TkA02G441020 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G441020

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 112100746-112104366 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2330 bp · TkA02G441020|TK1151|cDNA

AAAAACTCGAACATCGTTTTATTCCGAACCGAGGGCAATAACTCAATAAGTAGGTTGTTTCGACAATAAAAACCCTTTCTGAAAGCTTGAACTGGAGGGAAAAAGTGGACACGTCACACGTGTGTACCAAGGTGAGAGATGCCGGTGGCGCGACCAGAATCGTCTGATTCCAGGGTAATTGCTCACGTCGACATGGATTGTTTCTACGTTCAAGTGAAGTGATGTATCAAATTAGTGCTCCATTGATGCTCTATCTTTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1827 bp · TkA02G441020|TK1151|CDS

ATGTTACTTTCTGGAACAACGCAAACAACCTCACTTAAGAGGTCAACCAACTGCTGTAGTACAATACAACTCCTGGCAAGGCGGGGCCTGATTGCTGTCGGTTACGAGGCTAGAAAAGATGGGGTGAAACGCTCAATGCGAGGTGACGAGGCAAAAAAAGTTTGCCCCCAAATTCATCTGGTTCAAGTTCCTGTAGCCCGTGGTAAAGCTGACTTGAACATATATCGAAGTGCAGGTTCAGAGGTTGTTTCCATTCTTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

608 aa · TkA02G441020|TK1151|PROTEIN

MLLSGTTQTTSLKRSTNCCSTIQLLARRGLIAVGYEARKDGVKRSMRGDEAKKVCPQIHLVQVPVARGKADLNIYRSAGSEVVSILSRKGRCERASIDEVYLDLTEASEKMLKETPPESLENIHEEVLKSHVLGLIHNENDTKETVKQWLQQKEGDHRDKLLACGALIVAELRLQVLQETEFTCSAGIAHNKMLAKLASGMNKPAQQTIVPFSSVKGLLETLPIKKMKQLGGKLGSSLQVDLGVNTVSDLLQFSEEKLQD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G441020`
TK1151 ID	TkA02G441020
OH-1004 ID	LXL04_014298
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.395 / OH-1004 83.286 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G441020

位置 Chr02:112100746-112104366 (-)

描述 Similar to POLH: DNA polymerase eta

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g44740`	无错 DNA 聚合酶，专门参与 DNA 修复。	Analysis of UV-induced mutation spectra in Escherichia coli by DNA polymerase eta from Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1016/j.mrfmmm.2006.05.036 Two translesion synthesis DNA polymerase genes, AtPOLH and AtREV1, are involved in development and UV light resistance in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1016/j.jplph.2007.11.012 Arabidopsis thaliana Y-family DNA polymerase eta catalyses translesion synthesis and interacts functionally with PCNA2.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03562.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014298 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000731 DNA synthesis involved in DNA repair 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006282 regulation of DNA repair 生物过程

GO:0006290 pyrimidine dimer repair 生物过程

GO:0006301 DNA damage tolerance 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0009314 response to radiation 生物过程

GO:0009650 UV protection 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0010225 response to UV-C 生物过程

GO:0019985 translesion synthesis 生物过程

GO:0042276 error-prone translesion synthesis 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G44740

dme:Dmel_CG7143

hsa:5429

mmu:80905

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.850

排名 1 · TkA02G441020 · TK1151

细胞质0.199

排名 2 · TkA02G441020 · TK1151

线粒体0.065

排名 3 · TkA02G441020 · TK1151

细胞膜0.025

排名 4 · TkA02G441020 · TK1151

高尔基体0.014

排名 5 · TkA02G441020 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11799IMS_C6-42 aa

PF20003fvmX525-77 aa

PF00817IMS29-199 aa

PF17104YBL010C_LAA294-160 aa

PF29121AMN1_C117-152 aa

PF20003fvmX5132-153 aa

PF14377UBM171-180 aa

PF11798IMS_HHH214-243 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G441020	`PF11799`	IMS_C	6	42	7.7e-10	39.9
TkA02G441020	`PF20003`	fvmX5	25	77	0.24	12.0
TkA02G441020	`PF00817`	IMS	29	199	1.3e-28	100.5
TkA02G441020	`PF17104`	YBL010C_LAA2	94	160	0.036	14.9
TkA02G441020	`PF29121`	AMN1_C	117	152	1.4	10.4
TkA02G441020	`PF20003`	fvmX5	132	153	0.24	12.0
TkA02G441020	`PF14377`	UBM	171	180	0.00045	20.3
TkA02G441020	`PF11798`	IMS_HHH	214	243	0.023	15.6
TkA02G441020	`PF21704`	POLH-Rev1_HhH	222	277	8.3e-21	74.7
TkA02G441020	`PF21999`	IMS_HHH_1	241	277	8.8e-06	26.8
TkA02G441020	`PF11799`	IMS_C	288	409	7.7e-10	39.9
TkA02G441020	`PF08277`	PAN_3	455	508	2.6	8.6
TkA02G441020	`PF21999`	IMS_HHH_1	480	499	8.8e-06	26.8
TkA02G441020	`PF20003`	fvmX5	481	510	0.24	12.0
TkA02G441020	`PF29121`	AMN1_C	496	542	1.4	10.4
TkA02G441020	`PF17104`	YBL010C_LAA2	512	521	0.036	14.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8H2D5`	拟南芥	sp\|Q8H2D5\|POLH_ARATH DNA polymerase eta	56.600%	Swiss-Prot	高置信

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