TkA02G453540 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G453540

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 115475733-115476440 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

621 bp · TkA02G453540|TK1151|cDNA

CACGCTTTGGTAACAAAAATGGGGTCAGATCAAAACACGTTTATAATCGGTGCTTTAATCAACATGTACTCAAAATGTGGCAACATTAATGAAGCTAGTCATGTTTTTAATCAAACGGTTCACAAAAACAACATATTATGGACGTCAATGATGACATCATACGCACAAAACAGTAAAGTAGTATTAACCGCTTGCAACCACTCAGGACTTCTTGAAAAAGGAGTTTATTATTTCGAAAAGATGAGATCTGATTATAACTT...

CDS

下载 CDS FASTA

603 bp · TkA02G453540|TK1151|CDS

ATGGGGTCAGATCAAAACACGTTTATAATCGGTGCTTTAATCAACATGTACTCAAAATGTGGCAACATTAATGAAGCTAGTCATGTTTTTAATCAAACGGTTCACAAAAACAACATATTATGGACGTCAATGATGACATCATACGCACAAAACAGTAAAGTAGTATTAACCGCTTGCAACCACTCAGGACTTCTTGAAAAAGGAGTTTATTATTTCGAAAAGATGAGATCTGATTATAACTTGGCTCCTGAGATTGACCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

201 aa · TkA02G453540|TK1151|PROTEIN

MGSDQNTFIIGALINMYSKCGNINEASHVFNQTVHKNNILWTSMMTSYAQNSKVVLTACNHSGLLEKGVYYFEKMRSDYNLAPEIDQYACLIDLYARKGDLESARKVFDEMPVHANAVMWSSFLSCCKEYGNVEYGREAAYKLFELEPESPVPYLILGDIYSGAGLWNEVRNVRKLMEENGVRKCTAGWSWVEVDNEVHVF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G453540`
TK1151 ID	TkA02G453540
OH-1004 ID	LXL04_014051
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 33.444 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G453540

位置 Chr02:115475733-115476440 (+)

描述 Similar to PCMP-H5: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g37170

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g13600`	含五螺旋肽重复的蛋白 At2g13600。	暂无已核实直接文献
`At5g16860`	含五基重复蛋白 At5g16860。	暂无已核实直接文献
`At4g02750`	含五肽重复序列的蛋白 At4g02750。	暂无已核实直接文献
`At4g33990`	含五肽重复的蛋白At4g33990。	暂无已核实直接文献
`At3g47840`	推测的五重复肽（pentatricopeptide）重复蛋白 At3g47840。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014051 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G24000

ath:AT4G37170

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.655

排名 1 · TkA02G453540 · TK1151

质体0.160

排名 2 · TkA02G453540 · TK1151

细胞核0.052

排名 3 · TkA02G453540 · TK1151

细胞质0.050

排名 4 · TkA02G453540 · TK1151

过氧化物酶体0.010

排名 5 · TkA02G453540 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_26-32 aa

PF29070MSC6_N9-109 aa

PF17049AEP19-49 aa

PF24760TPR_IF140_C9-32 aa

PF25064ARM_TT21_5th10-79 aa

PF14559TPR_1911-36 aa

PF01535PPR12-32 aa

PF12854PPR_112-32 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G453540	`PF13041`	PPR_2	6	32	3.2e-10	40.7
TkA02G453540	`PF29070`	MSC6_N	9	109	0.00044	20.2
TkA02G453540	`PF17049`	AEP1	9	49	0.095	12.5
TkA02G453540	`PF24760`	TPR_IF140_C	9	32	0.17	13.0
TkA02G453540	`PF25064`	ARM_TT21_5th	10	79	0.043	14.8
TkA02G453540	`PF14559`	TPR_19	11	36	0.0052	17.8
TkA02G453540	`PF01535`	PPR	12	32	3.3e-20	71.6
TkA02G453540	`PF12854`	PPR_1	12	32	4.8e-10	39.7
TkA02G453540	`PF13812`	PPR_3	12	32	0.00011	22.9
TkA02G453540	`PF13428`	TPR_14	12	34	0.0077	17.5
TkA02G453540	`PF20431`	E_motif	13	28	4.2e-15	56.5
TkA02G453540	`PF13181`	TPR_8	16	32	0.1	13.6
TkA02G453540	`PF23220`	HAT_Syf1_M	16	111	0.13	12.8
TkA02G453540	`PF07719`	TPR_2	16	32	0.21	12.5
TkA02G453540	`PF17177`	PPR_long	18	113	0.054	13.6
TkA02G453540	`PF13041`	PPR_2	37	54	3.2e-10	40.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SIT7`	拟南芥	sp\|Q9SIT7\|PP151_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g13600	35.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LFL5`	拟南芥	sp\|Q9LFL5\|PP390_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g16860	38.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SY02`	拟南芥	sp\|Q9SY02\|PP301_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02750	33.500%	Swiss-Prot	中等置信
`O81767`	拟南芥	sp\|O81767\|PP348_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g33990	34.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9STS9`	拟南芥	sp\|Q9STS9\|PP268_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g47840	37.100%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情