TkA02G408960 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G408960

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 104036077-104038873 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2560 bp · TkA02G408960|TK1151|cDNA

CCACAGTCCAAAAAGCAATGTATTTTCACACAAAAGTTGTTGTGTTTCATTTCTAGTAATTGTTTCTCTCCTGTTGCCGGGTGAATCGCCGTTTCAGCACCGTCAAGGGACACAGCTGATGTCGCCGGTGGTAACATCCAGCAAGCCACCCCTTTCTTAACCCTAAATATCCCTAAACTCGAACCTAAAGACGAACCTTTCGACGACCCACCCCATCCCCACCATTCTCATACCAATTATGCAAACCCTAACCTTAATTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2004 bp · TkA02G408960|TK1151|CDS

ATGAGTTCTTTGATTGACCTAAATCTTTATCCTGATTCTCCTGTCAGGGACACAGCTGATGTCGCCGGTGGTAACATCCAGCAAGCCACCCCTTTCTTAACCCTAAATATCCCTAAACTCGAACCTAAAGACGAACCTTTCGACGACCCACCCCATCCCCACCATTCTCATACCAATTATGCAAACCCTAACCTTAATTTCACTCTCAACACACAGCCCGACACATCACAACCTGTCGCGCAACCCGCTGTTGGTGAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

667 aa · TkA02G408960|TK1151|PROTEIN

MSSLIDLNLYPDSPVRDTADVAGGNIQQATPFLTLNIPKLEPKDEPFDDPPHPHHSHTNYANPNLNFTLNTQPDTSQPVAQPAVGENDVYSEFSRIQEMFRTAFSNNTDKYDAPGFIDPDAQAIVPVPEEKHLSAVADSSRRKYQQRSGELVRVTNLGVEDERYFRDVVRKTRMMYDSLRVFVTMEDEKRRNNVFGRIPRARGDLKASSVMKDRGLWLNRDKRIVGAIPGVYVGDIFFFRMEICVVGMHGLPQAGIDYLT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G408960`
TK1151 ID	TkA02G408960
OH-1004 ID	LXL04_014603
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.402 / OH-1004 94.282 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G408960

位置 Chr02:104036077-104038873 (-)

描述 Similar to SUVH9: Histone-lysine N-methyltransferase family member SUVH9

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g13460`	起基因沉默作用的组蛋白甲基转移酶家族成员。	SRA-domain proteins required for DRM2-mediated de novo DNA methylation.2008 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1000280 SRA- and SET-domain-containing proteins link RNA polymerase V occupancy to DNA methylation.2014 · DOI: 10.1038/nature12931 Two Components of the RNA-Directed DNA Methylation Pathway Associate with MORC6 and Silence Loci Targeted by MORC6 in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1006026
`At2g33290`	组蛋白甲基转移酶家族成员，在基因沉默中发挥核心作用。	Pivotal role of AtSUVH2 in heterochromatic histone methylation and gene silencing in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7600604 SRA-domain proteins required for DRM2-mediated de novo DNA methylation.2008 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1000280 SRA- and SET-domain-containing proteins link RNA polymerase V occupancy to DNA methylation.2014 · DOI: 10.1038/nature12931 Two Components of the RNA-Directed DNA Methylation Pathway Associate with MORC6 and Silence Loci Targeted by MORC6 in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1006026
`At5g04940`	组蛋白甲基转移酶。	Pivotal role of AtSUVH2 in heterochromatic histone methylation and gene silencing in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7600604
`At1g73100`	组蛋白甲基转移酶。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014603 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009294 DNA-mediated transformation 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程

GO:0000775 chromosome, centromeric region 细胞组分

GO:0000792 heterochromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005694 chromosome 细胞组分

GO:0001228 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific 分子功能

GO:0003690 double-stranded DNA binding 分子功能

GO:0008168 methyltransferase activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G73100

ath:AT2G33290

ath:AT4G13460

ath:AT5G04940

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.916

排名 1 · TkA02G408960 · TK1151

细胞质0.105

排名 2 · TkA02G408960 · TK1151

细胞膜0.035

排名 3 · TkA02G408960 · TK1151

质体0.025

排名 4 · TkA02G408960 · TK1151

内质网0.019

排名 5 · TkA02G408960 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02182SAD_SRA225-377 aa

PF05033Pre-SET408-503 aa

PF00856SET522-654 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G408960	`PF02182`	SAD_SRA	225	377	8.3e-52	175.6
TkA02G408960	`PF05033`	Pre-SET	408	503	1.6e-22	80.7
TkA02G408960	`PF00856`	SET	522	654	5.2e-13	50.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9T0G7`	拟南芥	sp\|Q9T0G7\|SUVH9_ARATH Histone-lysine N-methyltransferase family member SUVH9	57.100%	Swiss-Prot	高置信
`O22781`	拟南芥	sp\|O22781\|SUVH2_ARATH Histone-lysine N-methyltransferase family member SUVH2	52.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FF80`	拟南芥	sp\|Q9FF80\|SUVH1_ARATH Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH1	40.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9C5P4`	拟南芥	sp\|Q9C5P4\|SUVH3_ARATH Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH3	39.700%	Swiss-Prot	中等置信

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