TkA02G460120 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G460120

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 117238389-117243230 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1847 bp · TkA02G460120|TK1151|cDNA

TTCCAATAAAGACCTCTGCATTTTGTATTTTGGTCCTCTTCCATATTTCTGTGTCTTCTCTCCCGTATTGTTTGGCTATATAAATGCTCGTCCCACGATCTCCTTCTTCCACATTCAACTGCTCCCTATCTCCTCCTCTCTCACACACAGAAACACACACAGAAACACAGTGAAACAACAAGCATGGTGTTATCGAGGGCCGTGTCGGAGACCGATGCCTCCTTGCACTCGACCTTCGCTTCTCGATATGTACGCGCAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1170 bp · TkA02G460120|TK1151|CDS

ATGGTGTTATCGAGGGCCGTGTCGGAGACCGATGCCTCCTTGCACTCGACCTTCGCTTCTCGATATGTACGCGCAGTTCTTCCAAGGTTTAAGATGCCGGAAAATTCGATTCCAAAGGAGGCAGCGTATCAGATAATAAACGATGAGCTGATGTTGGACGGGAATCCGAGGCTGAATCTAGCGTCGTTCGTGACGACATGGATGGAGCCGGAATGTGATAAGCTAATCATGTCTTCCATTAACAAGAATTACGTTGACAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

389 aa · TkA02G460120|TK1151|PROTEIN

MVLSRAVSETDASLHSTFASRYVRAVLPRFKMPENSIPKEAAYQIINDELMLDGNPRLNLASFVTTWMEPECDKLIMSSINKNYVDMDEYPVTTELQNRCVNMIAHLFNAPLGETETAVGVGTVGSSEAIMLAGLAFKRRWQNKMREQGKPFDKPNIVTGANVQVCWEKFARYFEVELKEVKLREDYYVMDPEKAVEMVDENTICVAAILGSTLNGEFEDVKRLNDLLVEKNSETGWDTPIHVDAASGGFIAPFIYPELE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G460120`
TK1151 ID	TkA02G460120
OH-1004 ID	LXL04_013962
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	96.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.144 / OH-1004 75.862 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G460120

位置 Chr02:117238389-117243230 (-)

描述 Similar to GAD1: Glutamate decarboxylase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g17330`	催化谷氨酸转化为 4-氨基丁酸。	Two isoforms of glutamate decarboxylase in Arabidopsis are regulated by calcium/calmodulin and differ in organ distribution.1998 · DOI: 10.1023/a:1006047623263
`At2g02010`	催化GABA的生成。	暂无已核实直接文献
`At1g65960`	催化谷氨酸转化为 4-氨基丁酸。	Two isoforms of glutamate decarboxylase in Arabidopsis are regulated by calcium/calmodulin and differ in organ distribution.1998 · DOI: 10.1023/a:1006047623263 Characterization of two glutamate decarboxylase cDNA clones from Arabidopsis.1998 · DOI: 10.1104/pp.117.4.1411
`At3g17760`	催化GABA的生成。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013962 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006536 glutamate metabolic process 生物过程

GO:0006538 L-glutamate catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004351 glutamate decarboxylase activity 分子功能

GO:0005516 calmodulin binding 分子功能

GO:0030170 pyridoxal phosphate binding 分子功能

GO:0060090 molecular adaptor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G65960

ath:AT2G02000

ath:AT2G02010

ath:AT5G17330

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.574

排名 1 · TkA02G460120 · TK1151

细胞核0.295

排名 2 · TkA02G460120 · TK1151

线粒体0.170

排名 3 · TkA02G460120 · TK1151

内质网0.111

排名 4 · TkA02G460120 · TK1151

细胞膜0.110

排名 5 · TkA02G460120 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00282Pyridoxal_deC33-371 aa

PF00266Aminotran_5161-295 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G460120	`PF00282`	Pyridoxal_deC	33	371	1.6e-104	350.3
TkA02G460120	`PF00266`	Aminotran_5	161	295	0.00042	20.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q42521`	拟南芥	sp\|Q42521\|DCE1_ARATH Glutamate decarboxylase 1	88.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZPS3`	拟南芥	sp\|Q9ZPS3\|DCE4_ARATH Glutamate decarboxylase 4	86.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q42472`	拟南芥	sp\|Q42472\|DCE2_ARATH Glutamate decarboxylase 2	83.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LSH2`	拟南芥	sp\|Q9LSH2\|DCE5_ARATH Glutamate decarboxylase 5	85.200%	Swiss-Prot	高置信

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