSVLEQSCEIPAGQQRLIYKGRILKDNQTLKSYGLEAEHTVHLVRGFVPGASTPAGGAPTTASTPPPVAGGVGSVEGGPMGGIGLGASPFPGLGLNGLGGNGGMFGGGLPELEQMQQQLTQNPNMMREIMDLPLVQNLLNNPDVMRNMMMNNPQMRDIIDRNPELAHMLND...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G466650
TK1151 IDTkA02G466650
OH-1004 IDLXL04_013881
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.158 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G466650
位置Chr02:119009027-119012471 (-)
描述Similar to DSK2B: Ubiquitin domain-containing protein DSK2b
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g17200 结合泛素缀合物，并可能选择这些缀合物使其被降解。 暂无已核实直接文献
At2g17190 结合泛素缀合物，并可能选择这些缀合物使其被降解。
The defective proteasome but not substrate recognition function is responsible for the null phenotypes of the Arabidopsis proteasome subunit RPN10.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.086702

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013881 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0016236 macroautophagy 生物过程
GO:0016241 regulation of macroautophagy 生物过程
GO:0031396 regulation of protein ubiquitination 生物过程
GO:0031398 positive regulation of protein ubiquitination 生物过程
GO:0034140 negative regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway 生物过程
GO:0034976 response to endoplasmic reticulum stress 生物过程
GO:0035973 aggrephagy 生物过程
GO:0036503 ERAD pathway 生物过程
GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程
GO:0097352 autophagosome maturation 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G17190
ath:AT2G17200
hsa:29979
pon:100174657
rno:114590
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.713
排名 1 · TkA02G466650 · TK1151
细胞核0.512
排名 2 · TkA02G466650 · TK1151
内质网0.101
排名 3 · TkA02G466650 · TK1151
线粒体0.060
排名 4 · TkA02G466650 · TK1151
细胞膜0.054
排名 5 · TkA02G466650 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09280XPC-binding20-35 aa
PF18036Ubiquitin_462-97 aa
PF14560Ubiquitin_264-132 aa
PF11976Rad60-SLD65-133 aa
PF00240ubiquitin66-133 aa
PF10302Dsc3_N98-122 aa
PF13881Rad60-SLD_2104-129 aa
PF18036Ubiquitin_4106-134 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G466650PF09280XPC-binding20350.09113.1
TkA02G466650PF18036Ubiquitin_462970.04514.4
TkA02G466650PF14560Ubiquitin_2641320.004118.3
TkA02G466650PF11976Rad60-SLD651331e-0938.7
TkA02G466650PF00240ubiquitin661331.1e-2073.9
TkA02G466650PF10302Dsc3_N981220.1813.0
TkA02G466650PF13881Rad60-SLD_21041290.01316.3
TkA02G466650PF18036Ubiquitin_41061340.04514.4
TkA02G466650PF29073RxLR_C1992290.04114.9
TkA02G466650PF09280XPC-binding1992190.09113.1
TkA02G466650PF17830STI1-HOP_DP2042468.7e-0523.1
TkA02G466650PF23195UBQLN12073364.4e-65217.6
TkA02G466650PF07200Mod_r2252500.8110.4
TkA02G466650PF09280XPC-binding2312610.09113.1
TkA02G466650PF17830STI1-HOP_DP2492848.7e-0523.1
TkA02G466650PF07200Mod_r2522950.8110.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SII8拟南芥sp|Q9SII8|DSK2B_ARATH Ubiquitin domain-containing protein DSK2b56.500%Swiss-Prot高置信
Q9SII9拟南芥sp|Q9SII9|DSK2A_ARATH Ubiquitin domain-containing protein DSK2a57.200%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看