TkA02G465360 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G465360

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 118585322-118591039 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3576 bp · TkA02G465360|TK1151|cDNA

CGCAATTCTCTCGAGCTCGAGTCCCTCCATCTCCGGTGATATCTCTGTCTCTCGTCTATCCTTTCACACCTTACGACTGCCAACTTCACCTGTGCTCAAAAACTGTATCTTTAATACTCGCCGCGTCTCCATCATAAACACCGTTAGCCGGATTTTCTTGTCAAGTAAGATAGTACGAAGAAGTCTCAGATTTTGAAGAGCTTGAAGAATCAAACTTGAGGTTTGCAACTCGAATATCGAACATAACATAACTCGCCGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

2070 bp · TkA02G465360|TK1151|CDS

ATGTTACAAAACAAGTCATTCGTGCGGAAAACTAAACAAGGCAAAGTTATCAAGGTGGTCAGAGAACATTATCTCAGAGATGATATATACTGTGGAGCTTCGTTTTGCCAACATTGTGATACAAAAAGTGCTCGTTTCAGCTCCCCTGACTCCACAATCCTTGTTCTCGACACTAATGTTGTTCTGAATCAGATTGATTTGCTCGAGAATCCAGCAATTGATGATGTTGTGGTGCTGTCTGTGGTGTTGGATGAGGTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

689 aa · TkA02G465360|TK1151|PROTEIN

MLQNKSFVRKTKQGKVIKVVREHYLRDDIYCGASFCQHCDTKSARFSSPDSTILVLDTNVVLNQIDLLENPAIDDVVVLSVVLDEVKNKNLAVYNRLRALCSNTLRRFFVFSNEHHKDTYVKAMAGESPNDRNDRAIRVAAQWYKNHLGGPTKVLMITNDRENKRKATEEGIIADTVESYVKSLGQPALLDLLVQPHSSEDMEIEDMRPSKKKVIYTEHKPMSEITSGIRCGIYHQGKLRVNRYNPFEAYVGSESIGDEI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G465360`
TK1151 ID	TkA02G465360
OH-1004 ID	LXL04_013909
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.129 / OH-1004 73.205 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G465360

位置 Chr02:118585322-118591039 (-)

描述 Similar to RRP44A: Exosome complex exonuclease RRP44 homolog A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g17510`	RNA外切体复合物的催化组分，具有3′→5′核糖核酸外切酶活性，参与多种细胞RNA加工和降解过程。	Arabidopsis AtRRP44A is the functional homolog of Rrp44/Dis3, an exosome component, is essential for viability and is required for RNA processing and degradation.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0079219

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013909 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000288 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay 生物过程

GO:0000465 exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0000467 exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006401 RNA catabolic process 生物过程

GO:0016075 rRNA catabolic process 生物过程

GO:0030847 termination of RNA polymerase II transcription, exosome-dependent 生物过程

GO:0033621 nuclear mRNA surveillance of meiosis-specific transcripts 生物过程

GO:0043628 regulatory ncRNA 3'-end processing 生物过程

GO:0070478 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G17510

hsa:22894

mmu:72662

sce:YOL021C

spo:2540398

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.703

排名 1 · TkA02G465360 · TK1151

细胞质0.432

排名 2 · TkA02G465360 · TK1151

线粒体0.053

排名 3 · TkA02G465360 · TK1151

细胞膜0.032

排名 4 · TkA02G465360 · TK1151

内质网0.021

排名 5 · TkA02G465360 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25049OB_HELZ29-22 aa

PF17876CSD211-19 aa

PF13638PIN_454-176 aa

PF17216Rrp44_CSD1217-305 aa

PF25049OB_HELZ2233-290 aa

PF17876CSD2258-285 aa

PF08206OB_RNB264-283 aa

PF25049OB_HELZ2334-348 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G465360	`PF25049`	OB_HELZ2	9	22	7.2e-08	32.9
TkA02G465360	`PF17876`	CSD2	11	19	0.00023	21.9
TkA02G465360	`PF13638`	PIN_4	54	176	8.3e-20	72.2
TkA02G465360	`PF17216`	Rrp44_CSD1	217	305	8.9e-13	48.9
TkA02G465360	`PF25049`	OB_HELZ2	233	290	7.2e-08	32.9
TkA02G465360	`PF17876`	CSD2	258	285	0.00023	21.9
TkA02G465360	`PF08206`	OB_RNB	264	283	0.2	12.1
TkA02G465360	`PF25049`	OB_HELZ2	334	348	7.2e-08	32.9
TkA02G465360	`PF17849`	OB_Dis3	371	438	5.8e-21	75.0
TkA02G465360	`PF08206`	OB_RNB	373	396	0.2	12.1
TkA02G465360	`PF17876`	CSD2	376	440	0.00023	21.9
TkA02G465360	`PF13638`	PIN_4	412	442	8.3e-20	72.2
TkA02G465360	`PF00773`	RNB	469	682	7.8e-67	226.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SHL7`	拟南芥	sp\|Q9SHL7\|RP44A_ARATH Exosome complex exonuclease RRP44 homolog A	76.800%	Swiss-Prot	高置信

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