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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G434740
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 110472770-110476617 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2023 bp · TkA02G434740|TK1151|cDNA

ATTTTGCAGTGTTCCCAAACCCCTGCTGGATTCCTCGAACCTTAAAATGGCAAAACAATTCCATATTATAAAATATAAAACAAAAAACAAACACAACTTGTTTTCCAAAATATCTGTGTAGCGGAAACTGGATCCGGTGGCCGACCATAACACACCACAACACAACACAACCCCATGTTAAAACAACGGCTTAGATTACAAAACTACCATTAAATCCAATGGCTACGCCACCATGAAACTTGGCTTCCCCATCAATCCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1290 bp · TkA02G434740|TK1151|CDS

ATGCAATCCGGCAATGATGGTGGGTCTGATCAGCAACCACAAACGCAGAAGAATCAGCCAACGGTGCCGCCGCCGACGACGACAGGAGCAGCGGCGGGGATGGGGGCGGGTCTAGGGCAGCAGCAATGGGTGGCGATGCAGTACCCCGCGGCGGCGATGTTAATGCAGCATCCGATGATGGCACCGTCTCCGGCTAATTATCAAGTGGCGCCACACTATATGCCGTACCACCCGCACCACCTCCAGCATCAGCCGCATCC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

429 aa · TkA02G434740|TK1151|PROTEIN

MQSGNDGGSDQQPQTQKNQPTVPPPTTTGAAAGMGAGLGQQQWVAMQYPAAAMLMQHPMMAPSPANYQVAPHYMPYHPHHLQHQPHPPVAQQPQQGSGGGENKAIWVGDLHNWMDEDYLRSCFASTGEVSSIKVVRNKQTGFSEGYGFVEFISHAAAEKVLQNYGGILMPNTDQPFRLNWATFSMGEKRSNNGSDVSIFVGDLAADVTDTLLHETFANKYPSVKAAKVVIDINTGRSKGYGFVRFGDDSERTQAMTEMNG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G434740
TK1151 IDTkA02G434740
OH-1004 IDLXL04_008176
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)99.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.767 / OH-1004 91.649
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G434740
位置Chr02:110472770-110476617 (+)
描述Similar to RBP47C: Polyadenylate-binding protein RBP47C
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g47500 异质核核糖核蛋白（hnRNP）蛋白，结合mRNA的poly(A)尾，可能参与前mRNA成熟的某些步骤。 暂无已核实直接文献
At1g47490 异质核核糖核蛋白（hnRNP）蛋白，结合mRNA的poly(A)尾，可能参与前mRNA成熟的某些步骤。 暂无已核实直接文献
At1g49600 异质核核糖核蛋白（hnRNP）蛋白，结合mRNA的poly(A)尾，可能参与前mRNA成熟的某些步骤。 暂无已核实直接文献
At3g19130 异质核核糖核蛋白（hnRNP）蛋白，结合mRNA的poly(A)尾，可能参与前mRNA成熟的某些步骤。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008176 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0034063 stress granule assembly 生物过程
GO:0034605 cellular response to heat 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0010494 cytoplasmic stress granule 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008143 poly(A) binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G47490
ath:AT1G47500
ath:AT1G49600
ath:AT3G19130
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.753
排名 1 · TkA02G434740 · TK1151
细胞质0.416
排名 2 · TkA02G434740 · TK1151
细胞膜0.045
排名 3 · TkA02G434740 · TK1151
内质网0.025
排名 4 · TkA02G434740 · TK1151
溶酶体／液泡0.019
排名 5 · TkA02G434740 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13893RRM_586-139 aa
PF00076RRM_1105-171 aa
PF16367RRM_7105-162 aa
PF22976RRM_10114-178 aa
PF08777RRM_3117-164 aa
PF26250RRM_RdRP1_2121-157 aa
PF29326RRM_MUD2_C123-138 aa
PF00076RRM_1198-267 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G434740PF13893RRM_5861395.5e-0626.8
TkA02G434740PF00076RRM_11051714.5e-52174.5
TkA02G434740PF16367RRM_71051624.1e-0627.4
TkA02G434740PF22976RRM_101141780.0002222.0
TkA02G434740PF08777RRM_31171644.2e-0524.3
TkA02G434740PF26250RRM_RdRP1_21211570.1313.4
TkA02G434740PF29326RRM_MUD2_C1231380.001619.2
TkA02G434740PF00076RRM_11982674.5e-52174.5
TkA02G434740PF16367RRM_71982484.1e-0627.4
TkA02G434740PF22976RRM_102062610.0002222.0
TkA02G434740PF26250RRM_RdRP1_22252540.1313.4
TkA02G434740PF08777RRM_32302574.2e-0524.3
TkA02G434740PF13893RRM_52382705.5e-0626.8
TkA02G434740PF29326RRM_MUD2_C2392660.001619.2
TkA02G434740PF16842RRM_occluded2412720.0007820.0
TkA02G434740PF11767SET_assoc2422690.04714.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SX80拟南芥sp|Q9SX80|R47CP_ARATH Polyadenylate-binding protein RBP47C'65.100%Swiss-Prot高置信
Q9SX79拟南芥sp|Q9SX79|RB47C_ARATH Polyadenylate-binding protein RBP47C72.000%Swiss-Prot高置信
F4I3B3拟南芥sp|F4I3B3|RB47A_ARATH Polyadenylate-binding protein RBP47A65.100%Swiss-Prot高置信
Q0WW84拟南芥sp|Q0WW84|RB47B_ARATH Polyadenylate-binding protein RBP47B65.900%Swiss-Prot中等置信

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