RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G408690
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 103960420-103961733 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1211 bp · TkA02G408690|TK1151|cDNA

AAAACTGATAATCTGTAAAACCCATATCCGAAATTTTTACAGGAATTTTTTTGCCGATGAACTTCGGCGGCAGACTAAACAGATTCATTGCAACTTCTTGTCGCCACCATTTTTCTCATCACCTCCGCAGCGATTTCTCTTCTCTGCACTTTCTTTATTGCTACTTTACGACCGCAACAGACTTGATTCGATTGCCGACCACCCATCTTTCAGAACTCGAAGATATTGTGCCTAGACTCCCGGGAGCCTTTGAGAAAGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1155 bp · TkA02G408690|TK1151|CDS

ATGAACTTCGGCGGCAGACTAAACAGATTCATTGCAACTTCTTGTCGCCACCATTTTTCTCATCACCTCCGCAGCGATTTCTCTTCTCTGCACTTTCTTTATTGCTACTTTACGACCGCAACAGACTTGATTCGATTGCCGACCACCCATCTTTCAGAACTCGAAGATATTGTGCCTAGACTCCCGGGAGCCTTTGAGAAAGGGATCATACTCGAAAAGTTCAAAACCTGCTCAAACTTAAGACAACTAGAATCTATCTA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

385 aa · TkA02G408690|TK1151|PROTEIN

MNFGGRLNRFIATSCRHHFSHHLRSDFSSLHFLYCYFTTATDLIRLPTTHLSELEDIVPRLPGAFEKGIILEKFKTCSNLRQLESIYAFMVKNSCNQDCFMINQFASACSTFSQTDYAIQALTQMDDPNIFVYNAVIRACVSCFAPIQSLQIYLRMLRSQISPSSYTFPSIIKSCALISQLRIGEAINAQIWKFGFKSHVFVQTSLIDFYSSFSKIFESRQVFDEMIQRDAFAWTSMISVHARSGDMVSAQTLFVEMPEP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G408690
TK1151 IDTkA02G408690
OH-1004 IDLXL04_014608
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)90.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 61.798
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G408690
位置Chr02:103960420-103961733 (+)
描述Similar to EMB1444: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g06143
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g06143 含有五三肽重复序列的蛋白At1g06143。 暂无已核实直接文献
At5g56310 含五肽重复蛋白 At5g56310。 暂无已核实直接文献
At2g20540 含五螺旋肽重复的蛋白 At2g20540。 暂无已核实直接文献
At1g10330 推测含有五重复肽序列的蛋白At1g10330。 暂无已核实直接文献
At4g18520 对正常叶绿体发育是必需的。
Seedling Lethal1, a pentatricopeptide repeat protein lacking an E/E+ or DYW domain in Arabidopsis, is involved in plastid gene expression and early chloroplast development.2013 · DOI: 10.1104/pp.113.227199
PPR protein PDM1/SEL1 is involved in RNA editing and splicing of plastid genes in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.1007/s11120-015-0171-4

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014608 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G06143
ath:AT2G20540
ath:AT3G29230
ath:AT5G48910
ath:AT5G66520
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.595
排名 1 · TkA02G408690 · TK1151
质体0.222
排名 2 · TkA02G408690 · TK1151
细胞核0.047
排名 3 · TkA02G408690 · TK1151
细胞质0.038
排名 4 · TkA02G408690 · TK1151
细胞膜0.005
排名 5 · TkA02G408690 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13812PPR_371-95 aa
PF29070MSC6_N71-143 aa
PF13041PPR_279-98 aa
PF03169OPT101-214 aa
PF23276TPR_24106-153 aa
PF25894WHD_HELB109-134 aa
PF13041PPR_2128-176 aa
PF12854PPR_1128-139 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G408690PF13812PPR_371956.9e-1349.2
TkA02G408690PF29070MSC6_N711432.6e-0730.8
TkA02G408690PF13041PPR_279986.4e-35119.7
TkA02G408690PF03169OPT1012140.03213.6
TkA02G408690PF23276TPR_241061533e-0627.9
TkA02G408690PF25894WHD_HELB1091340.1612.9
TkA02G408690PF13041PPR_21281766.4e-35119.7
TkA02G408690PF12854PPR_11281392.2e-1866.4
TkA02G408690PF13812PPR_31281756.9e-1349.2
TkA02G408690PF17177PPR_long1301770.000620.0
TkA02G408690PF01535PPR1321601e-35120.2
TkA02G408690PF29070MSC6_N1462132.6e-0730.8
TkA02G408690PF12854PPR_11611742.2e-1866.4
TkA02G408690PF17049AEP11852380.003717.1
TkA02G408690PF25894WHD_HELB1852290.1612.9
TkA02G408690PF13041PPR_22032296.4e-35119.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q56X05拟南芥sp|Q56X05|PPR15_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g0614342.700%Swiss-Prot中等置信
Q9FMA1拟南芥sp|Q9FMA1|PP433_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g5631026.700%Swiss-Prot低置信
Q9SIL5拟南芥sp|Q9SIL5|PP165_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g2054029.700%Swiss-Prot低置信
Q9SY75拟南芥sp|Q9SY75|PPR30_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g1033030.900%Swiss-Prot中等置信
Q0WNP3拟南芥sp|Q0WNP3|PP319_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g18520, chloroplastic28.000%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看