TkA02G441610 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G441610

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 112265666-112275412 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

606 bp · TkA02G441610|TK1151|cDNA

ATGGCTCAATTTACGCTAAGTAACGCAAGGCCTACCCCGACAGCAACCGGCGATGGAGGAGCTGCTACTCTGTCGCACCGGCGGGAGCAACTGAATCATACATCCTGGGTCTTGGACCTTGTTCTTGGTGGTATTGGAAGTATCACCGTTGTTGATGGTTCTAAAGTCGAAAATGGAGACCTTGGAAACAATTTCATGGTTAGTGAATCAAGTCTTGGACAGCCAAAGTTTACTGTGGTTATAGCCACACAGCTGGTAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

606 bp · TkA02G441610|TK1151|CDS

ATGGCTCAATTTACGCTAAGTAACGCAAGGCCTACCCCGACAGCAACCGGCGATGGAGGAGCTGCTACTCTGTCGCACCGGCGGGAGCAACTGAATCATACATCCTGGGTCTTGGACCTTGTTCTTGGTGGTATTGGAAGTATCACCGTTGTTGATGGTTCTAAAGTCGAAAATGGAGACCTTGGAAACAATTTCATGGTTAGTGAATCAAGTCTTGGACAGCCAAAGTTTACTGTGGTTATAGCCACACAGCTGGTAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

201 aa · TkA02G441610|TK1151|PROTEIN

MAQFTLSNARPTPTATGDGGAATLSHRREQLNHTSWVLDLVLGGIGSITVVDGSKVENGDLGNNFMVSESSLGQPKFTVVIATQLVEDSMVKLDRICRDANVMVIFARSYGLTGFVRISVKEHAVTESKPDHFLDDLRLNNPWPELKKFTESVNLDTTDPVAHKRTPYILILVKMASEWAKSHGGKLPSTREEKKEFKVYS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G441610`
TK1151 ID	TkA02G441610
OH-1004 ID	LXL04_004933
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	90.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 84.577 / OH-1004 67.220 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G441610

位置 Chr02:112265666-112275412 (-)

描述 Similar to AXR1: NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit AXR1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g05180`	二聚体 ECR1-AXR1 E1 酶的调节亚基。	Multiple ubiquitin ligase-mediated processes require COP9 signalosome and AXR1 function.2002 · DOI: 10.1105/tpc.003434 AXL and AXR1 have redundant functions in RUB conjugation and growth and development in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03211.x AXR1-ECR1 and AXL1-ECR1 heterodimeric RUB-activating enzymes diverge in function in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1007/s11103-011-9750-8 Crossover localisation is regulated by the neddylation posttranslational regulatory pathway.2014 · DOI: 10.1371/journal.pbio.1001930 Arabidopsis auxin-resistance gene AXR1 encodes a protein related to ubiquitin-activating enzyme E1.1993 · DOI: 10.1038/364161a0
`At2g32410`	二聚体 ECR1-AXL1 E1 酶的调节亚基。	AXR1-ECR1 and AXL1-ECR1 heterodimeric RUB-activating enzymes diverge in function in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1007/s11103-011-9750-8

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004933 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009735 response to cytokinin 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程

GO:0019954 asexual reproduction 生物过程

GO:0043326 chemotaxis to folate 生物过程

GO:0043327 chemotaxis to cAMP 生物过程

GO:0045116 protein neddylation 生物过程

GO:0140964 intracellular auxin homeostasis 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05180

ath:AT2G32410

ddi:DDB_G0287965

mcf:102146039

xla:414612

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.639

排名 1 · TkA02G441610 · TK1151

细胞核0.330

排名 2 · TkA02G441610 · TK1151

线粒体0.075

排名 3 · TkA02G441610 · TK1151

细胞外0.062

排名 4 · TkA02G441610 · TK1151

细胞膜0.051

排名 5 · TkA02G441610 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00899ThiF39-81 aa

PF00899ThiF91-120 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G441610	`PF00899`	ThiF	39	81	3.4e-05	23.8
TkA02G441610	`PF00899`	ThiF	91	120	3.4e-05	23.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P42744`	拟南芥	sp\|P42744\|AXR1_ARATH NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit AXR1	61.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZV69`	拟南芥	sp\|Q9ZV69\|AXL1_ARATH NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit AXL	59.900%	Swiss-Prot	高置信

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