RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G461120
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 117487252-117489263 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

970 bp · TkA02G461120|TK1151|cDNA

TTGTTTCACATTTTTAATATCGACCGACGTCTTCCACAATCTGTCCCACCCCATCCGTGTTTCAGTAGACAACAACAACCAGATATCGCGTCTCTCTTTGCTGCGAACGAAAAACCTCTCTTTTTCGGAAAAACCACCCTCGATCGTATCAATATGGCGACGACCGGACACAATAATCTCAATGCAAAATTGGTTTTGCTTGGGGACATGGGAGCTGGTAAATCAAGTCTCGTGTTGCGATTCGTCAAAGGCCAATTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

756 bp · TkA02G461120|TK1151|CDS

TTGTTTCACATTTTTAATATCGACCGACGTCTTCCACAATCTGTCCCACCCCATCCGTGTTTCAGTAGACAACAACAACCAGATATCGCGTCTCTCTTTGCTGCGAACGAAAAACCTCTCTTTTTCGGAAAAACCACCCTCGATCGTATCAATATGGCGACGACCGGACACAATAATCTCAATGCAAAATTGGTTTTGCTTGGGGACATGGGAGCTGGTAAATCAAGTCTCGTGTTGCGATTCGTCAAAGGCCAATTTCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

251 aa · TkA02G461120|TK1151|PROTEIN

LFHIFNIDRRLPQSVPPHPCFSRQQQPDIASLFAANEKPLFFGKTTLDRINMATTGHNNLNAKLVLLGDMGAGKSSLVLRFVKGQFLEFQESTIGAAFFSQTLAVNDATVKFEIWDTAGQERYHSLAPMYYRGAAAAIIVYDITSADSFTRAKKWVQELQKQGNPNMVMALAGNKADLEDKRKVTAEEARVYAEENGLFFMETSAKTAANVNDVFHEIAKRLPRAQPSQNPAGMVLVDRPAEGARAASCCS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G461120
TK1151 IDTkA02G461120
OH-1004 IDLXL04_007623
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)85.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 86.454 / OH-1004 91.983
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G461120
位置Chr02:117487252-117489263 (+)
描述Similar to RHN1: Ras-related protein RHN1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g45130 参与可溶性货物蛋白从前液泡区向中央液泡的转运。 暂无已核实直接文献
At4g19640 可能参与内吞作用的内体蛋白。
ARA7(Q69L) expression in transgenic Arabidopsis cells induces the formation of enlarged multivesicular bodies.2013 · DOI: 10.1093/jxb/ert125

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os12g0631100 在种子储存蛋白向蛋白质储存液泡 的细胞内运输中发挥重要作用。
OsRab5a regulates endomembrane organization and storage protein trafficking in rice endosperm cells.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04370.x
The small GTPase Rab5a is essential for intracellular transport of proglutelin from the Golgi apparatus to the protein storage vacuole and endosomal membrane organization in developing rice endosperm.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.180505
OsVPS9A functions cooperatively with OsRAB5A to regulate post-Golgi dense vesicle-mediated storage protein trafficking to the protein storage vacuole in rice endosperm cells.2013 · DOI: 10.1093/mp/sst081
Zipcode RNA-Binding Proteins and Membrane Trafficking Proteins Cooperate to Transport Glutelin mRNAs in Rice Endosperm.2020 · DOI: 10.1105/tpc.20.00111
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007623 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程
GO:0007033 vacuole organization 生物过程
GO:0007034 vacuolar transport 生物过程
GO:0010256 endomembrane system organization 生物过程
GO:0015031 protein transport 生物过程
GO:0045324 late endosome to vacuole transport 生物过程
GO:0051028 mRNA transport 生物过程
GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005768 endosome 细胞组分
GO:0005769 early endosome 细胞组分
GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G19640
ath:AT5G45130
dosa:Os12g0631100
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.460
排名 1 · TkA02G461120 · TK1151
高尔基体0.354
排名 2 · TkA02G461120 · TK1151
细胞膜0.200
排名 3 · TkA02G461120 · TK1151
内质网0.191
排名 4 · TkA02G461120 · TK1151
细胞核0.154
排名 5 · TkA02G461120 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20703nSTAND133-78 aa
PF00025Arf57-186 aa
PF02367TsaE60-84 aa
PF13479AAA_2461-121 aa
PF03193RsgA_GTPase62-85 aa
PF00071Ras63-222 aa
PF08477Roc63-177 aa
PF04670Gtr1_RagA63-182 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G461120PF20703nSTAND133780.01315.9
TkA02G461120PF00025Arf571861.9e-1247.7
TkA02G461120PF02367TsaE60840.07213.8
TkA02G461120PF13479AAA_24611210.01515.7
TkA02G461120PF03193RsgA_GTPase62850.0006520.3
TkA02G461120PF00071Ras632226.5e-61205.3
TkA02G461120PF08477Roc631772.6e-34118.7
TkA02G461120PF04670Gtr1_RagA631820.0009919.3
TkA02G461120PF06745ATPase63980.0414.0
TkA02G461120PF01926MMR_HSR1641690.0007320.4
TkA02G461120PF13191AAA_16642310.02316.0
TkA02G461120PF00009GTP_EFTU902230.000122.7
TkA02G461120PF02367TsaE1521730.07213.8
TkA02G461120PF06745ATPase1572310.0414.0
TkA02G461120PF03193RsgA_GTPase1692200.0006520.3
TkA02G461120PF08477Roc1922202.6e-34118.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P31582拟南芥sp|P31582|RAF2A_ARATH Ras-related protein RABF2a80.500%Swiss-Prot高置信
Q9SN68拟南芥sp|Q9SN68|RAF2B_ARATH Ras-related protein RABF2b79.000%Swiss-Prot高置信
Q0ILQ6水稻sp|Q0ILQ6|RAB5A_ORYSJ Ras-related protein Rab5A79.600%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看