TkA02G406250 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G406250

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 103271997-103272491 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

495 bp · TkA02G406250|TK1151|cDNA

ATGAATTCAGGTGACGATGTTTCAGCTACAAGTTCTTCAGTTTCTTCCTTCGGTAAATTCTTCAATCAATTAGCATCGCCCACTAGGAAACCCCCGATTCCTGGCGGTTCCGATGACATCCATCAGGTGTTTAATTACTTTGACGAGAACAGAGGCGGGAAGATATCTCCCAAGGAGCTGAAGGTAGGTGGGGAGGAGAGTCAGTTATCAGAGATGGTAGTGCGGTTGTCGGATGCAGACGGAGACGGGGTGTTAGGGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

495 bp · TkA02G406250|TK1151|CDS

ATGAATTCAGGTGACGATGTTTCAGCTACAAGTTCTTCAGTTTCTTCCTTCGGTAAATTCTTCAATCAATTAGCATCGCCCACTAGGAAACCCCCGATTCCTGGCGGTTCCGATGACATCCATCAGGTGTTTAATTACTTTGACGAGAACAGAGGCGGGAAGATATCTCCCAAGGAGCTGAAGGTAGGTGGGGAGGAGAGTCAGTTATCAGAGATGGTAGTGCGGTTGTCGGATGCAGACGGAGACGGGGTGTTAGGGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

164 aa · TkA02G406250|TK1151|PROTEIN

MNSGDDVSATSSSVSSFGKFFNQLASPTRKPPIPGGSDDIHQVFNYFDENRGGKISPKELKVGGEESQLSEMVVRLSDADGDGVLGLDDFTKMMKEGEDGELREAVNTFYERENASPSSQMQFIKHLLCIGRKWEAESQCFRQSIQQKIDRRIRHSDMQKRDGE

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G406250`
TK1151 ID	TkA02G406250
OH-1004 ID	LXL04_014658
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G406250`
位置	Chr02:103271997-103272491 (+)
描述	Similar to CML38: Calcium-binding protein CML38
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_014658` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0001666 response to hypoxia 生物过程 GO:0009414 response to water deprivation 生物过程 GO:0009611 response to wounding 生物过程 GO:0010193 response to ozone 生物过程 GO:0033198 response to ATP 生物过程 GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程 GO:0042128 nitrate assimilation 生物过程 GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程 GO:1900459 positive regulation of brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G76640 ath:AT1G76650 ath:AT5G42380 dosa:Os07g0568600 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.356

排名 1 · TkA02G406250 · TK1151

细胞核0.315

排名 2 · TkA02G406250 · TK1151

细胞膜0.192

排名 3 · TkA02G406250 · TK1151

线粒体0.143

排名 4 · TkA02G406250 · TK1151

内质网0.119

排名 5 · TkA02G406250 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13499EF-hand_738-95 aa

PF13833EF-hand_838-61 aa

PF00036EF-hand_139-61 aa

PF13405EF-hand_639-61 aa

PF23564EF-hand_FSTL139-60 aa

PF13202EF-hand_541-61 aa

PF29176Allatotropin-like_C48-60 aa

PF13833EF-hand_864-95 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G406250	`PF13499`	EF-hand_7	38	95	3e-08	34.6
TkA02G406250	`PF13833`	EF-hand_8	38	61	1.4e-06	28.6
TkA02G406250	`PF00036`	EF-hand_1	39	61	1.1e-08	34.7
TkA02G406250	`PF13405`	EF-hand_6	39	61	7.7e-08	32.1
TkA02G406250	`PF23564`	EF-hand_FSTL1	39	60	0.14	13.2
TkA02G406250	`PF13202`	EF-hand_5	41	61	2e-06	27.8
TkA02G406250	`PF29176`	Allatotropin-like_C	48	60	0.02	15.2
TkA02G406250	`PF13833`	EF-hand_8	64	95	1.4e-06	28.6
TkA02G406250	`PF29176`	Allatotropin-like_C	72	85	0.02	15.2
TkA02G406250	`PF23564`	EF-hand_FSTL1	73	96	0.14	13.2
TkA02G406250	`PF00036`	EF-hand_1	75	96	1.1e-08	34.7
TkA02G406250	`PF13405`	EF-hand_6	76	95	7.7e-08	32.1
TkA02G406250	`PF13202`	EF-hand_5	78	94	2e-06	27.8
TkA02G406250	`PF13499`	EF-hand_7	100	119	3e-08	34.6
TkA02G406250	`PF09606`	Med15_N	137	160	0.029	14.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情