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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G417670
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 106169894-106174753 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2921 bp · TkA02G417670|TK1151|cDNA

TTTGTGTTCACCGTAGAAAATCTGTCCAATAATCTGTAAAAAAAATTGCAAAATCAAGGGTGCGTATGTAGGCTCGCCAAAGGGATTGAAAATGTTACGAAGAGACCTGTTTGGTTGTCTCTCCCATCCTACCAATCCGACATGCAATCTTAATCGTGGAAATGCTATGATTGTTTCCAACATGAACCAAAAACAGCAATTGGTTCAATTGAAAAACACCATTCTACAAATCGATGTGCATTTGACCCTCGATTTGATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2322 bp · TkA02G417670|TK1151|CDS

ATGTCGACGGAAATGGCTAACACGGATCCAGAGGGAATCGATGGTGTTCGTATGACATGGAACGCCTGGCCTCGCACAAAAGTTGAAGCAAGCAAGTGCGTGATTCCAATTGCAGCTTCGATTTCTCCGATCCGCCCTCACCCACACATCCCCAACAATCCATACGCACCTCTTCGATGCAAGACCTGCTCCGCCGTTCTCAACCCATTCTGCCGTGTCGACTTCTCGGCCCTGATTTGGATCTGCCCATTCTGCTTTCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

773 aa · TkA02G417670|TK1151|PROTEIN

MSTEMANTDPEGIDGVRMTWNAWPRTKVEASKCVIPIAASISPIRPHPHIPNNPYAPLRCKTCSAVLNPFCRVDFSALIWICPFCFQRNHFPHHYSGISETNVPAELYPQYTTVEYAVPNPDTRNNPPQPVYVFVLDTCMIEEELKYAKLALQQALEFIPENALVGFVSYGTQVQVHELGYADISKVYVFQGSKEMSREHVLDQLGLLGGAGNNGRRMGQGFQKGAVQGQGFPNPGVSRFLLPASEGAYIIQSRLEELGV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G417670
TK1151 IDTkA02G417670
OH-1004 IDLXL04_014510
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)98.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 97.671 / OH-1004 84.270
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G417670
位置Chr02:106169894-106174753 (-)
描述Similar to SEC23: Protein transport protein SEC23 (Ustilago maydis (strain 521 / FGSC 9021)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g23660 被囊膜蛋白复合物II（COPII）所使用的组分，促进从内质网（ER）形成运输囊泡。 暂无已核实直接文献
At1g05520 Coat蛋白复合物II (COPII) 的组成部分，促进从内质网（ER）形成运输囊泡（通过相似性推测）。 暂无已核实直接文献
At4g14160 被囊膜蛋白复合物II（COPII）所使用的组分，促进从内质网（ER）形成运输囊泡。 暂无已核实直接文献
At2g21630 Coat蛋白复合物II (COPII) 的组成部分，促进从内质网（ER）形成运输囊泡（通过相似性推测）。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014510 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程
GO:0090110 COPII-coated vesicle cargo loading 生物过程
GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0030127 COPII vesicle coat 细胞组分
GO:0070971 endoplasmic reticulum exit site 细胞组分
GO:0005096 GTPase activator activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G05520
ath:AT2G21630
ath:AT3G23660
ath:AT4G14160
uma:UMAG_01624
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.586
排名 1 · TkA02G417670 · TK1151
高尔基体0.267
排名 2 · TkA02G417670 · TK1151
细胞核0.164
排名 3 · TkA02G417670 · TK1151
溶酶体／液泡0.154
排名 4 · TkA02G417670 · TK1151
内质网0.109
排名 5 · TkA02G417670 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04810zf-Sec23_Sec2457-95 aa
PF04811Sec23_trunk127-401 aa
PF08033Sec23_BS412-515 aa
PF04815Sec23_helical530-627 aa
PF00626Gelsolin642-730 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G417670PF04810zf-Sec23_Sec2457954.6e-1659.3
TkA02G417670PF04811Sec23_trunk1274013.1e-61207.7
TkA02G417670PF08033Sec23_BS4125151.3e-2384.1
TkA02G417670PF04815Sec23_helical5306272.6e-2692.1
TkA02G417670PF00626Gelsolin6427302.9e-1350.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LUG1拟南芥sp|Q9LUG1|SC23E_ARATH Protein transport protein SEC23 E72.100%Swiss-Prot高置信
Q8H0S3拟南芥sp|Q8H0S3|SC23B_ARATH Protein transport protein SEC23 B71.500%Swiss-Prot高置信
Q8VXX0拟南芥sp|Q8VXX0|SC23F_ARATH Protein transport protein SEC23 F72.500%Swiss-Prot高置信
Q9SIJ7拟南芥sp|Q9SIJ7|SC23C_ARATH Protein transport protein SEC23 C55.400%Swiss-Prot高置信

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