TkA02G405970 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G405970

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 103163713-103170029 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2841 bp · TkA02G405970|TK1151|cDNA

AAACCGTATTATTGGAGAAGCTCTAAACCGCAATGTACGGTCGATTTAACCCCCGGTCCGGTCCTATCGGTCGTACAAAATCGAGTGTTTGGGTTTCGCCTCTTCGCTCCCTTCTTCTCCCCCGATACTCATCCAAATCAAAATCTTCAACCTGATTGTTCGAAAATTCAATCTAAACGAATGGGGCCTCCTATCAGACAGAACAAGCAGGCTTTCGGTGCTGCTAATGCTATCGGGAAGCAAAACCTATTCGATTCATC...

CDS

下载 CDS FASTA

2499 bp · TkA02G405970|TK1151|CDS

AAACCGTATTATTGGAGAAGCTCTAAACCGCAATGTACGGTCGATTTAACCCCCGGTCCGGTCCTATCGGTCGTACAAAATCGAGTGTTTGGGTTTCGCCTCTTCGCTCCCTTCTTCTCCCCCGATACTCATCCAAATCAAAATCTTCAACCTGATTGTTCGAAAATTCAATCTAAACGAATGGGGCCTCCTATCAGACAGAACAAGCAGGCTTTCGGTGCTGCTAATGCTATCGGGAAGCAAAACCTATTCGATTCATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

832 aa · TkA02G405970|TK1151|PROTEIN

KPYYWRSSKPQCTVDLTPGPVLSVVQNRVFGFRLFAPFFSPDTHPNQNLQPDCSKIQSKRMGPPIRQNKQAFGAANAIGKQNLFDSSSEAMFNNLWVGNLAADVTDSDLRNLFEKHGVVDTVTCYPSRSYAFINMKRPEDAKRAKESLQGFVLRGSALKIDFAKPAKPCKSLWVSGISVSTTREDLEEEFSKFGKIEDFKFIRDKNTAYIDYSRLDDASKALKTMHGKKRGGSVIRVDYLRSQPKRDQGPDPRDGKEGQG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G405970`
TK1151 ID	TkA02G405970
OH-1004 ID	LXL04_017681
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	29.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 51.322 / OH-1004 67.391 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G405970

位置 Chr02:103163713-103170029 (-)

描述 Similar to FPA: Flowering time control protein FPA

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g43410`	通过降低FLOWERING LOCUS C mRNA水平，在自主开花途径中调节开花时间。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017681 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000381 regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0000395 mRNA 5'-splice site recognition 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0001510 RNA methylation 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006406 mRNA export from nucleus 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009911 positive regulation of flower development 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G43410

hsa:29890

spo:2540865

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.833

排名 1 · TkA02G405970 · TK1151

细胞质0.271

排名 2 · TkA02G405970 · TK1151

细胞膜0.051

排名 3 · TkA02G405970 · TK1151

内质网0.039

排名 4 · TkA02G405970 · TK1151

溶酶体／液泡0.018

排名 5 · TkA02G405970 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25701RRM_YTH194-149 aa

PF00076RRM_195-158 aa

PF28976RRM_ACIN196-151 aa

PF23085RRM_PARP14_396-143 aa

PF13893RRM_597-165 aa

PF16842RRM_occluded99-160 aa

PF08777RRM_3101-149 aa

PF08675RNA_bind106-144 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G405970	`PF25701`	RRM_YTH1	94	149	0.018	15.6
TkA02G405970	`PF00076`	RRM_1	95	158	4.4e-37	126.5
TkA02G405970	`PF28976`	RRM_ACIN1	96	151	4.1e-06	27.5
TkA02G405970	`PF23085`	RRM_PARP14_3	96	143	2.1e-05	25.2
TkA02G405970	`PF13893`	RRM_5	97	165	4.1e-06	27.2
TkA02G405970	`PF16842`	RRM_occluded	99	160	2.8e-07	31.0
TkA02G405970	`PF08777`	RRM_3	101	149	6.6e-06	26.9
TkA02G405970	`PF08675`	RNA_bind	106	144	0.031	15.0
TkA02G405970	`PF05172`	RRM_Nup35	110	155	0.02	15.5
TkA02G405970	`PF14605`	Nup35_RRM_2	113	144	3.9e-05	24.2
TkA02G405970	`PF29396`	F07F6_N	132	165	0.025	15.0
TkA02G405970	`PF29326`	RRM_MUD2_C	132	151	0.29	11.9
TkA02G405970	`PF23085`	RRM_PARP14_3	169	226	2.1e-05	25.2
TkA02G405970	`PF25701`	RRM_YTH1	171	228	0.018	15.6
TkA02G405970	`PF00076`	RRM_1	172	236	4.4e-37	126.5
TkA02G405970	`PF08777`	RRM_3	173	225	6.6e-06	26.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LPQ9`	拟南芥	sp\|Q8LPQ9\|FPA_ARATH Flowering time control protein FPA	37.300%	Swiss-Prot	中等置信

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