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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G408700
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 103961947-103962450 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

504 bp · TkA02G408700|TK1151|cDNA

ATGATTCAAGATTTCTTGATTCCTCCCGGGATAGAACATTACGGGTGTATGGTGGATTTGTTATGCAAAGCCGGAATGTTGGAAGATGCAATGGAATTGATAAAGGGAATGGAATTGGAACCGAACGGTGTGATTTGGGGTGCGGTTTTGAACGGGTGTAGGATTCAGAAGAATTTGGATTTGGGTCGGGTTGCTGTTGAGAAATTGATGGTTTTGGAACCGGATAATAGTGGGTATTATAGTCTTTTTGTTAATATGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

504 bp · TkA02G408700|TK1151|CDS

ATGATTCAAGATTTCTTGATTCCTCCCGGGATAGAACATTACGGGTGTATGGTGGATTTGTTATGCAAAGCCGGAATGTTGGAAGATGCAATGGAATTGATAAAGGGAATGGAATTGGAACCGAACGGTGTGATTTGGGGTGCGGTTTTGAACGGGTGTAGGATTCAGAAGAATTTGGATTTGGGTCGGGTTGCTGTTGAGAAATTGATGGTTTTGGAACCGGATAATAGTGGGTATTATAGTCTTTTTGTTAATATGTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

167 aa · TkA02G408700|TK1151|PROTEIN

MIQDFLIPPGIEHYGCMVDLLCKAGMLEDAMELIKGMELEPNGVIWGAVLNGCRIQKNLDLGRVAVEKLMVLEPDNSGYYSLFVNMLAEENRWSEVARIRSSMKEFRVEKKSPGSSWIEIEGKLHQFSASDKYHECSKEIYLLVDRLYGKQLLDACVFEYDEYISFL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G408700
TK1151 IDTkA02G408700
OH-1004 IDLXL04_014608
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)97.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 26.806
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G408700
位置Chr02:103961947-103962450 (+)
描述Similar to EMB1444: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g06143
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g06143 含有五三肽重复序列的蛋白At1g06143。 暂无已核实直接文献
At2g22070 含五肽重复序列的蛋白 At2g22070。 暂无已核实直接文献
At4g02750 含五肽重复序列的蛋白 At4g02750。 暂无已核实直接文献
At2g13600 含五螺旋肽重复的蛋白 At2g13600。 暂无已核实直接文献
At3g11460 参与线粒体 RNA 的 C 到 U 编辑。
MEF10 is required for RNA editing at nad2-842 in mitochondria of Arabidopsis thaliana and interacts with MORF8.2013 · DOI: 10.1007/s11103-012-0003-2

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014608 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G06143
ath:AT2G20540
ath:AT3G29230
ath:AT5G48910
ath:AT5G66520
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.465
排名 1 · TkA02G408700 · TK1151
质体0.241
排名 2 · TkA02G408700 · TK1151
细胞核0.138
排名 3 · TkA02G408700 · TK1151
细胞质0.074
排名 4 · TkA02G408700 · TK1151
过氧化物酶体0.014
排名 5 · TkA02G408700 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_210-38 aa
PF12854PPR_112-38 aa
PF01535PPR13-38 aa
PF12854PPR_138-52 aa
PF13041PPR_241-56 aa
PF01535PPR44-58 aa
PF20431E_motif58-119 aa
PF11434CHIPS66-117 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G408700PF13041PPR_210380.0002821.6
TkA02G408700PF12854PPR_112385e-0626.9
TkA02G408700PF01535PPR13387.1e-0729.8
TkA02G408700PF12854PPR_138525e-0626.9
TkA02G408700PF13041PPR_241560.0002821.6
TkA02G408700PF01535PPR44587.1e-0729.8
TkA02G408700PF20431E_motif581198.2e-1658.7
TkA02G408700PF11434CHIPS661170.2112.2
TkA02G408700PF01535PPR801077.1e-0729.8
TkA02G408700PF13041PPR_2801070.0002821.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q56X05拟南芥sp|Q56X05|PPR15_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g0614353.500%Swiss-Prot高置信
Q9SHZ8拟南芥sp|Q9SHZ8|PP168_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g2207046.500%Swiss-Prot中等置信
Q9SY02拟南芥sp|Q9SY02|PP301_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g0275044.200%Swiss-Prot中等置信
Q9SIT7拟南芥sp|Q9SIT7|PP151_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g1360045.600%Swiss-Prot中等置信
Q9CAY1拟南芥sp|Q9CAY1|PP223_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g11460, mitochondrial42.200%Swiss-Prot中等置信

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