TkA02G410910 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G410910

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 104509713-104514318 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2128 bp · TkA02G410910|TK1151|cDNA

AGTTGGAGCTGCTGATTTGACTTGTCACTTCGTCTCTTTCCCTCTGTCTCTACACATATATATTGCACCTCACCTTGTTCGGTATTCAGATCCAAACGCATCAAAAAACACACACAGTCACTGTGTGTGAGACGCTTGGAGGAGAGGAAGGAAGAAGAGTTTCTGTAATGGCAATGGCGGTGGTTAAGGAACCAGCTTTTCGATGTTCATTTCTGCTGTTTATTGTTTCGCTTATGGTAGTCGCCGTCGTCGCCACCGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1362 bp · TkA02G410910|TK1151|CDS

ATGGCAATGGCGGTGGTTAAGGAACCAGCTTTTCGATGTTCATTTCTGCTGTTTATTGTTTCGCTTATGGTAGTCGCCGTCGTCGCCACCGCCGGTGTCGCTCAGAAAGAGGATAAATCGGATGTTAGGGCTGTTGAAAGAAACCAGTTTCAGACTTTGAACATCTCGTCAATGGCGGACAGAGCAAAGGAAGCAGAAGTTTTGAACGAAAATGCAGTTCAAGATCCTGAAGAAGTCGTCTCCATGGTTGAAATGGGAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

453 aa · TkA02G410910|TK1151|PROTEIN

MAMAVVKEPAFRCSFLLFIVSLMVVAVVATAGVAQKEDKSDVRAVERNQFQTLNISSMADRAKEAEVLNENAVQDPEEVVSMVEMGIKNSTERRKLGYFSCGTGNPIDDCWRCDPNWQKNRKRLADCGIGFGRNAIGGRDGRYYVVTDSRDDDPVNPRPGTLRHAVIQDIPLWIVFKRDMVIQLKQELIMNSFKTIDARGVNVHIANGACITVQFVTNVIIHGLHIHDCKPTGNALVRSSPSHYGWRTMADGDAISIFGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G410910`
TK1151 ID	TkA02G410910
OH-1004 ID	LXL04_033309
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	78.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G410910

位置 Chr02:104509713-104514318 (-)

描述 Similar to At4g13710: Probable pectate lyase 15

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g07010`	可能的果胶酸裂解酶 8。	暂无已核实直接文献
`At4g13710`	可能的果胶酸裂解酶 15。	暂无已核实直接文献
`At5g48900`	可能的果胶酸裂解酶20。	暂无已核实直接文献
`At3g24670`	可能的果胶酸裂解酶10。	暂无已核实直接文献
`At4g13210`	推定果胶酸裂解酶 14。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033309 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0045490 pectin catabolic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0030570 pectate lyase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04680

ath:AT3G07010

ath:AT3G24230

ath:AT3G24670

ath:AT4G13710

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.468

排名 1 · TkA02G410910 · TK1151

溶酶体／液泡0.210

排名 2 · TkA02G410910 · TK1151

细胞质0.111

排名 3 · TkA02G410910 · TK1151

内质网0.087

排名 4 · TkA02G410910 · TK1151

细胞膜0.081

排名 5 · TkA02G410910 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15116CD5214-37 aa

PF03510Peptidase_C2499-112 aa

PF15116CD52181-225 aa

PF00544Pectate_lyase_4189-386 aa

PF03510Peptidase_C24200-253 aa

PF13229Beta_helix207-298 aa

PF05048NosD207-326 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G410910	`PF15116`	CD52	14	37	0.074	13.9
TkA02G410910	`PF03510`	Peptidase_C24	99	112	0.18	13.0
TkA02G410910	`PF15116`	CD52	181	225	0.074	13.9
TkA02G410910	`PF00544`	Pectate_lyase_4	189	386	9e-20	71.7
TkA02G410910	`PF03510`	Peptidase_C24	200	253	0.18	13.0
TkA02G410910	`PF13229`	Beta_helix	207	298	0.00027	21.3
TkA02G410910	`PF05048`	NosD	207	326	0.0047	17.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M8Z8`	拟南芥	sp\|Q9M8Z8\|PLY8_ARATH Probable pectate lyase 8	82.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q944R1`	拟南芥	sp\|Q944R1\|PLY15_ARATH Probable pectate lyase 15	84.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q93WF1`	拟南芥	sp\|Q93WF1\|PLY20_ARATH Probable pectate lyase 20	81.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LJ42`	拟南芥	sp\|Q9LJ42\|PLY10_ARATH Probable pectate lyase 10	72.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SVQ6`	拟南芥	sp\|Q9SVQ6\|PLY14_ARATH Putative pectate lyase 14	76.700%	Swiss-Prot	高置信

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